DreINT0163251 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000087780 | tiam2a
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030219-98]
Coordinates
chr17:49034249-49047721:+
Coord C1 exon
chr17:49034249-49034395
Coord A exon
chr17:49034396-49047553
Coord C2 exon
chr17:49047554-49047721
Length
13158 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGTA
5' ss Score
5.89
3' ss Seq
CATGCTCTTCTCTTTCCCAGCGG
3' ss Score
9.77
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CGGTTAGGCAGTTTGACGAATGTTTACTCAATTGTGCCACCTGAAGGCAGCCAGTGGGATTGCAGTCGAGAAAGCACAACATGCATCTACATGCCAAACTGCCAGACTGTTACTGTTCTCCTGAAAAGTCATCACACTGTCATGGATGTGTTGGCTGAGACCTGCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000087780:ENSDART00000156492:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.129 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0219610=RBD=PU(54.4=55.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]