HsaINT0185492 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000062370 | ZNF112
Description
zinc finger protein 112 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12892]
Coordinates
chr19:44340416-44356674:-
Coord C1 exon
chr19:44356626-44356674
Coord A exon
chr19:44340543-44356625
Coord C2 exon
chr19:44340416-44340542
Length
16083 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
GCATGTGTTTGGCATTGTAGGAG
3' ss Score
5.73
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTTCCGCCCCAGGTACGCTAGGCCGCGGCCTTCGTTCCTCCCAGAAAG
Seq A exon
GTGAGCGCTCCCCGCCCTGCTTCCTGCTCCTTCCGTCCATACTGATGTTCGTTTTGTTGGGGTCCAGTAGCAACCGGGCAGTAGCTCTAGGGGAGGATAATCCACTTGCGGCGAAGGGCGGGATTTGTGTTATCTTTGAATGAGCCTTCTCCAGTGTGGGGCAGCTGGCGCATCCCCACTTAGCGCCGGGGGTCCAAGATCCTACATCGCAGGGACTGGGGATCTCCTGGGTTCTGTACTTCCCCAGCCCTTTCCCCTGACCATCAACCAGCTCTGCCACTTCCTAGCAGTATAATAACAGGCGAGTATCTTAATCTCTCTGCCTATGTTTCTTTTTCTTTAAAATGGTACTAGTATCTATCTAATGGAGTTCTTTTGAGAGTTAAATAAAAAGACTTGGAACAGAGCCTGACAGGTGGTAGAAGATGGGTCTCTTGTTATTAGCACTTTTTAATTTTCTGAGAAGGACTCAGTTCCCTGAAAGCTTCTGTGAACCCAGGATGGGGTCAGAGCTCCAGCTGCAGAGTATCCCTGGCCCTTTTCTGATCACTGAGAGATTTTTCTTTAGGACAGGATCACTCCTGGCTGTCTGGGTAGTCCATTGTAATTCATGCAGGAGTTCTGATTTCCCCCATCCTCCTTTCCTTCTTTAGCCTTGACTTCTTGAAAAAGGCTGCAGGGAGAAGGAGGGAATGACCCTTTGGCACTTGGCAGCGGAGTCTCACCTGAGTAGTACTTATCATCCTTTCTTTTCAGGGAAGACGATATTTCCATCATTCACTGGCAAATTCTGCTCGAAGATGCGCTGATATTTGTTCAATAAATGCAGAAACGGATGAGGGAGTACTTGGGCATGAGTAATAAAGATAGTATTTAAACATTTAGTGCTGATCATTCTAAGAGTTTGATATGAATTAACATCTTTAATCCTCACAAGAGCCCTTTGAGCCTGGGTTGGGTACCACCATTCCCATTTTAAAGATAAGCAAACAGACATAGAGCATAGGTGGTTTATCTTTAGGTCACCCAGGTGGTAAGAGCCTGAGCTGGGATTTGAATTCAAATAGTTTCCATCCATTGCCTTAGTTCTTGATGTGTTTAGTATCAGCTTCAGAACACATATTTGGATTTTACTAGAGGACCGTGAAAGCAAGGTTAATAAGCTTTGAATTTTTGATTTTTTAAAATTATCTGTAATTTAATTTTATTTGAAATATTTATAGTTCATATTCTGATTATATAAATTATTGCATATTGTAAAAGATTAAGAAAGTATAGAAAGTGTAAAAGAAAAAAATTATGCTAACCACAAGATATAACAGTAACAATATTAATATTTCAATGTTTTCCTCTTCCAGTAGACTTCTTTTTGGATTTTCACCCATGTTTAACCAAATAGGCTTCATAGCTTTTATTTTTCCCTTAAGTTTTTACTATGGAAATTTGTAAGCATAGCCAAATGTAATATGACTAAAATAATTCTGTGGAAGCGTCACCCAGCTTCAACCTTTGTTAACATTTGCCAGTCTTGTATCAACTCCCTGTCCCTTTTTTTTTTGTTTCAGTATTTTAAAGCAAATCTCTAACATCGACTTAGTATAATATCGTTTGATTGATTGTCATAATTGCCAAACGTTGATGATCATAAATTGCTTATATCCAAGACTTTGAAAGGGAAATGCCAGCAGCTACTCTAAGGTTTTCATTCGTTGAAGCTTACAGAATGGTCCTTACTTGAGGAAGCTAGGGGATGCAAGAGAATTGTACCTTGGAGAAGGATGGTGATGAATTTTGTGTTCCAGTATAGAGTTTGCCTTGCCTAAGTCTTATAGCTCTTTGTTTCTTATTTCTCTTTATCTAAATCCATACACTGAAAGTTCTTCTATTTCTGGGACCATGTCATACTTTTCTCCATGTGCCCAGCACATCGTACAAGGTTGTTAAGGGTTTATGGTTAGAGTAGCTACTCAACAGACAGCTGGCATCAAGGATTTGCAGTGTGGAATTGGAATTAGGTATCAAAATAGAATAGAAATAACCCCTGGATATATTCCTTAATCTCACTTAATATTGGTAGGTTATATAATCCACCAACTATTTCAGAGTATTGAAGAGTTGAAGAGCAATGATTGGTTATGTTTTGATAATCTAAAAAAATTCCTAAGAAACAAATTGTTAGAAATGGTAACAACATTTATAGACCATGCCTTATAACTGAGGTTGTGTTTCCAGGTTTTTAAAACAGGTTTTTAAAAAATGTTTTTACAGTGACATTGACTATTTTGTTATTTTTGGTATACAATTCTATTACAACACAGGCATAGTTTGTATAACGACTACCGTAGTCAGAAAAAGAACAGTTCCATCACCCCAAAAACTCCCCTCATGTCTTCCCTCATAATTACCCCTCACCATACCTGTAACCACTGGCAACTACCATAACCACTAAAACGCTATAGTTTTGTCTTTTTGAGAATGTCGTATAAATGAACTGATGCTATATGTTAACATTTGAGACCGGATTCTTTTACTCAGCAAATTGCTCTTGACATTCATCAAAGTTGTTATACGTATCAATACTTCATTTCTGTTTACTTCTGGTTAACAGAAGTGTCCACTTTATGGATGTATCACAGTTTATCTATTCTCTGGTTGATAGACTTTTTCCTCCACTTTTTGGCATTTATGAATAGAGCTGATATAAACATTCATGTACAGTTTTTTTTGTGCTTATTTCTGTAGGGTACGAAGCCAGGAGTGTGGTTACTGGATCATATGGGGAATGTATGTTTAACTTTATAAGATGCCAAACTGTAGTATCTGTACCATTTTGCATTCTCACTAATGATGTAGAAAGTTCCAGTTTATTTACATCTTCATCAGCACTTAGTATTTTCCTTATTTTTTTTTATTTTAGCCATTCTAAGCATTGTGACTTTAATTTACATTTCCCTAATGGCTAATGGTGTTCAGCAGATATTTCTTTTTTTGTTATTGTTTCTTTGCCATCCTTATATCTTCTTTGCGGAAGTGTCTGTATGCATGCTTTGCCCAGTTTTACATTGGGTTATATTTTTCCTATTGTTGATTTTTGAGAGCTATTTATATATTCTGGATATAAGTCCTTTGTTGGATGTGTGATTTGCAAATATTCCTTCTCAGCCTGTAGCTTGTCTTTTCATTCTCTTAATAGTGTCTTTTGCAGAACAAAATTTCTAATTTTAATTACATCTAATTTATCAATGTTATCTTTTTTGGATTGTGCTTTTGATGTCATATCTAAGAAGTCTGCCTAGCCCCAGGTCGTGAAGATTTTCTCTTGTTCTAGAAGTTTTATGGTTTTACACTTAAATCTGTGATCCATTTTAACTTTTTTTATAATATGTGATGGTTAAGTTGGGTTTTATTTCTTTACATATGAATGACCAACCATCCCAACACCACTTGTTTGGGTTTATTTCTGTACCATGTTCTGCTAAATTGATCTATGTGTGTATCTCTTCACCAGTACCAAGATATCATATTTACTGTAGCTTGATAGTAAATCTTAAGACTGGATAGTTTGATTCTTCCAAATTTATTCTTTTTTTCCAAAATTGCTTTTAGCTATTCTGGTTCCTTTGCCTTTCCATATGCATTTTAGAATCAGCTTATTTATATCTACCAAAAATTCAGCTGGTATTTTCATTGACATTATGTAAAATCAGTAGATCCGTCTTTATCACATTGAGTTTTCCAGTTCATTGATATAACATGTCCCTTCATTTAAGTGTTCTTTAATTTCTTGCATTAGTGTTTCATGATTTTCTGCATACAGATCTATACATGTTTTGTTTAGACATATGCCCGAGTATAATATATAATTTATTCTTCTAGAGCTATTTTAAATCATATTGTTTTAAAATTTTGGTTTCCAGTTGTACATTGTTAGTGTATAGAAATACACCTGATTTTTGTGCATTGACCTTGTATTCTCTGACTTTGCTATACTCACTAGAAATTTTTGTTTTTTGGTAGATTCCTTGGGATTTTCCACAGAGACACATGTTGTGTATTAATAGGGTCAGTTTTATTTCTTCCTTTCTAATCTGTATGCTTTTTATTTCTTTTCCTTGCCTCACTACACTGGCTGATTTTCAGTACAGTGTTGAATAGTTATGTCAAGAGTACACATCTCTGCCTTGTTCCTGATCATAGGGGAAAGCATTTTTATAAGTTCCATTATATTTTTAGTCTGCAAAAGTTCTGTCATGAGTGGATGTTGTATTTTGTCAAATGCTTTTTCTGCTTCACTTTTACTGGAGCTGGTGATTGCTGTGCACTTAAAAGTTTGACAAGTACCTGTAGAACAGCCTTATTTAATTTTTTAACATTTATTTTTTAACTTATCTACTTATAGTAGAAATTTATTCTTTTTGGTGTACATTTCTGAGTTTTGACAATTGCATTGTCATGTAGACTTCACCACCACAATCAAGATTCACAACAGTTCCATCGCCCAGAAACATCCCCTTGTGGTACCTTTTTGTAGTCAAACTCTTCCCCAACTCTTAACCCCAGGAAACCCCTGGTTCACTCCCCAACCCCATTGCCTTTTCCATAACATCACGTGAACAAATCAATGCAGTATGTAGAATTTTGAGTGATTTTTTTCATTTTTCTCTTTGATTTCTCACATCAGTATTTTGTGTTTTGTGTCTTTGAAGGAATTAAACCATTTCATCTATCACTTTGAATTCATTAATGTTAATTCATTTATATTTCTAATGCCTGTTAAGTCCGTAGTGATATCCCTTCTTTCATTCTTGATTTTGGTAATTTGTGTCTTTTCTCTTTTGTTCTTCATCAGGAGTTTAATTTTTACTAATCTTTGCAAAGAACCGCCTGTGGGTTGAATTAATTTTGTCCAGGAGCCAGCAAACCTATTTTTTTAGGCCCAGATTGTAAATATTTTAGTTTTTCCAGTTAACTAGAAATATCAGTACTATTATTTAGGTATT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Seq C2 exon
GAGATGGTGACATTCAAGGATGTTGCTGTGGTCTTCACTGAGGAGGAGCTGGGGCTGCTGGACTCTGTCCAGAGGAAGCTGTACCGAGATGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTTAGTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000062370:ENST00000354340:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains