HsaINT0185518 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000120784 | ZFP30
Description
zinc finger protein 30 homolog (mouse) [Source:HGNC Symbol;Acc:29555]
Coordinates
chr19:38138715-38145780:-
Coord C1 exon
chr19:38145613-38145780
Coord A exon
chr19:38138801-38145612
Coord C2 exon
chr19:38138715-38138800
Length
6812 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTGAGT
5' ss Score
7.21
3' ss Seq
TTTACATGTTCTTTCTGCAGCTC
3' ss Score
10.83
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGCGGTTAGTTGGGGCCAGGGAAGCGTGGAGGGTGGGTTCCAATCGAGTCAAGAAAAGCCTGGGGTGTCCTGAACTCTGCCTGCTTCCCCAGCCCTGCCAGTTTCCAGAGAAGGCGCTTGAGAAGGAGAAACGAATCGCTGCTGCTCTTCTAAAAGCCGGTTCCCT
Seq A exon
GTGAGTTCGTGCTGCTGCTTTGTTTCTGTGAAATGCATTCGAGTTCCTTCCGTTTAAAATCCTGCTTAGGAATGATCTATTTATTCATTGATTTGGGCCTTAGGATTTCCCTACCTAGTTAACGGCAGGGGACCTAATTAATAGATTTCCCGTTGTTAGTGCCCACTTCATGCTGTTCTATAGTTAGACACATGGTTAGTTAACTGTAGGCTGCAAATTCAATTACTCTGTGAGCGCTGTTTTTCTAAGGATCTTGATGATATGGAAATACCCGTGCTGGAGATTAATGTTCATACTTTGTTTTTATTTGTTTTTTAGGGTTTAGATATGTTTAATGGTTCTGGGGTAGGAGTGGAGATTTCTTTTTTTCCAGGAAATTCATGAGTGGAAGTTTTTGGTACCAGCCAGATGTGGTTTGAGGTCTGGCAGCATGAGTTTATTTTGGGTATATCTTGGATCGACTGAGGGAGGTGTAGTGTAGTGGTTAAGAATTTCGAGCCTAGATTAAGTGGAATTGAATCCTGACTGCCACTTAAATCTGAACGAGTTTAAGCAATCTGTGCTTCAATTTCCTCAGAATTGTAATAGTGTATACTTTACGGTGTTGTTTTGAAGATTACATGAATTAATATTTGTGAAGCTCTTAGGAGAGTGCCTGGCACATAGTGAGTCCTTAATTCATACTAGCTACTGGTATTAAAATGATGATGCTCAGTCATTTCCTATCAGCTTTGTGTATTTCCAAGACCAATGCAAATGTGAAGGTAATTATGATGGATGCTTGCAAGCAGGAAAATGAGCCAGACCCTGCAGTGGACCAGAACAGGGATTGGTAACATAAGTCCTTGGACTCTGTTTATGAGCTTTCAGGGCAACAAAGATATTTTAAGATTATATACAGAATTGTTGTATGTATTTGTAAATGGTTAATTTTTTCAGTGGAGCGAGGAAGTCTATCATTTCATGGTATTATCAGAGTTGTATAAGCTCCAACAACATTGATTCTCACTGTCTAGAAATGAAATAACTGGTAATGACTTTCGGGATGTTCTTTTATAAAATTAATATCTAGCAGTATGGAAATGGTTAAATCACACTCCATGTGATGGAATGTTATGCAATAATAAGAATTTTGTTTATATTTAGTCATAAGAAAAAAGTATAATGTAATATTGAGAAGTATTGTTGTAAATAAGAATCATCAAGAAATTGTTACATATGAATCTTGTATACTACAATAAAGGTTTTTAAGTTATTTTGCAACAATGTAATATTTAAATATTAAATTGCTAGGTATTTAATGATTAGTTATTTATTGGAGCTGAGGAGGGGTAAATGCAAGTTATTAAGTAGCTGCTGTGAAATGAGCATTTGTTTTTGTCTGCAGTTCTTACTGGCTCTTAATCACTTTGGAAATGACATGAACCAGGATTGTAATCCTTCACAGAACTATTTCAGGGTCTTGATGAGATACAATACTCAGGAACTGGTAGAAATTATTTTTTCAGTCACACTGATTTCCCTGTTGTCACCATTTATGCAGGGCCTGTTTAATCACAATTTTCTTTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTTCGATTTTGTTGCCCGGGTTGGAGTGCAATGCCGAAATCTCAGTTCACTGCAACCGCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCGCCACCATGCCAGGCTAATTTTTTGTATTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTAACCTCAAGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGCCCACAATTTTCTTAATGACTGTAAGGTAGCCTATCTTCCCAGTCATTTAAAATTTTTTGGAATAGCTTTTTAAAATATTTCTGATGACAGAATTAATACAAGCTTGTGAAATATTAGTAACTACGGAACCTATAAAGAAAATTAAAATGATCAATGGTCCCAATGTCCAGAAATAATAATTATTAATGTTTTAGAGCATATTTTCCCAAAATATTTCTACAAGTCTGTGTGGTTTTGTGTGTGGTTTTATTTATTTATTTATTTTTTTGAGGTGGAGTTTCGCTCTTGTTTCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTTGGCCCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGTCTCCCAAGTAGCTGGGATTACGGGCACCTGCCATCACGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGGGACAGGGTTTCACTATGTTGACCAAGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGACAATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTACCCGGCTGGTGGTTTTCTCTCTGAAGAACAGGCTAATACTAATTGCAAATTTAAAAGAAACTAAGACCTCTAGTTCTTAGTTTAAAAGAGGAATTCAGTGCTCTTGTGGATTATATGACTCCATGGATGTATGGAGAAAAGTGACATCCCAGTGATCCACTTCTGGTTTGACAGACCTTCCAAATATTTACAGTTCTTCAAATTATGGAAATTTCAGTTAAGTTGAGATTTAAATCTGATTTTAAAATTAATTTTAAAATCTCAGAATTGAAATTTTAAGAGTTTTTTTCATCTGTTCAAGTCTGTTTCCCTTTAATGGTCTAAAAAATCTAATCATATATTGTTTTGTAAACTTTTTTTTTCTTTCAGTGTATCTTGAATATTTTCCTTTCCTTAACTGTTTTCTAAAATTTAGCATTTAGTGATTACCTTAGTATTCCATTTTATGGATGTTTTGTAAATTTTTTAAGAAATGACTTATTGGACAGGAATATTCCAAACTGCCCAAGCAATTCCTTCAGGAGGATTTCTGGCTCCTATGACTTGATCAACTTTTCACCTCAGAGTCATGTGAATTTCAGAGTTAGGCATATTTAGGAATTGACTTTTGCCAGGTGGGATACAGGTATTTGAAGTATTTGACTGTATTTCTGAAGGATTGATTTTTCATTCTTAGAATATAAAATAGACAGCTGTGCTATTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACCACAGGCACATGCCACCATGCTCAGGTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCGTTTTAGCCAGGATGGCCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTACCCGCCTTGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCGGCCAGCTGTGCTATTTTATACCAGGAGCTTCATCCTTCAATTACATGATTCGGGGAAATGAATTAATGATAATTTCTTAGAAAACTAAACTTACAAAAAACAAGATCATTTTAATCTCAGAAAAAAAAGTCATATGCAAAAAAGGCAAAATAACCTGAGTATACTGCATAGTTCAGTTGGTAACAATGTTTAGTCACAGTAATGTAAACTGAATTTAAAAACTGATTTACTCTGAAATAGAATAAAACCATATTGAGGCTGGGTGCAGTGGCTCACACCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCCGAGGCTGGTGGATCGATCACATGAGCCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGACAAAACCCCATCTCTACAAAAAACACAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGTGTGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGGGACAGGCAGAGAATCGGTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGTTGAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAGAAAATCATATTGAAAGGACAAAGGGACTGCAACTATGCATATGTGGGTGGGAGTTGAGTAGGTAAAAGACAGCTAAAACTATGCCTCTTATAGTAGTAAGTGAATATGTAATGATTACAACTGAAAATTCAGAAGTGGAAATATTAGCATGTTTTTTAAATACCAAAAGGAATGGCTAATAGAGGTAAAAATTACTGCCTCTAGATTTGGAAGATGGGGCAGAGTAGCAGGGATGGAACTGTTGGAGCTTTTTGTGATATTCCTTGCATAGCTGTTTTGAATTTTTGTTCAGGTATAAGTGATAAAAATTTTTAATTAAAAAATTCAGGCCAGGTGCAGTGGCTCAAGCCTGTAATCCCAGAACTTTGGGAGGTGGAGGCAGGTGGATCACTTGAGTCCAGGAGTTTGAGAGCAGGCTAGGCAACATAGACTGCATCGCGGTAAAAAATAGCCAGGGTGGTGTCATGTGCCTTTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGTAGGAGGGTCGCTTGAGCCCTGGAAGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCCGAGATTGCACTTTAGCCTGAGCGACAGAGCAAAAGCCTGCCTAAAAAAAAAAAAAATGTAAAGATTCCAGGGAAGAACAAATAAAGATCACCTAGGACTGGGATACCATCAAGTAAAGGTAACAATAAAATTTTATTCCAATTCACAGATCATTTTATACACATGCATATACATGTATGCATGTGTATGTAGTTTACCTGCCGAAATACAATTACATTACAATCATATTTTCTAACCTGTCTTCTTCCCCCAACAATATGTAGTGGCCATCTTCCCATGACATCAAATATGAATTTTATCTTCATTTTTAATGGGTGTTTATTTTTCTTTTTTTTTTCTTTTCTTTCTTTTTTTTTTAAGACGGGGTATCACTCTATTGCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGCATGAACGGGGCTCACTGCAGCCTTGACCTCCTGGGCTCAGGCGATCCTCCCACCTTGACCTCCCAGGGAGCTGGGACCACAGGTGTGCACCACCATGCCCCGTTAATTTTTTGTAGAGATGGAGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGACTTATTAAGCGGTCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCACTCGGCTGTTTAATTTTCCATTGTGTGAATGCATGATAATTTATTTGACATTGCTGAAGGACATTTAGGTTCTTTCCAGCTTTTTTGGTCCCATTTTAAACACTCTATCCACATATTATTTCATTCTTTGTACATCATATCATTGAGTATCCATTTCCCCAACAGCTTAGTAACTATGAGGTGTCATAGCTTTTTGAAATCTGCCAATCCAGTTCCTTCAATATGCTCTCTAGTTACGAGTAGATTTTGACTGATAAGCTGATAGGTTATTTCTTTTTCCTATTTTGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGAGACAGGGTCTTACTTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGAAAGATCATAGCTCACTGCAGCCCTGAACTCCTGGGCTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAACTAGGGATACAGGCAGGTGCCAACACACCCAGCTAATTTAAAAAAATTTTTTTGTTGTTAGAGACAGTATCTTACTATGTTGTTGAGGCTGGTTTTCAATTCCTGGCATCAAGCAATCCTCCCATCTGGGCCTCCCAAAGTGCTGGGACTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATTTCTAGCTTCTAGAACATTATCCACACTCAGGCTTCATAAATTTACTTCTCTAAGTCTGAGTACCAAGAAAGATTGCTTGGTAATTGAGATCATGCAGGCAATATTGATGATCCTGAATAGGAAAATAAGGAGCAGAGAGCTCTGAGTTAAGCCTTGGGGAAGGGATCCCAATGTGCACCTGCAGTTTTGCCATAATAAAGGCTGCTATATAGCCTTTCTACAGGTGTTTTATACCTGTGGTTCTCAAAGTGTGGCATCTGGACCAGCAGCATCAGCATCACCTGGAAACTTTTTAGAAATGCAAAGTCTCAAGTCCAATCCCAGACGTACTGAATGCCAAACTCTGGGAGTGAGACCTAGCAAGTTGTGTTTTAAGAAGCCCTCTGGGTGATTCTGATGCATACTAAAGTTTGACTACCAAACTTTGCTGCCCATTATAAGCACCCATGGGAGGAGGAGGTAGTTAAAAAAAAAATCCTAAATCCCACGTCACACTAATTAAATCAGTGTGTTTAAGGGTGGGAGCCAGGCAACAGTATATTTTAAAGATATCCAGGTGATTCCAATTTGAGCAAAGTTTGGGAAATTCTTGTCTATGCTATTTTTTGTCTTCATGTTTGGGGAGGCCAGCCAGATTCCTAAGGCCAAGAAGGAAGTTTTGGTTTAGATGGTGTAGCCCCTTTTCAGCTGGGAAGGTGGGGATGGAGGGAGGAGGATCTGTTCAGGACAGGTCTGCACAACCCATTCTTTGGTCCAAACCAGCCCGCCTTGGGGTCAGAGCTGGGGACCAACTGGCAGCCCTCCTGCTGAAGTGTCTAGACATATGCTTTGATGCCGCAGAGTCTCTGCTCTTCAATTCCTTGTGCAGCTGAGCTGATTTCGCTGTGGTTTTGGGGAGGACATCTTTGTCTAAACTACCTCTTACCTATCAAAACTTGTCTGTGTGTTGGGGGTGGGAGTTGCATATAGGAATGGAGAAGTAGTACCAGTTTTTAAAATTTGGAAACTCTGAGGCAGTTCTCTTCTCATGATTTTACATGTTCTTTCTGCAG
Seq C2 exon
CTCTGGTGTCTGTGGACCCTGCTTCTGAAGTACATGAACCTTGAGGAAAATTGACCAGTTCTAGCAGTTCTAAAATCATGGCTCGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000120784-ZFP30:NM_014898:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)