HsaINT0153488 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000033867 | SLC4A7
Description
solute carrier family 4 member 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11033]
Coordinates
chr3:27385892-27390104:-
Coord C1 exon
chr3:27389931-27390104
Coord A exon
chr3:27386024-27389930
Coord C2 exon
chr3:27385892-27386023
Length
3907 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGA
5' ss Score
9.48
3' ss Seq
TCCTTCCCCACTTTTTAAAGGTT
3' ss Score
8.74
Exon sequences
Seq C1 exon
TTATTTGACCGTATAAAATTATTTGGAATGCCTGCTAAGCATCAGCCTGATTTGATATACCTCCGTTATGTGCCGCTCTGGAAGGTCCATATTTTCACAGTCATTCAGCTTACTTGTTTGGTCCTTTTATGGGTGATAAAAGTTTCAGCTGCTGCAGTGGTTTTTCCCATGATG
Seq A exon
GTAAGATTTCTTCAGACTTATTTTGTCACTAATTAATAATATGTTTACAGTAATTTTTTATTAATATTTATAATTGATTTTGAGAAAAAGAATAATGCGTTTTAAGTACCTTAGGTGTTTGAAAATGTGAATTAGCTGTTACTAGATACAAAGCAGTTGTTTCCCAGCTTCAATTTTATTACTTTGTAAATTTTTGTTTGTTTTGCTTTTTAGTCCTTAGGCTATAGGACTTGGTTTTGTATTTTTAAATAACTTCAGAATTCAGGACGTTCATGGAACAAATACATTTTCAAATGTAAAAGCAAAGGAACCAAAACAACATGGTTCATTATTAAAATACTTTGATATATCTTTTTCAGAAATTGACAGATGTGGAAGTTAAAAAGTAATGAAGGCTACCGATGACTTTAATAAGACAATATAATTCATTAAATTATCACAGAATATTGCATTTTACAAATAGAGAATGTACATTCTTCTGTAAATGCTATGTAAAAATTGGTTTTGTACATGGCCACAGAGAAAACCTTACAGAATTTAAAAAGCTATAAAAATTACTCAAGTAGTATTTTCTAAAAACAGTTAAATTAGAAATAAATAATGGAAAGCCACTAAAATAATCTTAAATATTTGGAAATTAAACACTGTTCTAAATAATTTCTGAATAGAAAACAGTTAAAAAACCATCTAGAGGTATTGAAAGAGAGAAAATTATAACAATGTCTGTCTAAAACTTTGAGCACAACTAAAGTTACACTGAGAGGAAGGTGTATGCACTTCATTGCCTTTATTATTCAAGAAGACTTCAATGCAACTAAGTTGTTTTTTTTAAAAAAATCAATAATGGATAAACCACTCCCAAGCACATGTAAAGAAGAAAATGAGAGAATGGATATACAAGATTAAGGAGGAGAAAAGAGCGATAACCAGAGATATGGAGATGATTCAAGGGACTTGATGAAAATAACACTTGCATGAATATCAATAAATTTGAATATCTAGAGCAGAGGTCAATAAACTTTTTCTGTAAAGGGCCAGATAGTAAACATTTTAGGCTTTATAGGTCACGAGAGTATTATGTGGGTACTTATGTAATCTTATTGATGAAATTTAAAAAATAATTTTAAAAATATAGGACTATTAGAAGAATGGAATTATTTTTTATTTGACATTATTTTACTTAATTGGGATTCATGGTTATTGTTTTCTACCATCAAATTAATTCCAAATGTTTATCTGTAAAAAAACATTCTTAGGTTATAGGCTATACAAAAATAGATGGTGGATGAAATTTAACTCAGGTGCTATGGTTTGCTGACCTCTGACCTGGAACAAATGGATTATTTTCATACTATATCTAAATTTCCAAAATTGACACTGGAAGTATAAAATTTGTGTATAGCCCAGTTGCATAGAAGAAACTGGAAAAGTGGTTAAAGACCTGTCCTTAAAGTATCAGGGTCAGATTGGTTAAAAGCTTAATTTTAAAGAACAGATAATTACAGTACCCTCTTGAATTATTCTAGACCAAAGGAAAAGATGGAAACCTATGCAATTTTTCTCAAAAAACACTGACAAGTTATTAATACCCAAGGCTAATTAAGTTGCACAAAAGATTTATGCTGCCTTCTTACTAATATAAATGCAGAAACCTTAAACTAAAATATTAGCAAGTAAACAAATTTAGCAGAATTTCCAAGAGTAATATATCTTAAGTAGATAGACAATGATACTTTGGCTTCAAAGCAATTATTAACATATTTGTTGAAAATGTCATTGTATACCTATTAACCCAAGTGATTTTAGTTAAAAACAAAAAAGACTGAGCCCTTAATAGAATTAATAAGAATTGTGTTAGGGTGGCTGGATGTTAGAAAACTTGATGAATTAGTAGGCAGTCTCTCTCAATGATCAAAAACCATAAAGTACTTAAGAATAAATTTTAAAAGAAAGACCCCTTTAAAGAAAAAGGCTTTATAATAGCATTTGTATTAGCTTCCAAGGGCTGCTGTAACAAAGTACCACAAACCAGAGGCAGTATGTGGGGGTGGGCAGTGACATGCTCTTTCTGAAGCCTCCAGCGGGGAATCCTGCCTTGTCTCTTCCTCTCTTCTGGAGGTTTGCTGGCTGTCTTTGGCATTCCTTTGGCTTGCAGCTGGGTAACTGAAGTTGGAGCCTTTGTTGTCACATGGTGTTCTTCAACAGCTTATTTCCAAATAAGTTCATATTCTGAGGTACTGGAGGTTAGGACTTAACTGTCTTTAATGGGGAACAAAATTCAATCAATAACAGTATTAAGGGACAGCAAATAAGACCTGAACAAATACTGTGTTCTTTGTTTTAAAGATTTCATATTATAAAACTTGCAGTTTTCTGAAAAATCGCATTTAAATGTAATATAGTGCCAAGTACAGATTCTACTGGAGTTTTATCTGAATGTATGTGTTGGGGTGGGGGGTGGTGTCATTGTGAACTGGATAAATAATTTGGAACTGGATAAATAAAAAATAAATGCCTGACTCAAAAACATGGATGGTAGAAATGTTCTGTATCTTGTCTGGGTGTGCATTATATGAGTAGTATATACATTTGTCAAAAGTATCAAACTGTACACATGCTATTTTTCAATTTTTCTGTATGTAAATTACATATTCATTAGAAAGAAAGACATAACTACTAGAGAATAACAAGATAATGATAATTATAACTAAGAAGGATTCCTGGCTAGGATTGAGCATAGAGGGCTTTGCTTTGCCATCTACTTCACTGTTCGTGTGCTGATACTGTACTGTTTTAATAACCAAATATTTAAAAATTGCTGACAAGTCAGTGTAGCCACCATAATATAGAATTGGCATATGAATAGACAAATCAGAAAAATAGACAAATGGGTCCAGAAATGTATCTGAATACATTGGAATTTTATCACTTGAATACCATAAGCAGGTTATTTCATTAAAGGTAGTATTTCTTTTGTATGGGAGAATTTAGTATTGGACGATTTAAATGTATACTGGAAGCTAAGTAATGTTGTACTCCTTATCTGAGACCATGTTCAGAAATCAAAATTGAATTCAGTATTTAAATGGTAAAATAAATTGTAGTGGAAAATGTAAAAGAGTATTGTATAATCCATTGATTGGGACTAACTTTTCAAAGAAGATAGGAAAACCCAAGTGTAAAAGGAAGATATGCTATATTTGACGTGATAATTAAATGTTTCTTATATGTTCAAAAAGTATAAAAAACAGTTAAATCAGACTGTGAACTGGGAGAAAATATTTGTAACATGTAAGGCAGATAAAAAATTTCTATTCAAACTACACAGAACTCATAAATGCATAAACAAAAGTCATAAAAACCAACAGTCCAAGTTTAGGAAATAGCAGGTACAGAAGTGGAAATCTTATTGGCCAGTCAGCATTCAAAAACATGCTCATCTTCAGCAGCAGTTAAAGCAAATTAAAGTATTAGTTCATTTCTCCCATATGATTGAAAAGTTAAAACCTAATGTTGGGAATAGGTACTCTAATGTATTGCTGAAGAGATTTTTAAAAATTATATATACTTACATAATATGTAATGTCTTAAAAATTAATTGTTTTTTGCTTTGATATTCAGTGTTTAACCTGCTTCATAATTTTATGCGTAGTGCAAGGGATTTATTCAGGAGAAGGTTAAGAATGCCATTTCCTTTTTTCCTCTCTTTATAGTTTTTTTTTTTTTTTTAGCACAAAGTAAAAAAAGATAAATAATTGACTCAATTCCTTTGAAACAAAATGATGTGTGAATAATTTTTAAACTATATGAAGCATTTTTTATAAGATTTAATAAATATGCTTTTCCTCTTTAAGTGATACAGTTTGTATTATGTGTTACTTAATATTTCCTTCCCCACTTTTTAAAG
Seq C2 exon
GTTCTTGCATTAGTGTTTGTGCGCAAACTCATGGACCTGTGTTTCACGAAGAGAGAACTTAGTTGGCTTGATGATCTTATGCCAGAAAGTAAGAAAAAGAAAGAAGATGACAAAAAGAAAAAAGAGAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000033867:ENST00000295736:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.273
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0095516=HCO3_cotransp=PD(6.6=58.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains