HsaINT0185471 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000184517 | ZFP1
Description
zinc finger protein 1 homolog (mouse) [Source:HGNC Symbol;Acc:23328]
Coordinates
chr16:75186807-75200794:+
Coord C1 exon
chr16:75186807-75186864
Coord A exon
chr16:75186865-75200667
Coord C2 exon
chr16:75200668-75200794
Length
13803 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
ATAACAATATGCCATTTCAGGGA
3' ss Score
5.88
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCTGCCTTCATAGTTCTCTGCCTTTGCCCAAAACTGCAGAAAATGAACAAATCCCAG
Seq A exon
GTGAGTTGTTTGTTTATTCCCCATTTTGCTTTTCAGTGCATTTAAGGAAGTTTATAAGGATCCAGAAAATGAAATAGAAAAGTATGAATAAGACACAAAGGAAACATAGCAAGAATAACTAATCAATACCAGCAGCCAAAAAGCAAATTGAGTTAATTAAATGTCTTGCATTGGTTATGAATACCAATTATTTGGTTCTGTACATTAGGTCTGAATAAATTTTATGGACCTTCATATAGATGGTGTTTTGGACAGCACCCCCAGAAACAACCAACTTTGAAAGGGTTATCACTTTATCTGTGGTTGTTTCATATAACATTCCTCAGTGCAAGTGCAGAAGATTATTGTATGTATTTGGTTTTTCCAGTCAGATTAGCCTAATGCCAGAGAATGCAGTAAATATGTGGGTTTGTATTTAAATCCCTCCACCCCAAGCAGGTACCACTGTCATTACTTTCTTGTGTAGCTTTCCAGAGCTTATTTGTACATAATTACACAAGTACAAATAAAAGCACAAACGTAAGATAGCATGTTAATCATACTGTTCTGTTTATATGCGTTCTGTTTTAATAGATTTCATTTTTTTTAGAGCAGTTTTGGGTTTACAGAAAAATTGAATGGGGAATGCAGTGTGTTCCCATATACCCCCTCATTCCCAACCCCTACCCCCAGTTTCCTTTATTATTAATATATGCATTAATGTATATTGTTACAGTTGATGAGCCAATATTGATACTTTAAAGACCATAGTTTACAGTAGGGATCACTCTCTGTGTACATTCTGTGTATTTTGACCAATATATAATGACATGTATCCATCACTATGGCATCATACAGAATAGGTTCACTGCCCTGAAAATCCCGTGCTCCGCCTATGCACCTCTCCCTCTGTCTCCCTAAGTCCCTAACACCCACTGATCTTTCTACTGTCTCATCTCCCTAGTCGTGTCTTTTCTAGAATGTCATATAGTTGGATTCATGCAGTAGGTAGCCTTTTTAGATTGGTTTCCTTCACTTAGAAATATGCATTTAAGGTTTCTCCAAGTTCAAGACAATGCTGGCCAACACGGTGAAACCCCGTCTCTAGTAAAAAAAAAAGTACAAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAAGCCAGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCTGAGATCGCGCCACTGAACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCGAGACTTTGTCTCAAAAAAAAAAAAAGAGAAGGTTCCTCCAAGTCTTTTCTTGGCTTGATAACTCATTTCTTCTTAGTACTGAATATGTCATGATGTGATGTACCACGGTTTATTTATCCATTCACATATTGAAGGAACAGATAAACTTAGTGGCTTCTAAGTTTTGGCAATTATAAATAAAGCTGTTATAAACATCTGTGTGCAGGTTTTTTGGGGGCATGTTTTCAACTCATTTGGATAAATACCAAGGCCCCTGGATCATACACTAAGAATATAATTAATTTTGTAAGAAACTGCCAAACTCCCTTCAATGTGGCTGTACCATTTTACATTCCCACATTCTCACCAGCAATGAATGAGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTAAGGAGCGGAAAGTTTAATAGGCAAGAAAGAAAAGAGAAGGCAGAAGGAAGAGGCTCCCCTGACAGAGACAGAGGGAGGGGGGCTCCAAAGCCGAGAGAGGGAACCTCCTGAATGAGAGTTTCTACGGCCCTGCATCCTCACCAGCATTTTGTGTTGTCAGTGTTCTGGATTTTAGCCATTTTATTTATTTATGTTTTTAATTTTTATTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACACAGGCTGGAATGTAGTGGCGTGATCTTGGCTCAGTGCAACCTCCCCTTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCGCACCACCATAGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAAATGCTGATTACAAGCGTAAGTCACTGTGCCTGGTTATGGTTTGTGTTTCAATCTCTTAATTATGTGATTTGATTTTGTTTTGTTTTTGAGACAGGGTCTCGCTCTGTCACCTAAGTGGGAGTGCAGTGATGTGAACACGGTTTACTGCAGCCTCGACTTGCTGGACTCAAGCAGTCCTCCTGCCTAAATCCCCGCAAGTAGCTGGGACTACAGGCACATGCCGCCATGCTTACCTAATTTTTTGTATTTTTTTGTAGAGATGGAGTTTTGCCCTGTCGCTCAGGCTCATCTTGAACTCCTGAGCTCAAGCAATCCATGTCCACCTCAGTCTCCTAAAGTGCTGGCATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCTCAGCCCAATTATGTGTTTTTTAAATCATTCAGTAACATATCTTTGAAGTATTTCCATATCAGAGCATAGAGGTTGCTCATTCTTTTTTTTCCTAATCTTTAATTGTGTGACACATGTACAGAATAGTGTATTAAGACATAACACTCTTTAAATGTGTTATAACAACATATATAACAAATATATATGCATTAAAGAATAATAATAAAATGGGTGCCCATGTAGGCACCCAAGTTAAGAAATAGAACATTATCTGTTCTTTATGACAAATTTTCTGATTGAATCCACCTAGTAGATAGCCACTATCTTGACATTTTTCTTAATAGTTCCCTTGCTTTCCTTAAAGACTTTACCACTTAGATATATTCTTAATGTAATATTCAGTTGATAAACTATAACTGGGATTAATATCACTTATAGTCTTAATATAAAATTTAGTTAACAAACTATAACTGGAATTAATATTGCCTTGGTTTGCATAATCTTTTGTCTAATTGGTGGAGGTTTTTTTTTCCTTTCAGACATGTGAGATCTAAAAGATGCATCCGTGGGCCCTTTGCCAAGACTTAGGTTATCATTTATTTTTTAAATTACACTAGCTAGTGTTAGCTAAGAAGAAATGAAACCACTCATGTATTGCTGGAGATAGTATAGAATGATACAGCCTTACTGGGAGCAATGTGGCAACACCAAGCAAATTTAGCAGTGTAAAGCAGCTGTGTCTAGAAATTTGGCTACTGTTGGGGCCAGGTGTGGTGGGTCACGCCGGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTTGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGATCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCTGTCTTTACTAAAAATACAAAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTAGCATGCGCCTGTAATCCCAGCTACTTCGGAGGCTAAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCGAGATCATGCTACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTAAGACTCTGTCTCAGAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAATTTTGCTACTGTTGGACAAAGCCTCCCAGGAAAAGATGAGCTGAATTGAATTTCCAGGTATAGCCTGGCTTTGACTTTCCTGAGAGTTTACAGAAGTCCCGTTTGGGGAGGTTATTGGCAAGGTCATGAGAAGCATGGGGCTCAACATAGTTGGGCCGTGTGACAGGGTCAGAGTGTAGACTAGGTATTGAATTTTTGGTACGAATATAATTAGAGGGAGTGGGATGCTATGCATTTTCTGCATCTTGGTTCACTGGTGAATAGCCACCACTCAGGAGTAGATTAAAGCAGAACACTTCTGTGACATGAAATGACTGTTCTCATCTGATCCAAGGCAGTCTGGTATGGAGGGGAAAGACAGATGTCATCAGAACATGTTCAAGATAAGCCAAACCAAGTACAGTTAAGAATCTGGGCCAGGCTCACCCAGGCATTCTGCCCTCAGGTTAATAAAAAGTTGGTACAGTGGCCGCAGGTATCTTGTTGATGACAACCCTCAGAATGCCAGCTTTTGAATCACTGTGTTCCAGTCCGTAACTACAAGTAATGTGGTGTTAGTAGAGAATCAGTGCTATTTCACCATCTCCCACCGCTGTCTCCTTCCCACTCCTAGGGATTTCCTTCCTCTCTCTCATGTTGATCTTTTGTTTGCAGCGTCTCTTTTTTGGATTACTGTTGTTTTATTGAAGTACATGCTTCAGCAGCTTCTTGAGAAAGGGTTTGTGAGAGGTATGTTTTTTAGGCTGAATTTCTGAAAATGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGTCTCACTCTGTCTCCCAGGCTGGGGTGCAGTGGTGTGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTACCACAGGGTTCAAGCAATTCTCCCGCCTCAGCCTCCTAAGTAGCTGTGATTACAGGTGTGTGCCACTACACACGGTGAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCACCCTGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATACGCCCTCCTCAGCCTCCCAAAATGCTAGGATTACAGGTGAGAGCCACTGCACCTGGCCTTCATTCTGTTCTGGTATTTGATTGATAGCTAGGTATGAATGTGGATTTGTCCATTCCTCAGTTTAGTTCTGTCAGGCTTGATATAATTTGAAGCTGTGTTAGTCATTGCATATATGGTTATGGATGTGTGCACACATATGATTCTGTCTTCCTGATGGACTTATCCTTTTATCATTTTGAAATGCCCCTCTTTATCCCTGATAATACTGCTTTTCTGATAAAAATAAAGCCATACCTACCTCTTCTGGGTTGGTTGGTTGGTTTGTTTTGAGACCGGATCTGGCTCTGTTACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCTTGATCTTCACTCACTGCAGTCTTTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATCCTCCCAGTATTTGGAACTACAGGCGTGTACCACCATGCTCAGGCAATTTTTGTAGTTTTGTTTT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Seq C2 exon
GGATCAGTTTCATTCACGGATGTGACTGTGGACTTTACCCAGGAGGAATGGGAACAACTGGACCCCTCTCAGAGGATCCTATACATGGATGTGATGCTGGAGAATTATAGCAACTTACTTTCAGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000184517-ZFP1:NM_153688:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=100.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)