HsaINT0167109 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000146426 | TIAM2
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11806]
Coordinates
chr6:155165263-155176977:+
Coord C1 exon
chr6:155165263-155165409
Coord A exon
chr6:155165410-155176815
Coord C2 exon
chr6:155176816-155176977
Length
11406 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
CTTTTGGCATCTACAAACAGGTC
3' ss Score
7.66
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCGATGAACTTCTGCATATATATGGTTCAACAGTAGACGGTGTTCCCCGAGACAATGCATGGGAAATCCAGACTTATGTCCACTTTCAGGACAATCACGGAGTTACTGTAGGGATCAAGCCAGAGCACAGAGTAGAAGATATTTTGACTTTGGCATGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000146426:ENST00000318981:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.129 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0219610=RBD=PU(56.9=53.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains