BtaINT0145400 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000009693 | TBC1D12
Description
TBC1 domain family, member 12 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29082]
Coordinates
chr26:15798261-15824240:+
Coord C1 exon
chr26:15798261-15798384
Coord A exon
chr26:15798385-15824124
Coord C2 exon
chr26:15824125-15824240
Length
25740 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
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3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATATGAAGCACGGATAGGGAGAGCCTGTAAACCACCACCTCAGTCTTCAAGACGAAAGAATTTTGAATTTGAGCCACTTTCTACCACTGCCCTGATTCTTGAGGATCGACCATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000009693:ENSBTAT00000012783:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.268 A=NA C2=0.423
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]