RnoINT0138496 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000003134 | Slc4a4
Description
solute carrier family 4 member 4 [Source:RGD Symbol;Acc:68936]
Coordinates
chr14:20539433-20553495:-
Coord C1 exon
chr14:20553224-20553495
Coord A exon
chr14:20539504-20553223
Coord C2 exon
chr14:20539433-20539503
Length
13720 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
TTAATCTCTCAGTATCTAATGATACCACACTAGCCCCAGAGGACCTGCCAACCGTTTCTTCTACTGACATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000003134:ENSRNOT00000004391:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0095516=HCO3_cotransp=FE(17.4=100)
A:
NA
C2:
PF0095516=HCO3_cotransp=FE(4.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]