HsaINT0169658 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198092 | TMPRSS11F
Description
transmembrane protease, serine 11F [Source:HGNC Symbol;Acc:29994]
Coordinates
chr4:68918916-68925186:-
Coord C1 exon
chr4:68925044-68925186
Coord A exon
chr4:68919786-68925043
Coord C2 exon
chr4:68918916-68919785
Length
5258 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
AAAATATGTTTTTATTTCAGGGA
3' ss Score
9.01
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCTATACAAAATACACTTCGGCAAGCCAGAGTGGAAACCATAAGCACTGATGTGTGTAACAGAAAGGATGTGTATGATGGCCTGATAACTCCAGGAATGTTATGTGCTGGATTCATGGAAGGAAAAATAGATGCATGTAAG
Seq A exon
GTAAGTTTAAAGTCAAGGCCAAAAGTTTATGAGGAAAGTTTCCATTAGCTATTTCTGAGTTTGGCATATATTTTACCTAGGAGAAAAAAAAATGGCATCTCTTACACCGAGAACTGACTTTATTTAATAATCATAACAATAACAATAATTGTATTGAGTGTTTAATATACGCTAAGCCAAAAATTAAGCACTTTTTATACATTATTTCATTTAATGTAATGAGATAAAAGCAATATTATAATTACCATATTCATCCCCCAGCCTCCCAGTCATTTCCCTTCGCCCCTCACATTTTTTAATGACAGCGACAGCTGAAACAAGTTTTCTTTCCATTCCAAGCCCTGCATTAGCAACACTGACCTGTTTAAATGCTGGACTTTTAGTTCCTAGACCTCCTCTTCTCCAGTGATCTTCTATACTCTTCAGCCACCTCAGACCCTCCTCTTAGAGTCACACTATGGGCCTTGTTATCAAAAACTACTCCACTCCAAAAGTGCTCATTTGCATCTTCCTTTTTGACTACTATCCCCCAGTGTTTCCCCCTTGCTTTTTAACTACTGCTTCCCTATATACACTTACTATGTTATACCCTAGTCTACCAACTCTCATTCCCAACATGCACAACCTACATGTACATTCCTTGTGTCCTTTCTTTGTTCTATTTTTCTCCTCAGCCTTTGTCACCATCCAGTATGCAGTATGTTTATTTATCTAGCTTATTTCCTGTTTCTCCACTAACTAAAATGTAAGCTTCATGAAGGAAGACATATTTTAATCTATTTTATTTACTGCACCTGAAATAGACTGGTGAAAATATGTGATGACTGATTGAATGAAAAAGTCTTTTTTCAACTTCATAGACACCTATTGTCCATTGATTCCTCTGTTTTCTCACAGTTCATTAATCATTTCCTTTCTTCCAGCTTCTACTTTTCCAGCTTAGATTTCACTGTCCATTATTTTTTATTGATAAATCATAATTGTATTACATCTATGGAGTACAATGTGACATTTGATACATGTATACAATGTGGAATGGTTAAGTAAAGCTAATTAACATATCCATCACCTCACTTAACATTTTCTCTGTGATAGACATCTAAAATTTACTCTCTTAGCTATTTTGAAATCTATAATACAGTATTATTGATTATAGTCACCCTGCTTTGCAGTAGATCTCAAAACTTATTCCTTCTCACTGAAACTTTGCACCCTCTGACTAGCAACTCCCCTTTCCCTCACTCTCCACCCGCCTAGGCTCACCCAGACTCTGGTAATCATCAGTCTACTCTCTACTTCTATGAATCCAACTTTTTTAGATTGCACATATAGGTAAAATGATGTAGTATATGTCTTTCTGTGCCTGGCTTATTTCACTTAGCATAATGTCCTCTAGATTCATGTATGTTGTCCCAAATGGACAGAATTTATTCTTTTTATGGCTGCATAATATTTATTTTGTAGATATACCATATTATCTTTATCTCTTCACACATTGATGAACACTGAGGTTGATTCCACTTAGGTGGTTTAAATTCATTTCCCTAATGATTTGTAATACTGAGCATTTTTTTCATGAATGTGATGGTCATTTGTATGTCTTCTTTTGAGAGGTATCTAAGTCCTTTGCCAATTTTTTAAAATCAGGTTTTGTTTGTTTTGTTTTTTGCTATTGTGTTAACTTCTTTATATATTTTGGATATAAGCCCTTATCAAATATATGGTTTGCAAACATGTTTTCCCATTCTGTGAGTTGTCTCTTCACTTTATTAATTGTTGTTTTGTTTTGTTTGCCGTGCAAGCTTTTCAGTTTGATACAATCTGATTTGCCTATTTTTGCTTTTGTTGCCTGAGTTTTTGAGGTAATATTCAAAAATCCTTGCCCAAACCAATGTCATGGAGTTTTTGTCTGTTTTCTTCTAGTAGTTTATAGTTTCAAGTCTTAAGTTTAGGTTTTTAATCCATTTTGAGTTTCTTTTTGTGCATGGTGTAAGGGTAAGGGTCTAATTTCATTCTTCTTCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGTCTCGCTTTGTCACTCAGGCTGGAGTGCAGTGGTACGATCTAGAATCACTGCAACCTCTGCCTTCCAGGTTCAAGTTATTCTCCTGTCTCAGCTTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCATGTGCCACCATGCCTGGCTAGTTTTTATATTTTCAGTAAAGATGAGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTTAAGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACGCCCAGCCTAATTTTATCCTTCTGATATAGATAACCAATTTTCCCAGCACCATTTATTGAATAGACTATCTTTTCCTCAGTGTGTATTCTTGGCATCTTTGTCAACAAATCAATTGACCATAAATATATGTGTTTTTTTCTGGCTTTCTATTCTATTCCATTAGTTGATGAATCTGTTATTATGCCAGGACCACACTATGTTGATTACAATTGCTTTATAAGACATTTTGAAACCAGGTAGTATAAGGCCTGTAGCTCTGTTCTTTTTGCTCAAAATTATTTTGACTATTCAAGGTTTTTTTTTGCTTCTATATGGATTTAAGGATTGTTTTCTTTCTTTGTGAAAGAAATGGCATTGGAATTTTGGTAGGGATTGCATTTTAACAATGATAATTTTAACATTTTAATGAACATTTTAACAATGATAATTCTTTCAATCCATAAACATGGAGTATCTTTTCATTTTTGTGTTTTCTTCAGCTTCTTTCTTCTATATTTTACAGTTTTCAGTATACAAAGCGTTCACCTCTTCAGTTAAATTTACTCCCAAGTGTTTTTTTTTTTTTGCTATTTTTTTTTTGTTGCTATTGTAAATGGATTGTTTTCTTAATTTCCTTTTCAGACAGCTCACTATTAGTATATGGAAACACTACTGAGTTTTGTATATTGATTTTGTATTCTGCAAACTTACTGAATTTGTTTATCTCTTCTAACAGCTTTTTGTTGGTTTTAGGGTTTTCTATCTATAAGATCATGTTGTCAACACACAAAGACAATTTCATGTCTTCCTTTTCTATTAGAATGTCTTCTATTTCTTTCTCTTGCCTAATTTCTCTAGCGACAACTTCCAGAACTGCATTGAAAAGAAATCAGAGTAGATATCCTTTTGATGTCCCTGGTCTTACAGGAAACACTTTAGATTTTTCACTATGGCTTTAATAATAAAAGCCAATATATGGCTTTTATTGTGTTTGACATACACCTATTATGTTGAAAGTTTTTCTTACAAAAGTGTGTTGAATTTTTTCAAAAGCTTTTCCTGCATCTGTTGAATGGATCATAGTTTTTAGCCTTCGTTTTGTTAATGTAATGAATCACACTTATTGATTTGAATATATTGAACCATTCTTGCATCTGAGGGATAAATCCCACTTGATAATGATGAATGATTCCTTTAATCTATTTGAATTTGGTTCATGAGTATTTTGTTAAGGATTTTTACATCCTATGTTTATCAGGAATATTGAAGTGTCCTTATCTGGCTTTAGTATCAAGGTAATCCTCACCTTGTCAAATGAGTTTGGGAGTATTCCTTCTTAAGTTTTCTGGAAGAGTTTAAGAAAGATTGGTATTATTTCTTCTTTAGATGCTTGGTAGAATTGAATTGTGAAGCCATCTGGTCCTAGACTTGACTTTGGTGGGAGACTTTTTAATTACTGATTCAGTATTCTTACTTATTATTGATCTGTTCAGGTTTTCCATTTCTTCAGGTTTTCCACTTCTTCATGATTCAGTCTTAATAGGTTGTTTTACCTTCTTAAATATTTCTGCATCACCATTTCTCCTTTCTTTGCCTCTCTTTCACACTCCTTTCCTTCCTCCCTTGACCAGACAACTACACTAGCTGTCTTGCTAATTTCCTCATTTTTACTCTTATGCTCCTCTCATGCGTTAGTCAAATAAGAGCCAGAACCATTTCCAAAAAAAGGCTAATCATGTCAGATCTCTCTCTGAAACACTTCAGTGGCTTACCTTTAGTCTTAAGATACAAACAAAAACTTCTAAACAAGACCTATGAGGCTCTACATGGACTTGTCTTTCCTTACCTTCCAGACTCATCACACACTATTTGCCCCTCTTACACTCCTCTCTACATCCACCTCCTTTTTTAGGCCCTTGCATTTGCCAGGCTCCTTCGCGCCACAGAGCATTTGCAATACTGTTCCCTCTGCCTATAACACACCTAACCCCCACTTCCCTTGTGCTCTGCTCTTCTTCCTTCAGATATCAGCTCAATTATACTCATCAGGGGAAACTTTCCTGTTTTTCCTTATCAGTCAAACTTCCCTGTTGTGTGTTACCATAGCACGTATCATGATGGTAATTTTGCATTTGTTTTTGGGCTTATTTAATATTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTAACCTAAACTTCAAACTCTATGAGCACAGGGGCCTGTCATTTATGTTCATCATTTTATCCCTAACAGACATCAGATTGCCTCAGACATAGAATAGGAACTCAATAAATAGTTAATTAAAGAAACAGATAAATAAATAAGTGAGGAAGTGACACAGAAAGCTTAAGTATCTCACCTAGGGTCATACAGCCAGTAATTAATAGAGCTGGACCTGAAACCGGCATTTCAGCTGCTGAGACCACACTTTTAACGACCACATGTTTATTTGTTTATTTACTTAATCTTCTTTGTTCTTATTTTTGTTTTCCAAATGAGATTTAAAGGAGTTTATAAAAATTTAGCAAGAAAACTAATTAGAAATAGGTGAGTAACAGAAAAGGAGACCAAAAATAGGTCCATAAAATACAATCAAGGTGACAGCATTTGGAAGAGATCCTTGAAATTGTATACCTAGGCTTACAAATGCTAATCTCACATTTAACATTTTATATACATAGTTACTAAACCATGCTAAACAGGCCTGTTCAAAC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Seq C2 exon
GGAGATTCTGGTGGACCTCTGGTTTATGATAATCATGACATCTGGTACATTGTAGGTATAGTAAGTTGGGGACAATCATGTGCACTTCCCAAAAAACCTGGAGTCTACACCAGAGTAACTAAGTATCGAGATTGGATTGCCTCAAAGACTGGTATGTAGTGTGGATTGCCCATGAGTTATACACATGGCACACAGAGCTGATACTCCTGCGTATTTTGTATTGTTTAAATTCATTTACTTTGGATTAGTGCTTTTGCTAGATGTCAAGAAGCCCTTCAGACCCAGACAAATCTAATATCCTGAGGTGGCCTTTACATACGTAGGACCAAACCCTCTCTACCATGAGGGAAGAAGACACAGCAAATGACAGACAGCACCTATTCCTTACTCACAAGGGAAACTGCTTGTGATACTTCCTAATAAGATAAATAAGTGGTTTCCCTCAATTGAAGACAGGAACATCATTTTCCACAGGATATGAAGAGCTGCCAGTAATGCCAAAATCTTACCTCATATAATACCTGGAGCATGTGAGATTCTTCTAGTGAAAAAGAACAGTCTTCCCTGAAGACTCAGGGCTTCAACATTCTAGAACTGATAAGTGGACCTTCAGTGTGCAAGAATGGAGAAGCATGGGATTTGCATTATGACTTGAACTGGGCTTATATCTAATAATACAGAGCACTATCTCTAACCTCAACAGTTGACATTTTAAAAGTTTTTAAATGTATCTGAACTTGCTGTTAACACAGTGTTATAACTCAAGCACTAGCTTCAGGAAGCATGTTGTGTTGTTAAGAAGCTTTTCTGATTTATTCTTTAACAGCATCTTGCCATCTATATGTTAGTAGCAGTTGGCCCAGAAAGGAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198092-TMPRSS11F:NM_207407:9
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=FE(20.7=100)
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=PD(19.8=84.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)