HsaINT0153500 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000050438 | SLC4A8
Description
solute carrier family 4 member 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11034]
Coordinates
chr12:51424771-51440789:+
Coord C1 exon
chr12:51424771-51425035
Coord A exon
chr12:51425036-51440707
Coord C2 exon
chr12:51440708-51440789
Length
15672 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
ACTTATTTGTGTTTAAACAGAGA
3' ss Score
7.79
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCTCCGCGCCCTGATTGGCTGCGCAGGCCTCTCGCTGATTGGTTGCGGCGGATGCCTCGCGGGCCGGTGGCTATGGAGGCGGCGGCGGTTGATGGTTGACCGTTGGCTCCGGGGTGGGGGTCGCCGTTCGAGTGATCTGCTCAGACCCGACCAGAGGGCGCGGGCTGCTGATGCTTGGCTTGGAGCCCGTGGGGGAGACCTAGTTCGGCTCCGCCATGCCGGCCGCCGGGAGTAACGAGCCGGACGGCGTCCTCAGCTATCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGACCAGATGAAGAAGCTGTGGTGGATCAGGGTGGGACCAGTACAATTCTCAACATTCACTATGAAAAAGAAGAGCTGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000050438:ENST00000453097:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.786
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains