HsaINT1047098 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000169155 | ZBTB43
Description
zinc finger and BTB domain containing 43 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17908]
Coordinates
chr9:126808793-126838210:+
Coord C1 exon
chr9:126808793-126808915
Coord A exon
chr9:126808916-126832486
Coord C2 exon
chr9:126832487-126838210
Length
23571 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGC
5' ss Score
8.89
3' ss Seq
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3' ss Score
10.08
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CACCGAACAAGATTTGTGATGAAATGGAGCCTGGAACAAACTCTTTTCGGGTAGAATTTCCTGATTTTTCCAGCACCATTCTACAGAAACTGAACCAGCAGCGCCAGCAAGGACAATTATGTGACGTCTCCATTGTTGTCCAAGGCCACATTTTCCGGGCACACAAAGCCGTTCTTGCTGCCAGTTCACCCTACTTTTGTGACCAGGTACTCCTGAAAAACAGCAGGAGAATTGTTTTGCCTGATGTGATGAACCCAAGAGTGTTTGAGAACATTCTCCTATCTAGTTATACAGGACGTCTAGTAATGCCCGCTCCAGAAATTGTTAGTTACTTGACAGCGGCAAGCTTCCTCCAGATGTGGCATGTGGTAGACAAATGCACTGAAGTTTTAGAGGGAAACCCTACAGTCCTTTGTCAGAAGCTAAATCATGGCAGTGACCACCAGTCACCAAGCAGCAGTAGTTATAATGGCCTGGTAGAGAGCTTTGAGCTGGGCTCTGGGGGTCATACTGATTTTCCCAAAGCCCAAGAACTGAGAGATGGTGAAAATGAAGAGGAGAGCACCAAAGACGAGCTGTCATCCCAGCTCACCGAGCACGAATACCTGCCCAGCAACTCGTCCACAGAGCATGACCGCCTGAGCACGGAAATGGCAAGCCAGGATGGGGAGGAGGGCGCCAGCGACAGCGCCGAGTTCCACTACACCCGGCCCATGTACAGCAAGCCCAGCATCATGGCTCACAAACGCTGGATCCACGTGAAGCCCGAGCGCTTAGAACAGGCTTGCGAGGGCATGGATGTGCACGCGACCTACGACGAGCACCAGGTCACAGAGTCCATCAACACCGTGCAGACAGAGCACACGGTGCAGCCTTCGGGAGTGGAGGAGGACTTCCACATCGGGGAGAAGAAAGTGGAAGCTGAGTTTGATGAACAGGCTGATGAAAGCAATTATGATGAGCAGGTGGATTTCTATGGCTCTTCCATGGAAGAGTTTTCCGGAGAGAGGTCAGATGGGAATCTAATTGGGCACAGACAGGAGGCTGCCCTCGCAGCAGGTTACAGTGAGAATATTGAAATGGTAACAGGGATTAAAGAAGAAGCTTCCCACTTAGGATTCTCAGCCACTGACAAGCTGTATCCTTGTCAGTGTGGGAAAAGTTTCACTCACAAGAGTCAGAGAGATCGGCACATGAGCATGCACCTCGGTCTTCGGCCTTACGGCTGTGGGGTCTGCGGTAAGAAATTCAAAATGAAGCACCATCTCGTGGGCCACATGAAAATTCACACAGGCATAAAGCCGTATGAGTGTAATATCTGTGCAAAGAGGTTTATGTGGAGGGACAGTTTCCACCGGCATGTGACTTCTTGTACTAAGTCCTACGAAGCTGCAAAGGCTGAGCAGAATACAACTGAGGCTAACTAAAAATAGGATCTGGCCCTTGAGTGGCATGCACAAAAATAAACTATGGTAATTAATGCAAATCTGGGCACAGATGATGCGTGCTACTTGCTATTATGAGAGAAGCTTAAAAAAAAAAAGGAAGATATTTCTGAAAGACCAGCTCTAAGTAGGCCAATTAAAAAAATCTAATTCCTCAAATTTGTGTGTTCCAGTCCTGGCCTGGAATGGGTAATGGGGTGAGTTAACCCACCGCCCAGCTGGCAAGGGAAACCTTCTGACTGGTTGTGATCGAAACAGGTGGACAGAGACACCTGCACTTGGAACTGGACTCCACCCACCAGTTCCATTTTGGGTGGCAGCAGCTTTGGATCACTCATTATTACAAGGTCATGCTGAAATTTTATTTTGCTCTTGCTATAGATACTTAGGTAATGTGGATTTGTTTTGGTAGCTATTTCACTGAAGGAAGTGCTACTTATATAAAAGCTAGAAATAATGTGATTCCTAGGATGAGAAATTGGTTAACAGAGCTCTGTTGTCTGGTTTTAGTCTTTCTAAAGGATATTTTAACTAAAACTATGGAGATGCTAAGAGAGTGACTTTCTAAATATGAAACAGATAATTTACGGTACAAGGCTGACATAGTGCCCTTGTCAGTTTCTGTAAGATGCCACTACTGTCACAAGGTGTTTCAGACTCTTGATAAGGCAGTGTTTTGTATTTTAGTTCTAACATTGAGTTTGGACAATTTTATCTAATTGTAATTCTCTAGGGTGCCAGAGATAGGTATTTCTCATTGGTTTGCTTTCCCAAATCCTGTTTGGTTAATTGTAGCCTCCATACAGTGGGGTCTTCTCTGTGGCTGGTAGACACCAAGCTGCTGTGACTGACCACGGTACCACGGGCTGCCACAGCCCCTGCTCTGTCTTAGATTATGGTGCTTTACAAAGAGAGTGGTCCATGACCACACTTAGTGAGAAGGAGCCACAAGTTGTGGCTGAGAGTTCCCTGTGAACTTGAGTAGTTCATAGAGTGCTAAGGTGACACTCCACCAACCAGAGTGAGAGGGCAGATAGGCAGGATTCTATGAGTGGTTATACTTAAGGGGGACAAAACTGCCCAAGAAGAATCTTGAGAATACACTCTTTCAAGGTGGGGGAGATACTCTTTAGAGGGTACACTGAGCTAATACTACCAGTTCTTTATGAGCACTGGAATGTGTTTGTAAAAGGAGTCCTAAGTTTAGCAAGGTAGTCTACAGAACCATGCTCCCACATTATAGATAAAGCTGCTTAAACTTAAAAGTCCACAAAGCTACGCCGACCAGAAAAAAAAAATTAAAAAAACAAACAAGAAAAGCAACTATTCTGAGACCTTTTCTGCCCATCAGTTAGATGATTTAGGTTAAAAAGAAAGGTAATATTGCACATGCTTTTAAGCTGTGTAACATACCTGAGGTTATCACCAGGGTAGGACAGGGTGCTACTACCATGTCATCTTTTCCACAATCGTACTGGGTTATTTACTTCTAAATAGAAACTTTTTTTTCTTAAAATAAAAATAATTTTTCTTGGATTTGGGGTGAAATTTTATTTGAAAAGTTTGGCTTTGCTGTAATGTAATAGACATTGCTGGCAATGGCCTCTGATTCTCAAGCTCCTAACACCAGGGTGTTTACTTGTTGAACATTGTCTGGAAAGAGGAAAGAAAATACTTATTTACCAGTTAACTCTTGTAAGCAAGATTACAAACAGGGATTTATTCACAACACTGTATCATTCTCGATATATAAAAAGCACTTTGTATTTAAAACTTTATTATAAATATATATATATATTGTTTTTTTTTAAACCTAGAAACTAGATATTACCTCTTGGTTGTTTGCCACATTAATAGCTTCTCTTAGTATTGAAACGTTACTGGTTAGCAGTCTTTTCTCTGTGTACCTGACACACGTATACTGAGGGGATTGTACAATCAAGCCTATTGTCTCCTTTTCTTTCACTCATGGTAGAGGCCAGTGGGTTTTAGGTATGATCCTAGCCATTATATTTGAGGAGAAATTGTTCTATTACTCCTACTAATTTCAGTACTAAGGTGGTGATGCCATTTTGTTCTGCCAAAAACTGATCACCCTCTCCCATGGTATTAGCAGAGCATTTTCTGCCTGTTTGGAAGGTTTGATGTCCTGTTTCTCATTGAAGACTATTTACATGATCATTAGGACATTGCAGGAGAAGTCTGAGAGGTAAAAATACAGATATTCTGGGAGAGTCGTGGTCCTTCAGTTCTGCTGAAATCAGCATAGTGCCCTTGTCATGAGGAAGAGTTTCTGTTCAGCCAAGAGTGGTGGCACGCTTGGGTGGTAGTTTTGGAAGCAGTCAGTTGTGCTAGGACTTATTTAATATGTTGTGAAGAGAAGAGTGTCTTCTTGAAAGCCTTATGTGTCCATCAGCTACTAAATGTAGAACTTAAATAAGTTGCTCACATCTGTTCTTTTAGTGTTTTGTGGTATTTGAGGTTTTGGCAAAAATTGGGATTTTTTTATCAGGCAGCCAGAGCCTGGGAGGTGGTAGGGTGTCTGAAATGCTGGCCATGTTCAGAGAGGCAGGAGAAGGGGGTTGCTTTCATTTGAATATTAAAAGTGAATTTTTGTAAACTCTGGTTTTTACCTTTTTTTCATCCCCACGTTGAGTTGGAGGAATAGTCTCTTCTCTTCACCTCAATATAGCTTTAGAAAATCTTTATCCTTCCTAATAAGTTTGGATGGTTGTGGGTAACATTGTTCAAACAATCTTTCAGGGATCACGTCAATGGCCTACAACCAAGCTATTTGTCCCCTACTTTGAGTCTTAACTGTGGTTTTTCTTCAATCCCCATGGGAAAGGGCTTCAAGGCACCACCAGTGGTATTTAATATTCATACTTGGGGCCAGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGATGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGTGACCAGCCTGACCAACATAGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCGCACACCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGCGATTGCACCACCACACTCCAGCCTGCGCGACAGATCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAATTCATACTTATGCCATGCTTTTACCTTTAGATACACACGTTACAGTAATCCACGTGGTGAAGTGCATGTCACCGTTAACTAAGGAAGGACTGCGGTAACTTACCCTGCAGGGCTGTAGGTTGCCTGCAGGCGCTCCAGGCCCCCAGCCTGTTGATTCCGATTTCTAGGTCTCATCTTCCTCTGGTCCCTTTTGGCCACTACTTTAAAAGCTTGCCCAAAGGGATCCCCTCCATTCTAGTGGGCATTTGCTGAACTAACCTGCCCCTAAGGCTGGCTTCTAACCACCGGGGAAAGCTGCTTAGCCTCCAGGGCTCCCTCCTTGAGAGGCTCACACACCCCCAAGCTGCTGTGGAGTGAATTTGAGACGGAGCAGAAGCTGCAAAGCTGTGCTTTCCCTGGGGAAGGGGATGTGCTGCGGCCTCCTGGGTGGGCGTGGAGAGGGCGCCATCACAACGAGTCCAGGTTTTTGCTTTTGGAAGGTCTCTGATAATTTAGGGGTGCTGGAAACCAGCACTGTGTTATCCCCAATCCCTCCTGTGCCACCAGTTTTGTGATTTAGGTTGCTTTAGTGGGTGACTAACTTTTGTTCAGTGAAACCAGGGTTTGTTTGGGGTTTTTTTCTTTGCTACTTACATATTTAAAGGTACAAGTTTCTTATTTCAAATCTCTACTGATAGTGCCCTATGGGGAGATGCTGGAACACATTTTGCAAATGTGACTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTTTGCTTGAAGCCTGTGTCATGTTAGTTGCTGCTGCCTTCTTTCCTTTTGTGAGGTTCCCAATGTTTCGTCCAGAAAAGTACTTTATTTATGCAAGTCAGGTGACTCTTAGGCCACAAAACCATTTGATGATAAACAGATTATCATTAGGTGCATATCTTATTGATATTTTGTGAAATGTTATGCCTATGTTGCAAAAGTTGAATAGTTTTGTCTTTATATATTGCTGTCTTCAGTGTACAGCATGGTTTTACTTAATTGAATGTTAATGTTTAATATTTTCTTCTTATAGAAGAGATCATGCCCTTTTGTATGACATGTTTTAATAAATGTTATCTGTCAACTTTGTAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169155:ENST00000373464:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0065126=BTB=WD(100=22.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.1)
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains