HsaINT0163978 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000108239 | TBC1D12
Description
TBC1 domain family, member 12 [Source:HGNC Symbol;Acc:29082]
Coordinates
chr10:96201653-96234540:+
Coord C1 exon
chr10:96201653-96201776
Coord A exon
chr10:96201777-96234424
Coord C2 exon
chr10:96234425-96234540
Length
32648 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
TATGTTTTAATTTACTCTAGGAA
3' ss Score
10.16
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATATGAAGCACGAACGGGGAGGACCTGTAAACCACCACCTCAGTCTTCAAGACGCAAGAATTTTGAATTTGAGCCGCTTTCTACCACTGCCTTGATTCTTGAGGATCGACCATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000108239-TBC1D12:NM_015188:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.548 A=NA C2=0.641
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)