HsaINT0185321 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000148516 | ZEB1
Description
zinc finger E-box binding homeobox 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11642]
Coordinates
chr10:31514603-31521936:+
Coord C1 exon
chr10:31514603-31514708
Coord A exon
chr10:31514709-31520125
Coord C2 exon
chr10:31520126-31521936
Length
5417 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAAT
5' ss Score
5.18
3' ss Seq
TTGTTTGTTTGTTTGTTTAGGAG
3' ss Score
8.68
Exon sequences
Seq C1 exon
AGACATGTGACGCAGTCTGGGTGTAATCGTAAATTCAAATGCACTGAGTGTGGAAAAGCTTTCAAATACAAACATCACCTAAAAGAGCACTTAAGAATTCACAGTG
Seq A exon
GTAAATATTTTTTTTCTTTCTATACCCTGAATATCATAGCATATGTGGTAATAAATAAATATCATAACATGTAATCTACGTACATGATCAGAAACTCCTTGCATTTCTTTTGGCATACACTAATTGGGAGAAATTTTATGTTTATTTTATGTTTTATTAGAGTCTTAACCTTTGACTAAAGTATATCAAATTAATATAGTATGACATACTCCAGATTTCCTAATCAGAAGATAATATAGCATGTTTTAGTAAGTACAACCTGAAAACATATTAGCTTTCTGATGAATGTAAATGTCATTGCCTCCTTTGCACAATTAGCAGGGGAATGGAAAAGAGTATAGAGATACGATTTGCACAAGAGAATAGGGAAGTGAAGACATCCTTTATTTGAGAAAAGTTGAAATGGAACTCAAGATTAGAAAATATTGGAGAGCTGATATAGAGGCAATGAGAGGGAGTGAAAGGATTACAGCATTAATGAGAATCTGAAAGAAAAATGTGCTCACCCACCATCTTCACCTGTCTATTCCATGTCATTCTGTAAATTATTACTTACAAGGTTAATACTATTATGCGATGAAAGTGTTGTGTCTATTTTAGGAACTCAGAGTAAACAGAGAGCTATATTTGCATTTCTTTGGAGACACTACTTGAACAAAAGCGCAAAAGGAAAACTTGCTGGTATCCCACAATGCCCTATGAAATCTGTTCATCTCCTGATAAATTTTGATATGTTATTTTAGATTTAAATCATTTTAATGAAAAAATTATTAACCATGAATGGGAAATTATGGGTTTTCACACATTGCTTATTTTGTGAAAATTATGTATTGACATTTACATTTTACAAACATCTTCCTACAAAAAAAGTATAGTTGGATAGCTTTGTGAAGCATAGTTGATGATATTTATGTTTTATTTTGGAACTGCATTTCTAAAAGTTTTACTGTATTGCTCATTAAGGCTAACCCTCAATGTTAAACGTGCTGAAGTTACCACTTGAAAATGCTCAAACCAAGATCCTTACCAAAACATTTATTTTCACACATTGATTATTGTTTCTAAAAAGTAGAGGTTGTCTTTTGCAGCCTGCCACAATATTCTGTTTCTTAGCTTCTATGCTATTGAACAATTTTTATCAATAATAATATATTTTAACAACCTACCTTCTTACCAGAGATGATTTAAAGTTGTTAATAAAGATATAGCTAATTCAAGAGGGATTTTTAAATGTTGAAATCAGGGCAGAGGAAGGAAAATAAAGCTAACAGTAAGATTCATGTATATAATGAGTCATATTCATTTTGTCATATTGCAGTCATGGAAGATTTATCAGATCTATAAATAATACAAAGTTGGAAAGTATAAATCAGAACAAGGATTGAAATACTGGTCTAGAAATAAGAAGTTGAAAGTTAAGCATTGGTATTTAAAAATCAGTCTCAATCAAGTAGTAAATTTGAATGGCCCAGAGCTTAATATGAGCTGACTGTATGCTGATACTGCTCAAAAGCTAATGCAAATTTAGGCCAGATCATGGAACACAAAGCTCCCACTGTACTCTGCACTGTCCACTCATTATGTATGTACTTATTTCTGTCTTGTTTTTAAAACATCTAATGTGAGGCTTGTATACCTTTAACATAGCAAGTAATTTTAATTTAAAAATATGTAGGAAAAATTAAGAAACACTAACATGGAGTAAATTGTTGGGGGGACAAAATGAATGCTGTGAAATGCCATACATATGCTGGAAGTGGACCACAAATTAAGCTCTAAGGTTTAGGAAGAAAATGACAATCAGTAACCAAGACCCAGGGTGTCTGTAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAGTTGCTAGAAAAAGGACTATTCTTCCTTCCTGATACCAAGTCCATAGAAAACGTTATTCCTTGGAACAACATAAAGAGAAAAGAACAAAACAGAAGTTATATAATCCTCAGAAATATCCTTAAAATAACACAGCAGAGAATTTGATAGGGTTTCTTTTTTAAATCAGATTATTCAATAGAAGCCAGTCATAGTTCACCAAAGTGCTATTTAGGAAAAGCATTGCTCCAGGGTGGCCACGTAGATACAGTTTAAGTACACAGCTCTCTGATGGTCTGGTTGATTCCAAGAGAAGATTTTTGAGCAAAGGCTACCCAAAGTGACATCTCAGGACTGGTACCAGTCTGCAAACCCTGTGTTACTCATTCTTGAGATAAGTACAGAAATTGAGAGTAAGCATTTAGCATTTATTATACCAAGACTTTGTGACATTTTACTATATTTTATAAAATATTGGTCCACAGTAGATTGGAAACTTAAAAAAGAACCAAACAAAGCCAACTGGTCATTCACCACAAATAGTTTGAAAAGCTCTGCCTAGGGTATCTAATAATGGAAGAGCTGAATATCTTTTAGGAAACCTCCATAACTTTCTTTTCACATGACTTTTGAAAAGATGTTGAGAATCAGGATCCAAAATTATACTCTCTAAAATTACCTATATTGTTGCTAAATACTGGTACCCAAAAAATTTTGATCATGACCCTATGCAGAACCGTGTGTGTTAATAATTAGTTGATTCTACCTGTAGGAATTGAGCTATCATGAGGAAAAGGCTACCAGACCTCCACTCAGATTAGAGACAAAAGAACACCTGCATATGGCTGTGGTCCACCCCCAAAAATAATTTTCCATGGTCTTAGTAATTTTTGCCTGGAAAATTTTTGTATCAGATGCAGCCAAACACCCACCTTAGCCATTAAAAAAAAAAAAAAGTCAGTATACATAGTATACCGAACTTTGAGTAGTGAAACTTCCTGATGTAACCTTCAGGCTAAAATACTTGTAAACCCTAACCTCCATAGATAAATTAGTGATATGCCTAACTAATAAACTGTAAAGCTATGAAGCTAGAAACAAGGAGTTTTAAATTAACAAATATAGTGACTTTGGCTTTAGAATAATTGTTGTGTAAACTTTCTTTCTGGCAATGATAAAATATCAAGATAATTTTTAACAATAATAATGATAACTAGCACTTATTGGATCCTTAGCTATGTATAGCCACATGTTAGTTATTTGTATGCATTAATTCATATAGTCCTCAGGATAACCCTATGGAGTAGGTTTTATTATTTTCTACTTTTTACTGATGAGAAAATTGAGGCTCAGAGGGCTTAATTAACTTGTCCAAGGTCACTCAGGTAGTACATGGCAAAGCTAGGGCTGTGATGTAGTCATCCTGACCCAAAGTCATTCCCTTACGTACCATTTCTGTCCCCCTGTTTTAAAAAATAGTCTGTATTTATAGATGTTTATCTTTCTAGCGTCTCTAGAAGGAAAATAAGCATGTAGTTCATGTAAAAATGTTATCAAGTAATTAAAAGTGTTAAAATAGAGATGTACTAGAGTATATTCCTTGTTTTACCCCCACTGGAAACTTTTGTCTGTTGTATTTTGAGAATTGAATCCTATTCCAGGCATCGCATTGGAAAAATATTGATAAATTGGAGAATCCCCAGAGGTGGGTTAACAAGCAGGTAAGGGTTCTAAAACCCACATCCTGTGCAGAATGTTTGAAGGACCTAGGTATATTTAACCTATATAAGAGAAGTTTAAGAATACATATAGCAGCTCTTGATCCATTTGAAGGTTTGACTTGAGAAGAAAAGTTACACTTGTTCTGTGTGGCATCAGGACAAACTAGGATAGGGAAATAGGCATCATAGCTATTTTTTTGGCTCAAACTCAGCCTGTCTCTTAGTAGAATTGCCTTTTTAAAAAGTGACTAGCATTTGTTGAGAGCATACTAAGAGTTTTGCTATATAATCTCATATGACCCCTATAACAGTCCAATGAGAATGTATCTGCATTTGCACATTGAAAAACTAAGGCTTGGACAGGTTAAGAAAATACTATGTGATGGAGCCAGGATTTGAACCCAAATCCATGGACCTCAACAGAACCAGACAGGACCATCTTGTGCAGGGCTGTCCAGCAGGTCCTAACTCCCCTTTTATTAAAGAAGCTCAAGCAGAGATTAGCTGGTGTCAAGAATGATATGAAATGAACTCTTCATTGAAAAGGAGGCTGTACTACAAGGGTTTCTTAAATCTCTTCCAATTCTTATATATGATTCTTCAAATAATCATATTTATTAGAAAATATAACTCACATGTTTAAACTATAGCATTGAAGTTACTATTAAGCAATTTTTAGTAGGGCTTAAATTGATTCCTCACTGCTTTCATTTTAATTCTTAAAAAGAGCAGGAGATGGAGAGTTTTATTTTGATACTAAGTAGACAAATCAGTGTCATCACATCTCATCATTCAACAATTAGCCATTCACTCATCCAAAAAAGGTTTAATGAGCATCTTTGCAACCTGTACTTTGATGGGTGCAAGGGATAAATGGCAAACAAGCCTCAGAGGCTCCTGCCTTACTGAAGCTTATAGTCTGTAACCTTTAAATTATAAATTAGTGAACTATAACTTAAAACTCAAAGGAAACATTAGGTTTGTAGGAAAATATTCCATTTAGCTCGGTGCTTTCAAAATTTTCTACCAAAGTATCCCTAACAGCCAAGGAGAATAAATGCCTTTTACCCCACAGAGTCTAGGGAAGCAGCTTGAGGGAAGCCTCTGCAAGCCAAAGGCTACTTTGACAGTGCGTGGCTTTTCCTAGCAAGTCACACAAATGTGTTTTTCTCTGTTTTAATATAAAAATAATGTTTTATCATATCCACTGTCACTAAAATTGAAACTCCAAGGTGCTTTGATACCCACTACAGTGTTTATCCTGGGAGTATATACATTTCAGTTTAATAAGCCAATGCTTATAGAATATCTTATATAAGTTTTCCTCCCATTAGGGAAAAACTATTTTCAAGAAAGCCCTATGGGTACAGGAATTATTATTAATCAAAGATAGATATTCATACTTGTTAAGTCATATGGGACATTTTAC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Seq C2 exon
