HsaINT0164005 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000132405 | TBC1D14
Description
TBC1 domain family, member 14 [Source:HGNC Symbol;Acc:29246]
Coordinates
chr4:6969031-6996029:+
Coord C1 exon
chr4:6969031-6969151
Coord A exon
chr4:6969152-6995910
Coord C2 exon
chr4:6995911-6996029
Length
26759 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACAC
5' ss Score
7.56
3' ss Seq
CCCTGGTTTCTTTGTCCTAGGAA
3' ss Score
10.04
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATATGAAGACAAGGCTGGAAGACCTAGCAAGCCACCCTCTCCAAAGCAGAATGTGAGGAAGAATCTTGACTTTGAACCACTTTCCACCACCGCACTCATCCTCGAGGACAGACCAGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000132405-TBC1D14:NM_020773:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.366 A=NA C2=0.700
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF085986=Sds3=PU(28.4=62.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)