HsaINT0145761 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000168356 | SCN11A
Description
sodium voltage-gated channel alpha subunit 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10583]
Coordinates
chr3:38850481-38863299:-
Coord C1 exon
chr3:38863195-38863299
Coord A exon
chr3:38850752-38863194
Coord C2 exon
chr3:38850481-38850751
Length
12443 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGA
5' ss Score
7.54
3' ss Seq
TAATTTCTTTTTTTTCTCAGAAC
3' ss Score
8.14
Exon sequences
Seq C1 exon
TTAGGTGGCCAAGACATTTTTATGACAGAAGAACAGAAGAAATACTATAATGCAATGAAAAAATTAGGATCCAAAAAACCTCAAAAACCCATTCCACGGCCTCTG
Seq A exon
GTGAGAGCAATTGAATGACTGTAAATATGTAGAACAGTTGAGTTACTGTGAGGAACTCAAATTTCCGTAATGCCATCCTTCTTTATTCTTAAAATTTGCAGACATTAAGGACTCAACAGAAGTCAAGACATATTCAAACACTTAGGAAAATTAGATACTCAAACTCAAAAGTAAGAGCCTGGACAACAACTTAAATTTATTTTTGAGTGAGCCAGGCAATATGTGCTTAAGTAAATACTTATTGCGACCATGTGAACTTAGTGGTTTGTTTGAACTTAATTTTGACCAGTTTATTTTATTTTATTTCAGTAGTTTTTGGGGAACAGGTGGTTTTTGGTTCCATGTGTAAGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGAGTTTGGTGCACCTGTCACCCAAGCAGTGTACACTGTACCCAGTGTGTAGTCTTGTATTCCTCACCCTCTTCCCACCCATCTCCTTGATTCCCTGAAGTCCATTATATCATTCTTATGCCTTTATGTCCTCACAGCTTAGGTCCTACTTATAAGTGAGAACATACAATACTTGATTTTCCATTCCTGAGTTACTTCACTTAGAATAATGGTCTCCAACTCCATCCAGGTTGCTGCAAAGGCCATTATTTCATTCCTTTTTATGGCTGACTAGTATTCCATGGTGTAGATATACCACATTTTCTTTATCTGTTCTTTGGTTGGCAGGCATTTAGGTTGGTTTCACATTTTTGCCGTTGCGAATTGTGCTGCTACAAACATGTGGTATGTGTAAGTGTCTTTTTCATATAGTAATTTCTTTTCCTTTGGGTAGGTACCTAGTAGTGAGATTGCTGAATCCAATAGTAGTTCTACTTTTGGATCTTTAAGGAATTTCCATACTGGTTTTCATAATGGTTATACTAGTTTATATTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCCTTTTCACCACATCCATGCCAACATCTATTATTTTTTTGATTTTTAAATTATGATAATTCTTGCAGGAGTAAGGTGGCATCCCATTGTGGTTTTAATTTGTATTTCCCTGATAATTAGTGATGTTGAGCATTTTTTTTCTATGTTTCTTGGCCATTTGTAAATCTTCTTTTGAGAATTGTCTGATTATGTCTTTTGCCTACTTTTGGATAGAATTGTTTTTGTCTTGATGATTTGTTTGAGTTCCTTGTAGATCCTGAAAATTAGTCTTTTGTCAGATGCATAGTTTGTGAATATTTTCTCCCACCTGGTGAGTTGTCTCTTTACTCTGCTGATTATTTATTTTGCCGTGCAGAAGATTTTTAGTTTAATTAGGTCTCATTTATTTATTTTTGTTTTTGTTGCATTTGCATTTGGGTTCTTGGTCATGAATTCTTTGCCTAAGCCAATATCTGGAAGAGTTTTCTTGATGTTATATTCTATAATTTGTATGGTTTCAGGTCTTAGAGTTAAGTCTGATCCATCTTGAGTTGATTTTTGTACCAGGTGAGAGATGAGGATCTGGCTTCATTCTTCTACATGCAAATTGCCAATTATCCCAACACAATTTGTGGGATAGGGTGTCCTTTCCCCAGTTTATGTTTGTTTGCTTTGCCAAAGATCAATTGGCTGTAACTATTTGGCTTTTTTGGGGGGTTCTCTATTCTGTTCCATTGGTCTACATGCCTGTTTTTATACCAGTACCATGCTGTTTCAGTAACTATGGCCTTGTAGTATAGTTTAAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAAATTTGTTCTTTTTGCTTAGTCTTGCTTTGGCTATGCAGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGATTTTTTTTTCTAGTCCTGTGAAGGATGACGGTGGTATTTTGTTGGGAATTGCACTGAGTCTGTAGATTGCTTTTGACAGTATGGTCATTTTCACAATGTTAATTCTACCTATCCATGAGCAGGGGATGTGTATCCATTTGTTTGTGTCATTAATGATTTTTTTCAGCAGTGTTTTGTAGTTTTCCCTGTAGAGATCTTTCATCTCCTTGGTTGGGTATATTTCTAAGTATTTTATTTTTTTCTGCAGCTGTTGTAAAATAAATTGAATTCTTGATTTGTTTCTCAGCTTGGTTGTTGTTGGTGTATAGCAGTGCTACTGTTTTATGTACATTGATTTTGTATCCTGAAACTTTACTGAATTTATTTATCAGATCTAGGAGCTTTTTGGATGAGTCTTTAGGGTTTTCTAAGTATACAGTCATAGCCTTGGCAAATAGCAATAGTTTGACTTCCTCTTTTCCAATTTGAATACTCTTTATTTCTTTCTCTTATCTGATTGCTCTGGCTAGGACTTCTGAGTGCTATGTTGAATAGAAGTGGTGAAAGTGGGCATCCTTATCTTGTCCCAGTTGTCATAGGGAATGCTTTCAACCATTACCTGTTCAGTATGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAAATGGCTTTTACTACCTTGTGCTATGTTCCTTCTATGCCAGTTTTGCTGAGGGTTTTATCATAAAGAGATGCTGAATTTTGTCAAATGCTTTTTCTGTGTCTGTTGAGATGATCATATGATTTTTGTTTTTAATTCTGTTTATGTGATGTATCACATTTATTGACTTGCGTATGTTAAACCATCCCTGCATTCCTGGTATAAAACCTGCTTGATCATGGTGGATTTTCTTTTTGATATGCTGTTGGATTTAGTTAGCTAGTATTTTTTGAGTATTTTTGCACCTATAGTCATCAGGAATATTGGTCTGTAGTTTTCTTTTTTGTTGTGTCCTTTCCTGGTTTTGGTATTAGGGTGATACTGGCTTCATAGAATGATTTAGAGAGGATTCCCTCTTTCTCTATCTTTTAGTGTTAGTGTAACCACCCTTGCCCCCTGCCTAGTCAGAGCCAATTTATCAAGATGGGGGAATTGCAATGGAGAAAGAGTAATTCACACAGAGCTGGCTGTGTGGGAGATGGGAGTTTTATTATTACTCAAATCAGTCTCCCCGAGCATTCAGGGATCAGAGGTTTTTAAAGATAATTTGGTGGGTAGGGGCTAGGGAAATGGGGAGTGCTAATTGGTCAGGTTTGATATGGAATCATAGGGGGTCGAAGTGAGGTTTTCTTGCTATCTTCTGTTCCTGGGTGGAATGGCAGAACTGGTTGAGGCAGATTATGGGTCTGGGTGGTGTCAGCTGATCCATCCAGTGCAAGGTCTGCAAAATATCTCAAGCACTGATCTTAGGTTTTACAGTACTGTACTGATGTTATCCCCAGGAGCAATTTGAGGAGGTTCAGACTCTTGGAGCCCAGGGGCTGCATGACCCCTAAACCTTAATTTCTAATCTTGTAGCTAATTTGTTAGTCCTGCAAAGGCAGACTGGTCCCCAGGCAAGAGCAGGGGTCATTTTGGGAAAGATCTATTATCAATTTTGTTTCAAAGTCAAGCCATGAACTGAATTCCTTCCCAAAGTTAGTTCAGCCTATGCCCAGGAATGAACAAGGACAGCTTAAAGGTTAGAAGCAGATGGAGTCCATTAGGTGTGATTTCTTTCACTATCATAATTTCCTCAGTTATAATTTTGCAAATGCGGTTCCATAAGTAGGACTGGTACCAATTCTTCTTTAAATGTCTGATAGAATTCAGCTGTTAATCCATCTGGTCCTGGACTTTTTTTTGTTGGTAATTTTTTTATTACTGTTTCAATCTTGCTACTTTTTGTTGGTCTGTTCAGAGTTTCTATTTCTTCCTGATTTAATCTAGGATGGTTGTATATTTCCAGGAATTTATCCGTTTCCTCTGGATTTTCTAATTTGTGCATGTATGTGTTTGTAGTAGCCTTGAATGATCTTTCGTATTTCTGTGGTATCAGTTGTACTATCTCCTGTATCATTTTTAATTGAGCTTATTTTGATCTCTCTTCTTTTCTTGGTTAATCTCACTAATGGTCTATCATTTTTATCTTTCCAAATAACCAGCTTTTTGTTTCATTTACCATTTGTATTTTTTTTGTTTCAGTTTAATTTATTTCTGCTTGATCTTTGTTATTTATTTTCTTCTGCTGGGTTTGGATTTGCCTTTGGCTTGTTTTTCTTTCTCTAATTCCTTGAGATCTGACCTTAGATTGTCTGTGAGTGCTCTTTCAGACATTATGATGTACGCATTTAATGCTACAAACTTTCCTCTTAGCACCACTTTTGCTGTATCTCAGTGGTTTTCATAAGTTGTGTCACTGTTATCATTCAGTTCAAAGAATTTTTAAATTTCCATCTTGATTTCATTGTTAACCCAAAGATCATTCAAGAGGAGATTATTTAATTTCCATGTATTTGTATAGTTTTGAAGGTTCCTTTTGGAGTTAATTTCCAGTTTTTTTCCACTGTGGTCTGAGAGGATACTTGATATGATTTCGATTTTCTTAAATTTATTATGACTTGTTTTGTGATCTATCATATGGTCTATCTCCATGTGATATGGAGAATGCTCCATGTGCTGATGAATAGAATGTATATTCTGCAGTTGTTGGGTAGAATGTTCTGTAAATATCTGTTAATTTCATTTGTTCTAGGGTATAGTTTAAGTCCATTGTTTCTTTGTTTAATTTCTGTCTTGATTACCCGTCTAGTGCTGTCAGTGGAATACTGAAGTCTCCCAGTATTATTGTGTTGCCTCATTACTTAGGTCTAATAGTGATTGTTTTATGAATTTGGGAGCTCCAGTGTTAGGTACACATATATTTAGGACTGTGATGTTTTCCTGTTGGACTAATCATTTTATCATTATATAATGTCCCTCTTTGTCTTTTTTAACTTTTGTTGCTTTAAAGTCTGTTTTGTCTGATGTAAGAATAGCTACTCTTGCTCACTTTTCATTTCCATTTGCATGGAATGTCTTTTTCCACCCTTTACCTTAAGTTTATATGAGTCCTTATGTGTTAGGTGAGTCTCTTGAAGACAGTAGATGCTTGGTTTGTATCCATTCTACAATTCTATGTCTTTTAAATGGAGCGTTTAGGCCATTT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Seq C2 exon
AACAAATGTCAAGGTCTCGTGTTCGACATAGTCACAAGCCAGATCTTTGACATCATCATCATAAGTCTCATTATCCTAAACATGATTAGCATGATGGCTGAATCATACAACCAACCCAAAGCCATGAAATCCATCCTTGACCATCTCAACTGGGTCTTTGTGGTCATCTTTACGTTAGAATGTCTCATCAAAATCTTTGCTTTGAGGCAATACTACTTCACCAATGGCTGGAATTTATTTGACTGTGTGGTCGTGCTTCTTTCCATTGTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168356:ENST00000302328:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PU(21.1=47.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development