HsaINT0153500 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000050438 | SLC4A8
Description
solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:11034]
Coordinates
chr12:51818594-51834573:+
Coord C1 exon
chr12:51818594-51818819
Coord A exon
chr12:51818820-51834491
Coord C2 exon
chr12:51834492-51834573
Length
15672 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
ACTTATTTGTGTTTAAACAGAGA
3' ss Score
7.79
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGGTTGCGGCGGATGCCTCGCGGGCCGGTGGCTATGGAGGCGGCGGCGGTTGATGGTTGACCGTTGGCTCCGGGGTGGGGGTCGCCGTTCGAGTGATCTGCTCAGACCCGACCAGAGGGCGCGGGCTGCTGATGCTTGGCTTGGAGCCCGTGGGGGAGACCTAGTTCGGCTCCGCCATGCCGGCCGCCGGGAGTAACGAGCCGGACGGCGTCCTCAGCTATCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGACCAGATGAAGAAGCTGTGGTGGATCAGGGTGGGACCAGTACAATTCTCAACATTCACTATGAAAAAGAAGAGCTGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000050438-SLC4A8:NM_004858:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.673
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)