HsaINT0154581 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000165300 | SLITRK5
Description
SLIT and NTRK like family member 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20295]
Coordinates
chr13:87672615-87696272:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
2555 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGT
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Exon sequences
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000165300:ENST00000325089:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains