GgaINT1027249 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006538 | TBC1D12
Description
TBC1 domain family, member 12 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29082]
Coordinates
chr6:19621643-19632579:+
Coord C1 exon
chr6:19621643-19621766
Coord A exon
chr6:19621767-19632463
Coord C2 exon
chr6:19632464-19632579
Length
10697 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TCTTTATCAATAATGTTTAGGAA
3' ss Score
6.16
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACTTTTTCACTAAAAGGACAAAGGAACTCAAACCTGCTGTCCAAAGTGCTCCTGGCTGGAAGTTGTTTGGAAAAGTCCCCCCCAGGGAAAACCTTCCAAAAGACTCCAAAATAATTCAGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATATGAAGCACGGACAGGAAGAACGTATAAGCCTCCACCTCCATCAGCAAGACGTAAAAACATTGAATTTGAACCACTTTCAACTACTGCTTTGATTCTGGAGGATCGACCAGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006538:ENSGALT00000010562:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.675 A=NA C2=0.658
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]