MmuINT1035348 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026788 | Zbtb43
Description
zinc finger and BTB domain containing 43 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1919084]
Coordinates
chr2:33450287-33464974:-
Coord C1 exon
chr2:33464914-33464974
Coord A exon
chr2:33455124-33464913
Coord C2 exon
chr2:33450287-33455123
Length
9790 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGC
5' ss Score
8.84
3' ss Seq
TAACTTTCCTTCTCTTGCAGCAC
3' ss Score
10.97
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CACTAAACAAGATTGGTGATGAAATGGAGCCTGGAACGAACTCTTTTCAAGTAGAGTTTCCAGATTTTTCCAGCACCATTCTGCAGAAACTAAACCAGCAGCGCCAGCAAGGACAGTTATGTGACGTCTCCATTGTTGTCCAAGGCCACATTTTCCAGGCGCACAAAGCTGTTCTTGCCGCCAGTTCTCCCTACTTTTGTGACCAAGTACTCCTGAAAAACAGTAGGAGAATTGTTTTGCCCGATGTAATGAACCCAAGAGTGTTTGAGAACATTCTTTTATTTAGCTACACAGGACGCCTTGTCATGCCTGCTCCAGAAATTGTTAGTTACTTAACAGCGGCCAGCTTCCTCCAGATGTGGCACGTGGTGGACAAGTGCACCGAGGTTCTGGAGGGAAACCCCACGGTCCTGTGTCAGAAGCTGAACCACGGCAGTGACCACCAGTCTCCCAGTAGCAGTAACTACAACGGCCTGGTGGAGAGCTTTGAGCTGGGCTCTGGGGGCCACACTGATTTCCCCAAAGCCCAGGAACTGAGAGACGGAGAGAATGAAGAGGAGAGCACCAAAGACGAGCTGTCATCTCAGGTCACCGAGCACGAGTATTTGCCCAGTAACTCGTCTACTGAGCACGACCGACTGAGCACAGAGATGGCCAGCCAGGACGGGGAGGAGGGGACCAATGACAGTACTGAGTTCCACTACACCCGGCCTCTGTATAGCAAGCCCAGCATCATGGCTCATAGGCGCTGGATCCACGTGAAGCCTGAGCGCTTGGAACAGGCATGGGATGGCATGGATGTTCACGCAGCCTACGATGAGCACCAGGTCACTGAATCCGTCAATACCATGCAGACGGATCACTCTGCCCAGCCTTCGGGAGCAGAGGAGGAGTTCCAAATTGTGGAAAAGAAAGTGGAAGTAGAGTTTGATGAGCAAGCAGAAGGCAGCAGCTATGATGAACAGGTGGACTTCTATGGCTCCTCCATGGAAGAGTTCTCTGGAGAAAAGTTGGGTGGGAATCTAATTGGACACAAACAGGAGGCTGCCCTTGCCGCAGGCTACAGTGAGAATATTGAAATGGCGATGGGGATAAAAGAAGAGGCGTCCCACTTAGGATTCTCGGCCACCGACAAGCTGTATCCTTGTCAGTGTGGGAAAAGTTTCACGCACAAAAGTCAGCGAGATCGACACATGAGCATGCACCTCGGTCTTCGCCCGTATGGCTGTAGTGTCTGTGGTAAGAAATTCAAAATGAAGCACCATCTCGTGGGCCACATGAAAATTCATACAGGCATAAAGCCCTACGAGTGTAATATCTGTGCAAAGAGATTTATGTGGAGGGACAGTTTCCACAGGCATGTGACTTCTTGTACCAAGTCCTATGAAGCTGCAAAGGCTGAGCAGAATACAACTGAGGCTAACTAAAAATAGGGTCTGGCCCTTGAGTGGCATGCATAAAAATAAACTATGGTAATTAATGCAAATCTGGGCACAGATGATGCGTGCCACTTGCTATTATGAGAGAGGCTTAAAAAAAAAAAAGATATTTCTGAAAGACCAGCTCTAAGTAGGCCAATTAAAAGATTTAATTTCTCAAATCTGTATGTTCTCATCCTGGCCTAAATGGATGATGGGGCTAAGTTCACCCAGTGCCCAGCTGGCAAGACAGCTCTTCCAGTCAGCAGTGGCTAAGGCAGGGGACTGGGTGGCAGAATCTAACCCAGTCCTGCCCAGGTGGCAGCGGCCGGCTGTCACTGTTGTCCTGAGGTCTTGTTGCATTTTGTTCTCTCCTGGTAGCTACAGGGCTTCTGGGCTTTGCTTTGGTAGCTGCATCTCTGGATGCTGCTCCCCTCAAGGCTACAGCAAGGACTCCTGGGCTGAGCTGTGAGCAGAGCTCTTTTTTGTCTACTTTCATACCGTTCTAAAGGTTCTAGCTAAAGCCCTGGTGATGTCAGGCGGAGCTTCAGAGTCCGAAGCAGGAGACACTGTCACCATGCTGCAGATTCTGGATAAGGCACGATTTTATGTTTAATTCTACTTGGTCAAGTCTATGGGTGCCAGAGATAGGTGTTTCTAGTTGGTGTGTTGTCCTACGCTTCCCTCATTTAATGGCAGGGGAAGACCAGTTTGCAGTGTCACACGACAGTGCTGGCTAGCAGTGACCTGTGGCTCCTCTGCCTTAGATCATGGTGCTACCCAAAAGGGCAGCCAGGGACCACAGCTCCTGAGACTAAGCCAGAATGGATGGCTGAGGGTTCTCCAGGAACAAGACGTTCCCAGACTCAGTAAGTGAGAGGCAGCAACTTATACACAGAAGGCTTGAGAAAGGAATCCTAAAAACACTGGTGTGGACAGTGCTCAGTTAGAGGGTGCGCTGAGCAATATTGTCAGCTCTTTGTGGCTTCAGAGGGGGAAGGAGCCCTACATTAAGCAACGTCATCTACAGACTCATGTTCCCCAGTCACAGAGAAAGCTGCATTTACAAGTCCCAGTAGTTTATGCATACACACACCATACATACATACATACATACATACATACACCATCTCTGCAAGGACAAGGCTGTCCTTGAGGTCTGTTCTGCATGGTCAGATGTTTTAGGTTGGGAAGAAAGCTTAAGCTCAGAAAGCTTTAAGCCTGTGACGGGCCTGAGGCTCCTGCTGGGTAGGGGTCTGGTGTGCTTTGCGTTACTGGCCAAAGCAGCTTAGGGAGGAAAAGGTTTATGTCAGCTCACACCACCGTCAGTGAGGAAACTCCAGGCAGGAACTTGAACATTGACAGTCAAGACTGCTGGCCAGACACGCCCACAGGCCACTCCCACAGCAGAGACTCCCTCTGGCTCTAGGCTGTGTCAGACAGAGCTAGACAGTAGGGCAGGGGTTTGCTCCTATATTATCATCTGTTTCATTTTTAAAGTTTGGCTTTCTCTAACATGACAGACATTTCTGGCAAAAGCCTCTGGTCTTCAGGCCCTGACACAAAGGATGTACCTTTGACCTTTGTCTGGAAAGAGGAAAGAAAAAAGAAAATATGGACTCGCCAGTAAATGTTTGTGATCAAGATTACAAAACAGGGATCTATTTACAAACACTGTATCAGTCTTGGCATATAAAAGCACTTTGTATTAAACCTTTATTATAAGTATAGATGTAGGGTTGTTTTTGTTTTAAAATCTAGAAACTAGGTATTACCTCCTAGTGGTTTGCTACATTCAGATCTTCCAGTGTCTGCCAGTCAGCAGCCCTGTCCCTGTCCCTGTCCCTGAGAAGTGAATACAGATGTACAGTCACACTCACACGCCTCCTACCCTTCACGTATTAGAGGCCAGTGGGTTTCCGGATGACCCTGAGCTTGGTGAGGATGAAGTGCTTTTGGCTTCTTAGTATTTCTACACTGAGGCAGTTAAGCTGTTCTGTTGTCAGAAGCAACCCTCATGTTCATGCCTTCTGCCTGCTGGGCAGATCCATGTGCTGTCTCCCATTGAAGTCTATTCATATAAGAGCTGAGACCTTTGCAGGGAAGAGTTTGGGGGGTAAAACAAGCCTGGTCCTTGGGTTGTACTGAGTCAGTAACCTTTGTCAAAAGCTGACAAAGCTTTCGTTCAGTTGGAATGTGGCAGACCCTGTGAGAAGGTGGGGTGTCCACGGTCCAGAAGGCTTCTGACCTGCCTTTCCCAGTAGAGAGCCTTTCTGGCAGCCTGCCCTGTTAGAGTACCAGCCTCTCCCCTCACCACTGCCTTAGGAAATAAATCCTCACCCTTCCAGAAGAGCCTGACTAGTCTAGTCGTGGGCAGCACTGCCCACCAGTACAATGTATGTCTCCACTCTGAGCCTTGGCTGGTTGTCTCCAGTCCGAGTACAAAGGGCTTCAAGGCCCCACTGGTTGCGTTTCCTAATCTGCAGGCACATGCCTTCAATCTGGGATGCACACGTCACAGGAGCTCCTCTTGTGCTGTGGTTTACCTTGTGTTCTCCCGAGCCCTGGCCCAGGACCTGGGATTTCTGCTCTCACCACCTCCGCCTACATCTTCAGAGCCTGCCCTAAAGGCTCCCTTCCATTGCAGGAGAGAGGAGTTTCCTGAACCACTCTGACCCTGGGCCGCCTTTTAGCTGTTGGGAAAGCTACGTGCTACCGTGGGTGATGTACCCTGAGAAGTTGAACATTCTGGAAAAGGTGTACTGGGGCTGAGTCCCCAAGGTCGGGGTGGAGCTTTGCTGTGCCCACAGATGTGGTTGCTCCCTAAATTCTCAGATACTTTGGAAATGCTGAGGGCCATAGGCCAGGCTATCCTTGGCCTCCTGGGAACTAGGCTGCTTTGACCGTAAAACTAACTTTATCCAGAGAATCCTGGGTTGCTTTGGGTTTTGTTTTTCTTTTTGTTCTCTCTCTGCTATTTACATATTTAAAGGTACTAGTTTGCAAACCTCTACTGATAGTGCCCTGTGGGAAGATGCTGGAACACCTTTTGCAAATGTGATTTTTTTTTTCATTTTAAATGTTGCTTGAAGCCTGTGTCATGTCAGTTGCTGCTGCCTCCTTTCCTTTTATGAGGGTCCCAATGTTTCTTCCAGAAAGTTATTTTATTTATGCAAGTCAGGTGACTCTTAGACCACAGAACCATGGGATGATAAGCAGATTGTCATTAGGTGCATATCATGGATATTTGTGAACCACCTGTGTTTTAGAAGTTAAATAGTTCTTTCTAGAATTGCTGTCTTCAGTGTACAGCGTGGTTTTAATTGAATGTTACCGTTTAATATTTTCTTCTTATAGAAGAGACCATGTCCTTTTGTATGACAAGTTTTAATAAATGTTACCTGTCCATTTTGTACAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026788:ENSMUST00000028125:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.343
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0065126=BTB=WD(100=22.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types