HsaINT0159470 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197558 | SSPO
Description
SCO-spondin [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:21998]
Coordinates
chr7:149828936-149831265:+
Coord C1 exon
chr7:149828936-149828996
Coord A exon
chr7:149828997-149831134
Coord C2 exon
chr7:149831135-149831265
Length
2138 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTATGG
5' ss Score
8.17
3' ss Seq
CTCAATGCCCCTCCCCACAGAGG
3' ss Score
9.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCGAGGAGATGGTGCTGGAGCCAGGGAGCTGCTGTCCCTCTTGCCGCAGGGAGGCTCCGG
Seq A exon
GTATGGAGGGAACCTGGGTGCATTGTGGGGTGCCTCTCCCTGGTCTAGACCCTTCTCCCCTGCCACCCCACACCTGGCCTTTGCAGCCTGGCAGCTGCCTGACTCCCCCAGGCCAACCCACCATGGGGATTTGAGGAGTGAAGACCCCAGCACATATCATAGCGCCTGGTCACCTCGCCCCACACGCTTCCCTCAGACCCAGGCCCTGCCCCTCTTCCCACAGTCCCCTCAGTCCCCTCCTCCTCCTGTGCTCTGTCCCCCCCCCCACAGTCTCCTCAGTCATCCCCTCCTCCTGTGTCCCCTCCACAGTCCCCTCAGTCATCCCCTCCTCCTCCTGTGCTCTGTCCCCCCCACAGTCCCCTCTGCCATCTCCTCCTCCTGTGTCCTCTACAGTCCCCTTAGTCCCCTCCTCCTCCTGTGTCCCCCTCCACAGTCCCTCAGTCACCTCCTCCTGTGCCTTCCCGCACAGTCCCCTCAGTCACCTCCTCCTCTGTCCCCCCCACAGTCCCCTCAGTCCCCTCCTCCTCCTGTGCTGTCCCCCACAGTCCCCTCCATCATCCCCTCCACCTGTGTCCCCTCCACAGTCCCCTCAGTCCCCTCCACCTCCTGTGTCCTCCCACAGTCCCCTCAGTCCCCTCCTCCTGTGTCCTCCCACAGTCTCCTCAGTCATCCCCTCCTCCTGTGTCCCCTCAGTCATCCCCTCCTCCTGTGTCCCCTCCACAGTCCCCGCAGTCATCCCCTCCTCCTGTGTCCTCCTCCACAGTCTCCTCAGTCCCCTCCTCCTGTGTCCCCCCCACAGTCCCCTCAGTCACCTCCTCCTCCTGTGCCCTCCCCCACAGTCCCCTCCATCATCCCCTCCTCCTGTGTCCCCCCCACAGTCCCCTCAGTCACCTCCTCCTCTGTCCCCCCGCACAGTCCCCTCAGTCACCTCCTCCTCCTGTGCCTTCCCGCACAGTCCCCTCAGTCACCTCCTCCTCTGTCCCCCCACAGTCCCCTCAGTCCCCTCCTCCTCCTGTGCTGTCCCCCACAGTCCCCTCCATCATCCCCTCCACCTGTGTCCCCTCCACAGTCCCCTCAGTCCCCTCCACCTCCTATGTCCTCCCACAGTCCCCTCAGTCCCCTCCTCCTGTGTCCTCCCACAGTCTCCTCAGTCATCCCCTCCTCCTGTGTCCCCTCCACAGTCCCCTCAGTCATCCCCTCCTCCTGTGTCCCCTCCACAGTCCCCTCAGTCCCCTCCTCCTCCTGTGTCCTCCCACAGTCCCCTCAGTCCCCTCCTCCTGTGTCCTCCCACAGTCTCCTCAGTCATCCCCTCCTCCTGTGTCCCCTCCACAGTCCCCTTAGTCACCTCCTCCTCCTGTGCCTTCCCGCACAGTCCCCTCAGTCACCTCCTCCTCTGTCCCCCCCCACAGTCCCCTCAGTCACCTCCTCCTCCTGTGCCCTCCACAACAGTCCCCTCAGTCATCCCCTCCTCCTGTGTCCTCCTCCACAGTCCTCTCAGTCATCTCCTCCTCCTGTGTCCTCCCACAACAGTCCCCTCAGTCATCCCCTCCTCCTGTGTCCCCTCCACAGTCCCCTCCTCCTCTGTCCCCCCCACAGTCCCCAGTCCCCTCCTCCTCCTGTGCCTCCCCTCCACAGTCCCCTCAGTCACCTCCTCCTCCTGTGTCCTCCCACAACAGTCCCCTCAGTCATCCCCTCCTCCTGTGTCCTCCCACAGTCCCCTCAGTCACCTCCTCCTCCTGTGCCGTCCCCCACAGTCCCCTCAGTCACCTCCTTCTCCTGTGCCTCCCCTCCACAGTCCCCTCAGTCACCTCCTCCTGTGTCCTTCCACAGTCTCCTCTGTCACCTCCTCCTCCTGTGCCTCCCCTCCACAGTCCCCTCAGTCATCCCCTCCTCCTGTGTCCTCCCACAGTCCCCTCAGTCACCTCCTCCTCCTATGCCTCCCCTCCACAGTCCCCTCTGTCACCTCCTTCTCCTGTGCCCTCCCCACAGTCTCCTCTGTCACCTCCTCCTCCTGTTTCCCCCTGCATTCCCCCTGTCACCTCGTTCTCCTGTGCCTCCCCACCCCCACAGTCCCCTCAGTCACCTCTGCCTCCTGTGCCCCACCCCCACCTCCTGCCACTCAATGCCCCTCCCCACAG
Seq C2 exon
AGGAGCAGTCGCCCTCCTGCCAGCTCCTCACGGAGCTTCGAAACTTCACCAAAGGGACCTGTTACCTGGACCAGGTAGAAGTGAGCTACTGCAGTGGGTACTGCCCATCCAGCACCCATGTCATGCCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197558:ENST00000378016:104
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains