HsaINT0175983 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000117143 | UAP1
Description
UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12457]
Coordinates
chr1:162590323-162597858:+
Coord C1 exon
chr1:162590323-162590511
Coord A exon
chr1:162590512-162597791
Coord C2 exon
chr1:162597792-162597858
Length
7280 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGT
5' ss Score
10.91
3' ss Seq
ATACTTGTTTTTTTTCTTAGCTT
3' ss Score
7.37
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGTTTGTGGTATATGAAGTATTGCGAGAAGATGAGTTTTCCCCACTAAAGAATGCTGATAGTCAGAATGGGAAAGACAACCCTACTACTGCAAGGCATGCTTTGATGTCCCTTCATCATTGCTGGGTCCTCAATGCAGGGGGCCATTTCATAGATGAAAATGGCTCTCGCCTTCCAGCAATTCCCCG
Seq A exon
GTAAGTCAGTATCTTTTCTCTTTTGTATGAATCCTTTCTTGGACTTTTCCTCTTGGACTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTATTCCTAGATCTTTTTTAAAAAGCAAAGTTTTGATGTGTGAACAGTTCCTGATGTGAAATAACAGTAGCTTTGCCTATTATAAAGAGAATGATTGTTTTACTTTCTTGTGAAGAGGAGTCTTTCAGATCTCTCTTTTTTTAATTTTTATTTTTTGGAAACATTGCCACCATGACAGCAAAAAGACTTCTACTAAATAATGATCAGAAGATTTTTTTTTTTTTGGTGTGCCATATGGTTAAAGCCCATCAGTAACACACTATACCACAGGGCAAGTCCTTCAGCCACAGAGGATTGTTTGTTGTTGCCCATATATCTGTGGCCTCACCACTATTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTTTGTCACCAGGTTGGAGTGCAGTGGCACAGTCTCAGCTCACTGCAGCCTCCACCTCCCGTGTTCAAATCGATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCAGGGACTATACAGGCACATGCCACCACACCCAGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGATGGGCTTTCACTATGTTGACCAGAGTGCTCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGGGCCCGGCTGACCTCACTACTGTTAATAGTACTGTCTGTGAGACCCACTCATAGCTCCACCACCCCCAGGCTACCTACAAATTGTAGTCCAATGGCAGTTTTCACTGTAGCACTTTCAGGTCACTGAGGAAGGTGTCTAGAAGAGAAGTAAATGTCAGTTACATTCACTGATACTTAGAAATGGCTTTGGTTTTGAGAAGTTAAAAAAAGAAGGTATTGTAGTTATTTAAATCCAAGATAAAGTACTTTTCAGCTAAATCTGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGGAGACAGTTTCACTCTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACAATCTCTGCCCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCATGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGGTTACACTCGCCTGCCATAAAGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGATTTCACCATGTTGGTCAGGCTAGTCCCGAAATCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCTTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCGCCATGTCTGGCCAATCTTTTTTTTTTTTTAAGACAAGGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTTGGCTCACTGCAACCTTCACTTCCTGGGCTTAAACAATACACCCGCCTTGGCCACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTATTGTGCTCAGCCTAAATCTTGTATTTTATGATGAAACCTTCACTGGCACCTAGAATTTCCCTTTCTGAATCATCTGGTATATCCGTACTTATGTAAAAAGCATTCTGGCATTTAATTTATATTCCTAACGGATAAGATGGCTGGCTGCAAGAATGCCTCAATAAATGGTAAAATATTGGGCTGGACACGGTGGTTTGTGCCTGTAATCCCAGTATTTTGGGAGACTGAGGCAGGCAGATTACCTGAGGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAATATACAAAATTAGCTGGGCATGGTAGCGCATGCCTGTATCCCAGCTACTTGGGTGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGGAGAAGTTTCAGTGAGCTGAGACTGTACCACTGCACTCCGGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAGAAAAATAATAAAATGTTAGAGAACACTGAACATTGGAATTTACTGGTACATAACTGGTTTTACAAGAAGCAGCAGTGGTAGCTTTCATCTCCCAGTCCAAGGCCACTTTTGGGCTCTGTATTGTCAACAAGCTTGCTCTTGGCATGTCACATTGTCCTCATGTTTCATCTTTGGCCATTGAGTTTTATTTTTATTTTTTTACCCCCTTTTGGTCTCTTGGGACGAATTTATGATTTACCATAAATACATACCATTCAATCAAGTATATTTTGCAACTCCATTTCATTGTTATTGTTTGATTTGCTTCCATTCCCATTAATCCTTATTTATTCCCACATAGCAGTGCTACAAATGGGAAGTCAGAGACCATCACAGCTGATGTCAATCACAAGTAAATATACCAGCCTGCCTACAGTGCATGGTGATGGGGCTGTGCTTCCCTCCATACTAACTGGCATCGTAGTTTAGTGCTCTGCCTTTTGGGGGTCTGGAGGGAGGATGGTTGAAACTTTGGTGTGGGTGCACTGCTTACTTGGTGGCAGGTATCTCTCTGGATGACACTAACTCAGAATCTTGTTGCATGCTGGAAATGGAGAGCATGCTTTACTAAAGAATCTGACCACAGGTGTTAGAGCTGGAACTGACAGATTTTCAGATGATAGGTAAGATCCAGAGCAGGTTACAGGTCAGGGAGAACACATTTTGCACCTTTAACATAAGCTTATACGGGGTTAAAAATACCATTCTGAAGATGTGTCTTGTGGAATTGGGTGTATGCTCTCAGTATACAGGCTGATTGTTCCTGTCATATTTGATGGCCCTTAATATGGAGAAAACTGTTCTGTTGATTTATTCTCACACTAACAGCTCTCCTTTTTGGTCACTGCATTAATTTTAGTCAGTTACTTTCTTGCTTCTAAAGAATCTTTTTATCTTAATGGCAGATCATTTTTAGTTAGAAGTAACACATATCCTCTCCCATCTGGGTACTGACAGAGTTTGGAAAAGCCATTATCTTTATAGTTTAAGAGACAGCTTGATGTTATTGTTACACTTTGAAAGTTAAAGTTTTTAAGGTTGGGTGCGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCAGATTACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACTAGCCTGGCAAACATGGCGAAACCTCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGTGTGGTCATGCACGCTTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTCAGGTGGGAGAATCACTTGAGCCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCGCACCATTGCACTCCAGCCTTGGTGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAAAGTTTTTAAGGTAATTTGGGAAATATATGCAGGGCAAAAGATCTGGAGATGGAAGTTATCTCAGAAATAGAGTAGCACCTTCATCAGTGTCACCCACGTGCTTTTTCCTGTCTGTGCCATTCCTCTGCCCAGACAAATTCCTGTGAGTGTCAGTGTTTCTGGGATGTGATTCTGTAAACAAGGAAGTGGACTCAAAGATCTGATCAATTTCTTATAGGTGCTGTAGATCAGCGGTCTCCAACCTATTTTGGCACCAGGGACTGGCTTTGTGGAAGACAATTTTTCCACAGACTTGGGGTGGTGAGGGTGGTTTCAGGATGATTCAAGCATGTTACATTTATAGTACACTTTATTTCTATTATTATTACATTGTAATGAAATAATTATACAACTCACTGTAATGTATAGAATCAGTGGGAGCCCTGAGCTTGTTTTCCTGCACCTAGGTGGTCCCATTTGGGGATGATGGGAGACATCATCAGGCATTAGACTCTCATAAGGAGCACACAACCTAGATCCCTTACATGGGCAGTTCACGATAGTGTTCACATTCTTAAGAGAATCTGTTGCGGCCACTGATCTGACAGGAGGTGGAGCTCAGGCAGTAATGTGAGTGGTGGGGAGCATCTGTAAATACAGATGAAGCTTTACTCACTTGCCCACTGCTCATCTCCTGGTGTGTGATCCAGGTCCTAACAGGCCACAGAGTAGTACCGGTCCATGGCCCAGGGGTTGGGGACCGCTGCCATAGATGACTGTTGTCTCTCCTGCCTTGGGAACTGGGATGCAGAGCCCTTTATCACTTTCTGTCTCATCCACCATTTTTAATATATGGAAGCAAGCTGCTTTTATATTTAAGAAATAAAACTTTGATTAAATTTCTTTGTCATTGAACCATAGCTTTTAACCTAACAGTGTAATAGATTGTTAATTATATAACTGAAGACAGCATCTAGCTATCTTAGTTAAGATACAAAAAGCTTTAAACATTATTCTTACTCTTTTGTTTAATATCCCCCATCGCCCAGTTTACTTCATTTTAGCCATTTATAGAATAATTAAAGTGAAATCAAAGTTTGGCTTTAAATGATACCATGCACTGAAAAAGAGTTCCTGCGTAATCCTTAGCACCAAAGGATGACCTTACACAGCTGAAGAACATCATGTAATTGTGAGAGATGAAAAGGAAGTATATTATGTAAAAGAGGGAAGAAGCAACTAGGAGGTATTCTGAAAGAATGGAAACAACCATGCTGAGTTTTGACTCGATATTATTTTTATTTCTCACCTTAATGCTTACTGAATAGTGTTAGCTACCAAAAGGATGCATGGCTAAAGAATTGTGGGGCAGTAGGTTTATTGGGCTAATTTGCTTATATCCTGAGATTTTACATTTGGTGATGGTAGCTTCTGTTTTCCCTCCTTCAGGGCATCCAATTTTGTTTACTGAAGTTCACTCCTTAGTTTCTTGGGGTATCTTTGTGGTAGTAGAATGGAAGTTACATATTCAGGCCAGCTGTATATGTGTTTCTTGGGTTCACAACCACCTTCTGTTCCTGCTACACTGAATCCTTCAGGGGTTTAGGTGGGACTGGGCTATATACATCTTAATGGGGTGGGCCCTCATTTTTTCCTTTTTTTTTCCTCGGCATGCCTACTCAAGATTCATTTGGTTTTGTATGACTTTGAGTTGCCCCAGAAGGTCTGGACTAGACCTCTTGAGCTCTTGTGGTAGAA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Seq C2 exon
CTTGAAGGATGCCAATGATGTACCAATCCAATGTGAAATCTCTCCTCTTATCTCCTATGCTGGAGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000117143:ENST00000367926:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.310 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0170413=UDPGP=FE(14.7=100)
A:
NA
C2:
PF0170413=UDPGP=PD(3.3=60.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains