HsaINT0166125 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198176 | TFDP1
Description
transcription factor Dp-1 [Source:HGNC Symbol;Acc:11749]
Coordinates
chr13:114240089-114265377:+
Coord C1 exon
chr13:114240089-114240164
Coord A exon
chr13:114240165-114265310
Coord C2 exon
chr13:114265311-114265377
Length
25146 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TGTTTTGTTGCTTTCCGCAGGCC
3' ss Score
11.51
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCCGGTCTAATTGAAGCCAACGGAGAACTCAAGGTCTTCATAGACCAGAACCTTAGTCCCGGGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198176-TFDP1:NR_026580:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.250 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)