HsaINT0169707 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000184012 | TMPRSS2
Description
transmembrane protease, serine 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11876]
Coordinates
chr21:41480476-41488513:-
Coord C1 exon
chr21:41488394-41488513
Coord A exon
chr21:41480603-41488393
Coord C2 exon
chr21:41480476-41480602
Length
7791 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGT
5' ss Score
8.95
3' ss Seq
TAATCCTCCCTCTCGTGCAGTTC
3' ss Score
7.66
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGGCAGCAAGTGCTCCAACTCTGGGATAGAGTGCGACTCCTCAGGTACCTGCATCAACCCCTCTAACTGGTGTGATGGCGTGTCACACTGCCCCGGCGGGGAGGACGAGAATCGGTGTG
Seq A exon
GTGAGTCAGCCTTGACCTTGGGAAGGGACTCCTCTGCTCACCTTGGAGACAGCAGCCGGGTCCAGGGGCCTTTGGGTGACTGGGCCTGGCGTGCGTCCAGTACGCTGACACATGATGTCATTGAATCCCTGCTCCAGGCTGAGCCCTGGGGCTCAGAGAGGTTGTGTTTCCGGCCCAACCTCACCCAGCAGGTGGGAGATGACAGGGCCACCGAGGACTGTGTCATTGGAACCACACGTGCTCTGAACTGCCACAGGAAGTCAGTTAAGATGAGCAAACTGTTTATAAAGTTGGAGATGCAGGCTAGGAACGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGATGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAATATGGTGAAACCTTATCTCCACTAAAAATACAAAAATTAGCCAAGCGCGGTGGCGGGTGCCTGTAATTCCAGCTATTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCACGCCACTGCATTCCAGCCTGGGAGACAGAGCTGGCTCAAAAAATAAATTAATTAATTAAAAACAAAATTGGAGATGCACTATGTTATTTTCAAAACAAGCTGCCTTTAAAGATCTATCTGTTGTCACAGGGTGGGCTCATCTGTTTCATTTTATTTTCTGTGGTTTATCTATTTATTCATTTTAATGAACTAGGAAGCATTGCTCCTATTTATGGCATACCACATGATGTTTGGATACGTGTATGCCTGTGGCATGGCTAAGTCAAGCTAGAACATGGGCCTTACCTCATATACGTGTCTTATTAAGAACACATAAAACCTACTCTTGTAGTGATTTTCAAATATGCAACATATAGTTTATTAACTGCAGTCACTATGATGTACAATAGATTGCTCGAACTTATTCCTCCTGTCTAACTAAGATTTTGTGACCTCTGACCAACATCTCCCCAGTGTTGTCACCCCCCGCCCCCAGCCTCTGATAGCTGCCTTTCTACTCTCTGCTTCTGTGAGTTTGATGTTTATACATTCCACATGTAAGTGGCCTCATGCAGTGTTTCTGTCTCTGTGTCTGGCTTGTTCACTTAGCGTAATGTCCTCCAGCTTCATCTATGTTGTTGGAAATGACAGGATTTCCTTCTTTCTTGTGGCTGAATAGTATTGCCTTGTGCATATACACCACATTTTCTTTATCCCTTCATTCACTGATGGACTCTTAGGTTGATGTCATGTCTTGGCTGTTGTGAAAAATGCCGCAGTGAGCGTGGGCGTGCAGGTCCCTCTTCAACACACGGATTTCCTTTCCTTTGGATATAAACCCAGCAGTGAGATTGCTGGATCACATGGCAGTTCTGTTTCTCACCTTTTGAGGAAACTCCATACTGTTTTCCATAATGGCTGTAGCAACTTCCACTCCCACCCCCACGGTGCAAAGTCTCCATTTCTCTTCTACAACCTCACCAACTCCTGTTATTTTCCATCTTTCTGATAGTAGCCATTTGAAGAGGTATGAGATGATACCTCATTGTGGTTTTCATTTGCATTTTTATTTGTATTTTTCATGAATTTTTGAGGGTGATTTCAAGGGTAGTTAGTGACTCGAACAGGGAAACGATCCTGAGTATGAGGGTTGTGCTAATCATCCCCCTCCTGCCAGCTGCGTACGGAATGGGGCTCTGCAGATGGCAGGGAGCTGGCTCGTTTCTCTTTAAGAGCTGCCTTTTACTTTTCTTCCTCTTCCTTTAAAACTTATTTCCTGGCCGGACGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACGAGGTCAGGAATTCCAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGACGTGGTGGTGCGGGCCTATAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGAGGGGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCCAGACTCCATCTCAAAAAACAAAAAAAAGTTATTTCCCAAGCACAGCCATGTATTCCAGGCTTGTGGATCAGCGTTGGTGGTGGTGTGTGCTCTCATATCTTAGTTCCAGCTAAGCACACTCTGACATGTTTACACTAGAACCATTTGTTTTTTCTAGAAATAGAAATTTCAGAATTGTAGAGTCAGAGGACTTACCAGAAATCTCTTAGGTAGTTCTCCTCCCCTCCCTCAAGTGCAGTCCTAACCTCCTGGAGTTTTCTGTAGAAACCACAAGCCTCAGAGCTGGCCGAGAATTCTAGCCAAAGATTTTTCCATGCCAAAGTAATCCCCCCTCTCCTAAGGGCCATCCTTGGTGGGGACTGGTTTCCTGTTAAGCCCTCGCTGTCAGTCCTGGCTGTGGAATTTCCTGGTGAGGAGCACTGGCCCGTGGAGCTCGGCCCTCGTGCCGGCCTTGAGCAGGCCCAAGTGTTCCGTGTTCTTGATACCTTTCCTCCAGCACAGTCTTGCTTCCCAGAAAAAGGTTTGCACTTGAAAATGATGCATTTGCTGATTAAACATAGTTCTTTTGCTTTATTTGGTTTCTAAAATAAAGTGGGAGTTTTTGAGATTGAGTAGCGTGAGGTTAAGATAGCACGTGGAATGGCTTTTTCTTTTCTTTCTATTTTTTTTTTTTTTTTCCTGGAGACAGGGTTTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGAGGCATGACCATGGCTCACTGCAACTTCGATGTCCTGGGGTTAAGCGATCCCCCAGCCTCAGCCCCCCAAGTGGCTGGGACTACAGGTGCTCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTTGTAGAAAATGGGTTTCATCAATGTTGTCCAGACTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAGACTGCTGGGATTACAGGCGTGAACTACCACGCCTGGCCTGGAATGGCTTTTGATGTTCTCCTATGTGCACATGTGGGTGAATAAACACCAACAAAGTCCTTATGTTACCTGAAGAGTTGCTCTCTTCTTAATATTTAAGTCGTATTTATTTAAATACTTTAATAGTTGTACACTATTAAAGTATTATTAGGTCAAAATCAAGGAAGTACAAAAGGGTATGCTGTGAAAAATCTCTTCTTCCTTGCTCTGCTTACTTACCTACCCCGCATCCCCCCATACACCCCAGACACACACACACACACACACACACACACACACACACGCATCACTCCCATACATGCCCACCTGTTTACCAGCCAATCACATTTCTTGGGGCAACTCATCTGAGTTGCTTCTCTTTCCAGAGAGTTTTTGCATAAAGAAGCACAGGTATTTCTGCGTTACCATGACCCTATTTCCCAGTGGTTCCTAGCCAGTTGACTCTCCTGCACTGGATACCATCCTGGACAGCATTCCTTAGGGAAATGAGCCCCCTGTTTTTTCCCACCATGGCACAGTTGGTCCTTTGCATGGACGCACCATTATTGCCCCTGTCTCTTCTTGGTGGACCTTAAGGTTTTCTCCATCCTTTTGCTGTAACACACACTGCTCCAAGTGTGTGAGCATATCAGTAGGAAACGCTTCCAGGAGTAGAACTGCTAGGTCAGAGGGCGTGTGGATCTGTAACCTGACAGACCTAGACCGGCTTCAGTTTGGTTTTATCCAGTTTCCATATTGATTATTCATATAAAAGGAAACAGACAAACATAACGCTGTGCATGTATTCTCTCTTAGACCAGAACAGGCATAGGGTGCACTTTTAATTTGTCCATTTCGTAGAGTAGAAATTGTTTTTGCTGAAATGAACACCTTAGGATGCTGAAGAATATGACCCGTCCCATGGAAAACATTCAAAAATGTGTGTAGCGCTTTCTTCCCAAGGGTGTGTGTGCGCATATTTTAACACTAATTCACTTTCTACTTCCGTTGCTATCCTTTCTGTGAGTCTTTCTCAGAATCTCAGAAAAGAAACTAAATTGTTCACTCTAGTTATCAATGCTGTACTCTATACCTGGAATTTGCTAAAAGGGCAGATTTTAAGTATTCTCACCACAGAAAAGAGAAAAGAAAATGGTAATTATGTGACGTGGTGGACATGTTAACTAGCTTTATTATGGTGAGCATTTCACAGCGGATATCCAGTCATCACGCTGTACACATTAAACATGTACAATTGGGTTTTTTTGAGACAAGGTCTCCTTCTGTCACCCAGTCTGGAGTGCAGTGGCTCAGTCATGGCTCATTGCAGCCTCGACCTCCTGGGCTCAATCCATCCTTCCCCCTCAGCCTCCTGAAAAGCTGGGGCCACAGGCATGTACCATCATGCCAGGCTAATGCATATATATTTATATTTTTTGGTGGAGATGGGGTTGGTCTCGAACTCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCGCCTTGCCCTTCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCATGAACCACAGCACCAGGCCTACATGTAAAATTTTTATTTGTCAACTATACTTTGACAAAGCTGAGAAAAAAAATCCTAATATTTAAAAAAAAAAAAAAAAGGACTAGCTTGAGACCTTTTCCAGCTCTCTGGCTTATCAGCTGCCGTCTCTTCCGGGTGCAGATAGCTGGAAGGGAAAGAAAATCCCTAAAATTACCCACAAGCCAAGAATGAAGTGTCTCCCTTTGAGCCACAGTGGCAGTTTTGTTTTTAATCATAGAAGTGTATTTTGAGCCGGGTGTGCTGGCTCACGCCTGTAATCCCCGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGGGGCGGAGGGGGTGGGGATCGCCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCGGCGTGGTGGTGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTCATGAGGCTGAGTCAG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Seq C2 exon
TTCGCCTCTACGGACCAAACTTCATCCTTCAGGTGTACTCATCTCAGAGGAAGTCCTGGCACCCTGTGTGCCAAGACGACTGGAACGAGAACTACGGGCGGGCGGCCTGCAGGGACATGGGCTATAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000184012:ENST00000332149:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005713=Ldl_recept_a=WD(100=92.7)
A:
NA
C2:
PF154941=SRCR_2=PU(39.6=88.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains