HsaINT0153422 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000080493 | SLC4A4
Description
solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:11030]
Coordinates
chr4:72338416-72352735:+
Coord C1 exon
chr4:72338416-72338687
Coord A exon
chr4:72338688-72352664
Coord C2 exon
chr4:72352665-72352735
Length
13977 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
TAATTATCTTTTGCTTACAGCTA
3' ss Score
7.86
Exon sequences
Seq C1 exon
GGACAATAATTTTGACTATTTGGAGTTTCGCCTTTGGATTGGCCTGTGGTCCGCCTTCCTATGTCTCATTTTGGTAGCCACTGATGCCAGCTTCTTGGTTCAATACTTCACACGTTTCACGGAGGAGGGCTTTTCCTCTCTGATTAGCTTCATCTTTATCTATGATGCTTTCAAGAAGATGATCAAGCTTGCAGATTACTACCCCATCAACTCCAACTTCAAAGTGGGCTACAACACTCTCTTTTCCTGTACCTGTGTGCCACCTGACCCAG
Seq A exon
GTGAGGGCATTACGCTTTGTGTTTATGCTCGCTTTGTATTTGGAGGAAGGTGTAGGCTCCATGCTTGCAAATTTTCAACATGCTGTCATGGTCCTCAGGAATTAGTCTTGTTTTTTTCTCTGAAAAACTCTGCTACTGAATTTGATGTCTCATTGCCTGAGGTATTTTAGCTGTATGATTCAACCAGGAAGGAGACCAGGAGCTCTGGAATGTGAACATAACCAACTCAATATTTTGAAATTAACTCAAACTGTGGGATTTGCAAGGAATTCATGTGTACATTATTCTTGATTTTATAAGTGGGGAAACCTGGATACATGTATTAACAGATATAAATATGTGACAAACCTATCCTTTGCTGCTTCTTTATTGGTGTAGGAATGTCTTCCTTTAAGTAAACCTTTAATACATGATTTTAAACTTATAGAAGAAAAAGATACTAATCCACTTCAGATAATTTAAAGAATTAAATTATGAAAAAAAGAAATTCAGATTGGAATTGCCTACTGGTAGAATTTTATAGTTTATCTCTACTAGACAAATAAGAAAAGAAAGGAAGAGAGAAGAAGAAATGAAAGAAGGAATGTGATGTTCTAGGAGTAGATTTATATTGTAGAATCCAGAAGGACATAACAGCAAAAGTAACTCCTGGAAAGGAATGTGATTCTCTATATCTTAGCCCTTTAAAATCTATCATACCAAACATGAGTTGACATCAGAACTTTTTCACAAAAAAATAAAAATAAAAAAATGTTCAGCTTGGTCTTTGGAATTCTTTCTTGGAGTAATTCCATTATAAAATTCCATTTTATAATATGAAAGGCATTTCAAAAAAGGATTTACTTTGAGGGAAATTGTTTTAGATCTTCTCTCATAGAAAAAGGAATAGGGACTGGGTGTGGTGTCTCATGCCTGTAATTTTGAAATTAACTCAAATTGCAGTATTTGCAAGGAATTAAAGTCTGTATTATTCTTTGTACAGCACTTTGAGAGGCTGAGGCAGGTGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGTCCGGGCAACATTATGAAACCCTGTGTCTACAAAAAATAGAAAAACCAGCCGGGTGTGGTGGCACGTACCTGTAGCTACTCAAGTGGCTGAGGGAGTAGCAAGACCCTGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAAAGGGATAGGCATTTGTGTCAGACAATTACATGTTAGTAGCACTAGTGATTCTAGGTTACGCAATTAGATACAGGTCTATGTCCCTTAAAATAAAAATTGATATACAGTCCATACTTTTTACTAAGGTCTTTTAGCACCAGAAGTACAGCAGTGTTCAAAGGGCTGGGACACAAATGTGGGGCACATTCATGCAATATCCACTGCGACTTACAGATTCTGAGGAAAAAGCTCTTAATGTTTACCGTAAAACAAACATGGTTATAGACTAGAATGCAGAATGCTTATGAATTTAAAAAATAAGCAAGATACTACTTTTTATGCTTGTGGCATGCTGTTTCAGATTGCTCCTAGATATTTTGGTATGCAATGCATTCTTCTCTGCTACGTTGGTGAAGAAGTCTTAGAAGACTGATATGTGTCTTGAATTGAGAAAAAAGAGAACACTACTTCCCTCACAATAGGCAGTCAGTAACACTGATGACAAGCTAGGGCATTGTTGGGCTGTGTGCTCATGGATTCTTTTTGTGTTAAGATAAATTAGCACACATTAAAATAAAACCCATATTTAAAAGCAATGCAGAAAGTTATATAAAGTAGAAATTTAAAGATTCAAACTAATAAGAATGCCATATAGTTATGAAAGCTAACTAGCGTTCAGCTGTATACTGATTTGAAATATTTGATAATTTAAAAAGTACTTGGAAACAAGCACAATATGTGTCATTCAACCCATGATATATATTATTATTAGAATCAATTAAATGTGCTCCCCAGAGAAACACAGATGTTATTGTCACTCAACTATATGGAGCTCTTCCTAGGAAAGAAGGGGGATAAAACTCCCCCTTCAGTCAGTGCTTCAGGGAAGTCCAGCTGTTCAAAATATTGGCTTCACAAACATTTAATTGTGAGATTTTCAGCCTTCCTTTACATTTATTAATTTATACATAAATATATGTGTAAGTTTATTTATTTACGACTTCTTAGGCAGGTTTGAGTAATCATACACCAAGATTTTCTAAAGGAAAAAAAACACTTTGAGATATTCATGAAGCCAGATGTGGGCTTTGTCAACACACCTGTCACACAGAAAAAAACATCTAATGTCAACCCCATACCTACCTGAGGCGAATGGAAACTTGTGTTCGTTGTTTTATAATTTGGATGTTGGCAGAGAAGGTAACATGAAACCAAGGAAGACATATCTAAATGTGTTCAAATTATAAAAAGTACTATGGTTTTACATGTAATTTTCCTTCTAAGAAGGATCTTTGTTTTTTTTGAAAAAGTGACGTTAAGGGTGGAATCTATTTTACACTTGCATAGCAAGTGCTGACATAAGTGGTGATAGCTTTTCCTTTGTCCAGTTTTTCCCAGGCTGTGTAAAAAGTCAGTGCTAAGTAACTAGGAAGTTGTCCAGAAGGACTCTGACAATTCCTGCTACCTCTAGTTGGTACCAATAAAGTACTGTCACAGGACTTTGAAGTCAGAAGATCCTGTATTCAAGTCCTGGTTTGGCTCAGGCCAAATGTGTGACTTTCAGCAAGTTCCTTTTCCCAAGGTATATTAGCCCCATCTTCCTAACCTGTAAACTAAGGTTAATAATAGTACCTACCTTATAGATTTATTTTGAAGGAAAAGAAAGAGCTATTACAGATAAAATTCTTAGGACAGTTTCTAATATGTAATAAGTAATCAACTGTTAGCTGCCATTATTATTGCTATTACTGATCCTTAAAATTTAGGGTTAGTATTTAGCCTTGAAGTGTAAGTAATAGAATAAACAGACCTATCTTCATCATCCTTCCTTCTAGGCATACATTGTAGGGCAGTTGGCCCATTATGCAACAAGACTGTTGGTTGTACCTCTTATTGGTACTCATGAAAGATATATATGTGAACATGAAGAATTTTTTAAGTCTATGGAGATGAAATCTATTTGTGGTTTGGAAAAAGGCAGTGGATAGTTATTTGCACTTTCATGACAATTTCATATTTAACAAAACCCCATAAGATTAATGATTGTGTATCTCCCCCATAACCTTAGTACTTTTTGACAATGTTAATACTTCTCCATAACCTTACTGCTTTTTGGTAGCAAACTGAATACATTCATCATCAATTTAGTATTTCTTGATATCAAACTGAAAGATGATAGTGAGAGAGTAATACAGTTGCATATAGAGCTCAAGTAAATATTCTAAAAATAACAAAAGACTGGCCTTTCATCACAACGTGCACTCTTAGTAAAATAATTCAATGAGTCAATAATAGTTAAACTGGCGTATGACTTGTTTTTCAACACTGGGACAGTATGTAACAGTGAACCAGCAATTGCACAGATGGAGTCGTGATCCTGCAAACTGAGAAATGATTTTACAGGAATGGAAATAGGGGCCACTAATTACTAAAGAAACCTCTCTTCATGGCCACAATATATTGTGGCTTTTTTATATGTGTGTGCTTTGTCAAGGCAACACTTCCTTTTCTCTTTTTTTCTTTCGTCTTCTCACTTGCTTCCAAAAAGCCTAATCATTTCCTAATTTTTCTTTTCTAAATGCACTTTTTTCTCCATTCATTTTGCTCCCAACTACTGCTTGGTAACCCAAGTCACATACATAGGTTTACTGAGCAACTAAGGAAGCTTAGTTGCAAGTGCTAGTAGGAAAATCAGTCAGAAAGTTTGACATATGTGAGTGGATACATGCCATACATGGGTGGTTTTTGTGCTAAGATTTGCTTTTCTTAGAAATGGGATAGCTATTAATTAGTAGACGAAATGGATGTTAAATTTCCCACTGTACTTTGATGATTACATAGCAGAGTGTGTAAGAAAAACGATAATTTAGTTCAAAAGCCAAAAGTGAAAACTGAAAAATATCCAATTGAAGAATAATACACAATATCTAATTTCATCACCAACACCCCAATTTAGAAATGTTAATGTGATAAAGTGTAAATACTATGTGCTTTAGAGTAAACAAAACTGAGTTTGAATTTCAGTGTTACCCAGAACTAGGCTAATTACTTAATCTCTTTGTTTGATAAACTCTGAACTGGGTTAGTGATTGTGCCTATTCTTAGAGGTTACTATAAAGGTTAAATGAGATAGTATATGCAAAATAGTTTGGCACCTAATGGACACTGAGTAAAAATTTGTTCTTTTTCATATTTCTCACTATCCTACAAAAGATGCCCCAGTGAGTTTAATCTTATAATAGTTGTATTCTTTAAAGATTTCAAACATTTAATTTTCCCATAAATTTTCCTAGGGAAAGATACTAACAAGGCTTCTACTGCAAGTCTGCCTTCTCCCCCAAAATTAACAACCAGTGTGCTGTTATAGATAAATATGAAACATTGAAGCTGTATTTACAAAAAAAAGTTAAAGCTTCATTGCATTGTAGTTAGAGTATTTAATACTATTGCATTGAATCTCGAGGCTACAAAAGTGTTGTATATTATACATAGTCATTAAGAAAAAGGCTTTAAAGTCTAGGGGCGAGGTGTTCAATTCTTCTAAGAGGAATCTCTTTAATTTATTCAAAAGCATAAATACTAGAATTTTGGAAATAGGGAAAAGAACATGGGCATCCCCCCAACTTTCACTTGTTTTCTCTTCTGTCCTCTGTCCTTTTTTACTTCTCATTCATTCATCAACAAAAATTTTCTGAGGGCCTGTTTCACTGCTTTTTAAGAATTGTGCAGAAAATTTTTGCAATCTGTCCATCTGACAGAAGGCTAATATCCAGAATCTACAAAAAATTTAAACAAATTTACAAGAAAAAAACAAACAATCCCATCAAAAAGTAGGCAAAGGATATGAACAGA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Seq C2 exon
CTAATATCTCAATATCTAATGACACCACACTGGCCCCAGAGTATTTGCCAACTATGTCTTCTACTGACATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000080493-SLC4A4:NM_001098484:14
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0095516=HCO3_cotransp=PD(53.2=84.5)
A:
NA
C2:
PF0095516=HCO3_cotransp=FE(4.4=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)