RnoINT0147916 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000036598 | Tbc1d12
Description
TBC1 domain family, member 12 [Source:RGD Symbol;Acc:9377071]
Coordinates
chr1:257544095-257555744:+
Coord C1 exon
chr1:257544095-257544218
Coord A exon
chr1:257544219-257555628
Coord C2 exon
chr1:257555629-257555744
Length
11410 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
TATGTCCTTATTTGCCCTAGGAG
3' ss Score
9.01
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGTATGAAGCGCGGACAGGGAGGACCTGTAAAGTACCGCCTCAGTCTTCAAGACGTAAGAATTTTGAGTTTGAGCCACTTTCTACCACTGCCCTGATTCTTGAGGACCGACCATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000036598:ENSRNOT00000018668:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.400 A=NA C2=0.569
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]