GAGAGAAGCCATATGAATGCCCAAACTGCAAGAAACGCTTTTCCCATTCTGGCTCCTATAGCTCACACATAAGCAGTAAGAAATGTATCAGCTTGATACCTGTGAATGGGCGACCAAGAACAGGACTCAAGACATCTCAGTGTTCTTCACCGTCTCTTTCAGCATCACCAGGCAGTCCCACACGACCACAGATACGGCAAAAGATAGAGAATAAACCCCTTCAAGAACAACTTTCTGTTAACCAAATTAAAACTGAACCTGTGGATTATGAATTCAAACCCATAGTGGTTGCTTCAGGAATCAACTGTTCAACCCCTTTACAAAATGGGGTTTTCACTGGTGGTGGCCCATTACAGGCAACCAGTTCTCCTCAGGGCATGGTGCAAGCTGTTGTTCTGCCAACAGTTGGTTTGGTGTCTCCCATAAGTATCAATTTAAGTGATATTCAGAATGTACTTAAAGTGGCGGTAGATGGTAATGTAATAAGGCAAGTGTTGGAGAATAATCAAGCCAATCTTGCATCCAAAGAACAAGAAACAATCAATGCTTCACCCATACAACAAGGTGGCCATTCTGTTATTTCAGCCATCAGTCTTCCTTTGGTTGATCAAGATGGAACAACCAAAATTATCATCAACTACAGTCTTGAGCAGCCTAGCCAACTTCAAGTTGTTCCTCAAAATTTAAAAAAAGAAAATCCAGTCGCTACAAACAGTTGTAAAAGTGAAAAGTTACCAGAAGATCTTACTGTTAAGTCTGAGAAGGACAAAAGCTTTGAAGGGGGGGTGAATGATAGCACTTGTCTTCTGTGTGATGATTGTCCAGGAGATATTAATGCACTTCCAGAATTAAAGCACTATGACCTAAAGCAGCCTACTCAGCCTCCTCCACTCCCTGCAGCAGAAGCTGAGAAGCCTGAGTCCTCTGTTTCATCAGCTACTGGAGATGGCAATTTGTCTCCTAGTCAGCCACCTTTAAAGAACCTCTTGTCTCTCCTAAAAGCATATTATGCTTTGAATGCACAACCAAGTGCAGAAGAGCTCTCAAAAATTGCTGATTCAGTAAACCTACCACTGGATGTAGTAAAAAAGTGGTTTGAAAAGATGCAAGCTGGACAGATTTCAGTGCAGTCTTCTGAACCATCTTCTCCTGAACCAGGCAAAGTAAATATCCCTGCCAAGAACAATGATCAGCCTCAATCTGCAAATGCAAATGAACCCCAGGACAGCACAGTAAATCTACAAAGTCCTTTGAAGATGACTAACTCCCCAGTTTTACCAGTGGGATCAACCACCAATGGTTCCAGAAGTAGTACACCATCCCCATCACCTCTAAACCTTTCCTCATCCAGAAATACACAGGGTTACTTGTACACAGCTGAGGGTGCACAAGAAGAGCCACAAGTAGAACCTCTTGATCTTTCACTACCAAAGCAACAGGGAGAATTATTAGAAAGGTCAACTATCACTAGTGTTTACCAGAACAGTGTTTATTCTGTCCAGGAAGAACCCTTGAACTTGTCTTGCGCAAAAAAGGAGCCACAAAAGGACAGTTGTGTTACAGACTCAGAACCAGTTGTAAATGTAATCCCACCAAGTGCCAACCCCATAAATATCGCTATACCTACAGTCACTGCCCAGTTACCCACAATCGTGGCCATTGCTGACCAGAACAGTGTTCCATGCTTAAGAGCGCTAGCTGCCAATAAGCAAACGATTCTGATTCCCCAGGTGGCATACACCTACTCAACTACGGTCAGCCCTGCAGTCCAAGAACCACCCTTGAAAGTGATCCAGCCAAATGGAAATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000148516:ENST00000437844:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.093 A=NA C2=0.494
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PU(38.5=27.8)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=2.5),PF0004624=Homeobox=WD(100=8.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains