HsaINT0184650 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000169155 | ZBTB43
Description
zinc finger and BTB domain containing 43 [Source:HGNC Symbol;Acc:17908]
Coordinates
chr9:129571072-129600487:+
Coord C1 exon
chr9:129571072-129571194
Coord A exon
chr9:129571195-129594765
Coord C2 exon
chr9:129594766-129600487
Length
23571 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGC
5' ss Score
8.89
3' ss Seq
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3' ss Score
10.08
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CACCGAACAAGATTTGTGATGAAATGGAGCCTGGAACAAACTCTTTTCGGGTAGAATTTCCTGATTTTTCCAGCACCATTCTACAGAAACTGAACCAGCAGCGCCAGCAAGGACAATTATGTGACGTCTCCATTGTTGTCCAAGGCCACATTTTCCGGGCACACAAAGCCGTTCTTGCTGCCAGTTCACCCTACTTTTGTGACCAGGTACTCCTGAAAAACAGCAGGAGAATTGTTTTGCCTGATGTGATGAACCCAAGAGTGTTTGAGAACATTCTCCTATCTAGTTATACAGGACGTCTAGTAATGCCCGCTCCAGAAATTGTTAGTTACTTGACAGCGGCAAGCTTCCTCCAGATGTGGCATGTGGTAGACAAATGCACTGAAGTTTTAGAGGGAAACCCTACAGTCCTTTGTCAGAAGCTAAATCATGGCAGTGACCACCAGTCACCAAGCAGCAGTAGTTATAATGGCCTGGTAGAGAGCTTTGAGCTGGGCTCTGGGGGTCATACTGATTTTCCCAAAGCCCAAGAACTGAGAGATGGTGAAAATGAAGAGGAGAGCACCAAAGACGAGCTGTCATCCCAGCTCACCGAGCACGAATACCTGCCCAGCAACTCGTCCACAGAGCATGACCGCCTGAGCACGGAAATGGCAAGCCAGGATGGGGAGGAGGGCGCCAGCGACAGCGCCGAGTTCCACTACACCCGGCCCATGTACAGCAAGCCCAGCATCATGGCTCACAAACGCTGGATCCACGTGAAGCCCGAGCGCTTAGAACAGGCTTGCGAGGGCATGGATGTGCACGCGACCTACGACGAGCACCAGGTCACAGAGTCCATCAACACCGTGCAGACAGAGCACACGGTGCAGCCTTCGGGAGTGGAGGAGGACTTCCACATCGGGGAGAAGAAAGTGGAAGCTGAGTTTGATGAACAGGCTGATGAAAGCAATTATGATGAGCAGGTGGATTTCTATGGCTCTTCCATGGAAGAGTTTTCCGGAGAGAGGTCAGATGGGAATCTAATTGGGCACAGACAGGAGGCTGCCCTCGCAGCAGGTTACAGTGAGAATATTGAAATGGTAACAGGGATTAAAGAAGAAGCTTCCCACTTAGGATTCTCAGCCACTGACAAGCTGTATCCTTGTCAGTGTGGGAAAAGTTTCACTCACAAGAGTCAGAGAGATCGGCACATGAGCATGCACCTCGGTCTTCGGCCTTACGGCTGTGGGGTCTGCGGTAAGAAATTCAAAATGAAGCACCATCTCGTGGGCCACATGAAAATTCACACAGGCATAAAGCCGTATGAGTGTAATATCTGTGCAAAGAGGTTTATGTGGAGGGACAGTTTCCACCGGCATGTGACTTCTTGTACTAAGTCCTACGAAGCTGCAAAGGCTGAGCAGAATACAACTGAGGCTAACTAAAAATAGGATCTGGCCCTTGAGTGGCATGCACAAAAATAAACTATGGTAATTAATGCAAATCTGGGCACAGATGATGCGTGCTACTTGCTATTATGAGAGAAGCTTAAAAAAAAAAAGGAAGATATTTCTGAAAGACCAGCTCTAAGTAGGCCAATTAAAAAAATCTAATTCCTCAAATTTGTGTGTTCCAGTCCTGGCCTGGAATGGGTAATGGGGTGAGTTAACCCACCGCCCAGCTGGCAAGGGAAACCTTCTGACTGGTTGTGATCGAAACAGGTGGACAGAGACACCTGCACTTGGAACTGGACTCCACCCACCAGTTCCATTTTGGGTGGCAGCAGCTTTGGATCACTCATTATTACAAGGTCATGCTGAAATTTTATTTTGCTCTTGCTATAGATACTTAGGTAATGTGGATTTGTTTTGGTAGCTATTTCACTGAAGGAAGTGCTACTTATATAAAAGCTAGAAATAATGTGATTCCTAGGATGAGAAATTGGTTAACAGAGCTCTGTTGTCTGGTTTTAGTCTTTCTAAAGGATATTTTAACTAAAACTATGGAGATGCTAAGAGAGTGACTTTCTAAATATGAAACAGATAATTTACGGTACAAGGCTGACATAGTGCCCTTGTCAGTTTCTGTAAGATGCCACTACTGTCACAAGGTGTTTCAGACTCTTGATAAGGCAGTGTTTTGTATTTTAGTTCTAACATTGAGTTTGGACAATTTTATCTAATTGTAATTCTCTAGGGTGCCAGAGATAGGTATTTCTCATTGGTTTGCTTTCCCAAATCCTGTTTGGTTAATTGTAGCCTCCATACAGTGGGGTCTTCTCTGTGGCTGGTAGACACCAAGCTGCTGTGACTGACCACGGTACCACGGGCTGCCACAGCCCCTGCTCTGTCTTAGATTATGGTGCTTTACAAAGAGAGTGGTCCATGACCACACTTAGTGAGAAGGAGCCACAAGTTGTGGCTGAGAGTTCCCTGTGAACTTGAGTAGTTCATAGAGTGCTAAGGTGACACTCCACCAACCAGAGTGAGAGGGCAGATAGGCAGGATTCTATGAGTGGTTATACTTAAGGGGGACAAAACTGCCCAAGAAGAATCTTGAGAATACACTCTTTCAAGGTGGGGGAGATACTCTTTAGAGGGTACACTGAGCTAATACTACCAGTTCTTTATGAGCACTGGAATGTGTTTGTAAAAGGAGTCCTAAGTTTAGCAAGGTAGTCTACAGAACCATGCTCCCACATTATAGATAAAGCTGCTTAAACTTAAAAGTCCACAAAGCTACGCCGACCAGAAAAAAAAAATTAAAAAAACAAACAAGAAAAGCAACTATTCTGAGACCTTTTCTGCCCATCAGTTAGATGATTTAGGTTAAAAAGAAAGGTAATATTGCACATGCTTTTAAGCTGTGTAACATACCTGAGGTTATCACCAGGGTAGGACAGGGTGCTACTACCATGTCATCTTTTCCACAATCGTACTGGGTTATTTACTTCTAAATAGAAACTTTTTTTTCTTAAAATAAAAATAATTTTTCTTGGATTTGGGGTGAAATTTTATTTGAAAAGTTTGGCTTTGCTGTAATGTAATAGACATTGCTGGCAATGGCCTCTGATTCTCAAGCTCCTAACACCAGGGTGTTTACTTGTTGAACATTGTCTGGAAAGAGGAAAGAAAATACTTATTTACCAGTTAACTCTTGTAAGCAAGATTACAAACAGGGATTTATTCACAACACTGTATCATTCTCGATATATAAAAAGCACTTTGTATTTAAAACTTTATTATAAATATATATATATATTGTTTTTTTTTAAACCTAGAAACTAGATATTACCTCTTGGTTGTTTGCCACATTAATAGCTTCTCTTAGTATTGAAACGTTACTGGTTAGCAGTCTTTTCTCTGTGTACCTGACACACGTATACTGAGGGGATTGTACAATCAAGCCTATTGTCTCCTTTTCTTTCACTCATGGTAGAGGCCAGTGGGTTTTAGGTATGATCCTAGCCATTATATTTGAGGAGAAATTGTTCTATTACTCCTACTAATTTCAGTACTAAGGTGGTGATGCCATTTTGTTCTGCCAAAAACTGATCACCCTCTCCCATGGTATTAGCAGAGCATTTTCTGCCTGTTTGGAAGGTTTGATGTCCTGTTTCTCATTGAAGACTATTTACATGATCATTAGGACATTGCAGGAGAAGTCTGAGAGGTAAAAATACAGATATTCTGGGAGAGTCGTGGTCCTTCAGTTCTGCTGAAATCAGCATAGTGCCCTTGTCATGAGGAAGAGTTTCTGTTCAGCCAAGAGTGGTGGCACGCTTGGGTGGTAGTTTTGGAAGCAGTCAGTTGTGCTAGGACTTATTTAATATGTTGTGAAGAGAAGAGTGTCTTCTTGAAAGCCTTATGTGTCCATCAGCTACTAAATGTAGAACTTAAATAAGTTGCTCACATCTGTTCTTTTAGTGTTTTGTGGTATTTGAGGTTTTGGCAAAAATTGGGATTTTTTTATCAGGCAGCCAGAGCCTGGGAGGTGGTAGGGTGTCTGAAATGCTGGCCATGTTCAGAGAGGCAGGAGAAGGGGGTTGCTTTCATTTGAATATTAAAAGTGAATTTTTGTAAACTCTGGTTTTTACCTTTTTTTCATCCCCACGTTGAGTTGGAGGAATAGTCTCTTCTCTTCACCTCAATATAGCTTTAGAAAATCTTTATCCTTCCTAATAAGTTTGGATGGTTGTGGGTAACATTGTTCAAACAATCTTTCAGGGATCACGTCAATGGCCTACAACCAAGCTATTTGTCCCCTACTTTGAGTCTTAACTGTGGTTTTTCTTCAATCCCCATGGGAAAGGGCTTCAAGGCACCACCAGTGGTATTTAATATTCATACTTGGGGCCAGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGATGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGTGACCAGCCTGACCAACATAGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCGCACACCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGCGATTGCACCACCACACTCCAGCCTGCGCGACAGATCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAATTCATACTTATGCCATGCTTTTACCTTTAGATACACACGTTACAGTAATCCACGTGGTGAAGTGCATGTCACCGTTAACTAAGGAAGGACTGCGGTAACTTACCCTGCAGGGCTGTAGGTTGCCTGCAGGCGCTCCAGGCCCCCAGCCTGTTGATTCCGATTTCTAGGTCTCATCTTCCTCTGGTCCCTTTTGGCCACTACTTTAAAAGCTTGCCCAAAGGGATCCCCTCCATTCTAGTGGGCATTTGCTGAACTAACCTGCCCCTAAGGCTGGCTTCTAACCACCGGGGAAAGCTGCTTAGCCTCCAGGGCTCCCTCCTTGAGAGGCTCACACACCCCCAAGCTGCTGTGGAGTGAATTTGAGACGGAGCAGAAGCTGCAAAGCTGTGCTTTCCCTGGGGAAGGGGATGTGCTGCGGCCTCCTGGGTGGGCGTGGAGAGGGCGCCATCACAACGAGTCCAGGTTTTTGCTTTTGGAAGGTCTCTGATAATTTAGGGGTGCTGGAAACCAGCACTGTGTTATCCCCAATCCCTCCTGTGCCACCAGTTTTGTGATTTAGGTTGCTTTAGTGGGTGACTAACTTTTGTTCAGTGAAACCAGGGTTTGTTTGGGGTTTTTTTCTTTGCTACTTACATATTTAAAGGTACAAGTTTCTTATTTCAAATCTCTACTGATAGTGCCCTATGGGGAGATGCTGGAACACATTTTGCAAATGTGACTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTTTGCTTGAAGCCTGTGTCATGTTAGTTGCTGCTGCCTTCTTTCCTTTTGTGAGGTTCCCAATGTTTCGTCCAGAAAAGTACTTTATTTATGCAAGTCAGGTGACTCTTAGGCCACAAAACCATTTGATGATAAACAGATTATCATTAGGTGCATATCTTATTGATATTTTGTGAAATGTTATGCCTATGTTGCAAAAGTTGAATAGTTTTGTCTTTATATATTGCTGTCTTCAGTGTACAGCATGGTTTTACTTAATTGAATGTTAATGTTTAATATTTTCTTCTTATAGAAGAGATCATGCCCTTTTGTATGACATGTTTTAATAAATGTTATCTGTCAACTTTGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169155-ZBTB43:NM_014007:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0065126=BTB=WD(100=22.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.1)

Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)