HsaINT0185518 @ hg38
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr19:37647814-37654879:-
Coord C1 exon
chr19:37654712-37654879
Coord A exon
chr19:37647900-37654711
Coord C2 exon
chr19:37647814-37647899
Length
6812 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTGAGT
5' ss Score
7.21
3' ss Seq
TTTACATGTTCTTTCTGCAGCTC
3' ss Score
10.83
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGCGGTTAGTTGGGGCCAGGGAAGCGTGGAGGGTGGGTTCCAATCGAGTCAAGAAAAGCCTGGGGTGTCCTGAACTCTGCCTGCTTCCCCAGCCCTGCCAGTTTCCAGAGAAGGCGCTTGAGAAGGAGAAACGAATCGCTGCTGCTCTTCTAAAAGCCGGTTCCCT
Seq A exon
GTGAGTTCGTGCTGCTGCTTTGTTTCTGTGAAATGCATTCGAGTTCCTTCCGTTTAAAATCCTGCTTAGGAATGATCTATTTATTCATTGATTTGGGCCTTAGGATTTCCCTACCTAGTTAACGGCAGGGGACCTAATTAATAGATTTCCCGTTGTTAGTGCCCACTTCATGCTGTTCTATAGTTAGACACATGGTTAGTTAACTGTAGGCTGCAAATTCAATTACTCTGTGAGCGCTGTTTTTCTAAGGATCTTGATGATATGGAAATACCCGTGCTGGAGATTAATGTTCATACTTTGTTTTTATTTGTTTTTTAGGGTTTAGATATGTTTAATGGTTCTGGGGTAGGAGTGGAGATTTCTTTTTTTCCAGGAAATTCATGAGTGGAAGTTTTTGGTACCAGCCAGATGTGGTTTGAGGTCTGGCAGCATGAGTTTATTTTGGGTATATCTTGGATCGACTGAGGGAGGTGTAGTGTAGTGGTTAAGAATTTCGAGCCTAGATTAAGTGGAATTGAATCCTGACTGCCACTTAAATCTGAACGAGTTTAAGCAATCTGTGCTTCAATTTCCTCAGAATTGTAATAGTGTATACTTTACGGTGTTGTTTTGAAGATTACATGAATTAATATTTGTGAAGCTCTTAGGAGAGTGCCTGGCACATAGTGAGTCCTTAATTCATACTAGCTACTGGTATTAAAATGATGATGCTCAGTCATTTCCTATCAGCTTTGTGTATTTCCAAGACCAATGCAAATGTGAAGGTAATTATGATGGATGCTTGCAAGCAGGAAAATGAGCCAGACCCTGCAGTGGACCAGAACAGGGATTGGTAACATAAGTCCTTGGACTCTGTTTATGAGCTTTCAGGGCAACAAAGATATTTTAAGATTATATACAGAATTGTTGTATGTATTTGTAAATGGTTAATTTTTTCAGTGGAGCGAGGAAGTCTATCATTTCATGGTATTATCAGAGTTGTATAAGCTCCAACAACATTGATTCTCACTGTCTAGAAATGAAATAACTGGTAATGACTTTCGGGATGTTCTTTTATAAAATTAATATCTAGCAGTATGGAAATGGTTAAATCACACTCCATGTGATGGAATGTTATGCAATAATAAGAATTTTGTTTATATTTAGTCATAAGAAAAAAGTATAATGTAATATTGAGAAGTATTGTTGTAAATAAGAATCATCAAGAAATTGTTACATATGAATCTTGTATACTACAATAAAGGTTTTTAAGTTATTTTGCAACAATGTAATATTTAAATATTAAATTGCTAGGTATTTAATGATTAGTTATTTATTGGAGCTGAGGAGGGGTAAATGCAAGTTATTAAGTAGCTGCTGTGAAATGAGCATTTGTTTTTGTCTGCAGTTCTTACTGGCTCTTAATCACTTTGGAAATGACATGAACCAGGATTGTAATCCTTCACAGAACTATTTCAGGGTCTTGATGAGATACAATACTCAGGAACTGGTAGAAATTATTTTTTCAGTCACACTGATTTCCCTGTTGTCACCATTTATGCAGGGCCTGTTTAATCACAATTTTCTTTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTTCGATTTTGTTGCCCGGGTTGGAGTGCAATGCCGAAATCTCAGTTCACTGCAACCGCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCGCCACCATGCCAGGCTAATTTTTTGTATTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTAACCTCAAGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGCCCACAATTTTCTTAATGACTGTAAGGTAGCCTATCTTCCCAGTCATTTAAAATTTTTTGGAATAGCTTTTTAAAATATTTCTGATGACAGAATTAATACAAGCTTGTGAAATATTAGTAACTACGGAACCTATAAAGAAAATTAAAATGATCAATGGTCCCAATGTCCAGAAATAATAATTATTAATGTTTTAGAGCATATTTTCCCAAAATATTTCTACAAGTCTGTGTGGTTTTGTGTGTGGTTTTATTTATTTATTTATTTTTTTGAGGTGGAGTTTCGCTCTTGTTTCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTTGGCCCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGTCTCCCAAGTAGCTGGGATTACGGGCACCTGCCATCACGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGGGACAGGGTTTCACTATGTTGACCAAGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGACAATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTACCCGGCTGGTGGTTTTCTCTCTGAAGAACAGGCTAATACTAATTGCAAATTTAAAAGAAACTAAGACCTCTAGTTCTTAGTTTAAAAGAGGAATTCAGTGCTCTTGTGGATTATATGACTCCATGGATGTATGGAGAAAAGTGACATCCCAGTGATCCACTTCTGGTTTGACAGACCTTCCAAATATTTACAGTTCTTCAAATTATGGAAATTTCAGTTAAGTTGAGATTTAAATCTGATTTTAAAATTAATTTTAAAATCTCAGAATTGAAATTTTAAGAGTTTTTTTCATCTGTTCAAGTCTGTTTCCCTTTAATGGTCTAAAAAATCTAATCATATATTGTTTTGTAAACTTTTTTTTTCTTTCAGTGTATCTTGAATATTTTCCTTTCCTTAACTGTTTTCTAAAATTTAGCATTTAGTGATTACCTTAGTATTCCATTTTATGGATGTTTTGTAAATTTTTTAAGAAATGACTTATTGGACAGGAATATTCCAAACTGCCCAAGCAATTCCTTCAGGAGGATTTCTGGCTCCTATGACTTGATCAACTTTTCACCTCAGAGTCATGTGAATTTCAGAGTTAGGCATATTTAGGAATTGACTTTTGCCAGGTGGGATACAGGTATTTGAAGTATTTGACTGTATTTCTGAAGGATTGATTTTTCATTCTTAGAATATAAAATAGACAGCTGTGCTATTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACCACAGGCACATGCCACCATGCTCAGGTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCGTTTTAGCCAGGATGGCCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTACCCGCCTTGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCGGCCAGCTGTGCTATTTTATACCAGGAGCTTCATCCTTCAATTACATGATTCGGGGAAATGAATTAATGATAATTTCTTAGAAAACTAAACTTACAAAAAACAAGATCATTTTAATCTCAGAAAAAAAAGTCATATGCAAAAAAGGCAAAATAACCTGAGTATACTGCATAGTTCAGTTGGTAACAATGTTTAGTCACAGTAATGTAAACTGAATTTAAAAACTGATTTACTCTGAAATAGAATAAAACCATATTGAGGCTGGGTGCAGTGGCTCACACCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCCGAGGCTGGTGGATCGATCACATGAGCCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGACAAAACCCCATCTCTACAAAAAACACAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGTGTGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGGGACAGGCAGAGAATCGGTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGTTGAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAGAAAATCATATTGAAAGGACAAAGGGACTGCAACTATGCATATGTGGGTGGGAGTTGAGTAGGTAAAAGACAGCTAAAACTATGCCTCTTATAGTAGTAAGTGAATATGTAATGATTACAACTGAAAATTCAGAAGTGGAAATATTAGCATGTTTTTTAAATACCAAAAGGAATGGCTAATAGAGGTAAAAATTACTGCCTCTAGATTTGGAAGATGGGGCAGAGTAGCAGGGATGGAACTGTTGGAGCTTTTTGTGATATTCCTTGCATAGCTGTTTTGAATTTTTGTTCAGGTATAAGTGATAAAAATTTTTAATTAAAAAATTCAGGCCAGGTGCAGTGGCTCAAGCCTGTAATCCCAGAACTTTGGGAGGTGGAGGCAGGTGGATCACTTGAGTCCAGGAGTTTGAGAGCAGGCTAGGCAACATAGACTGCATCGCGGTAAAAAATAGCCAGGGTGGTGTCATGTGCCTTTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGTAGGAGGGTCGCTTGAGCCCTGGAAGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCCGAGATTGCACTTTAGCCTGAGCGACAGAGCAAAAGCCTGCCTAAAAAAAAAAAAAATGTAAAGATTCCAGGGAAGAACAAATAAAGATCACCTAGGACTGGGATACCATCAAGTAAAGGTAACAATAAAATTTTATTCCAATTCACAGATCATTTTATACACATGCATATACATGTATGCATGTGTATGTAGTTTACCTGCCGAAATACAATTACATTACAATCATATTTTCTAACCTGTCTTCTTCCCCCAACAATATGTAGTGGCCATCTTCCCATGACATCAAATATGAATTTTATCTTCATTTTTAATGGGTGTTTATTTTTCTTTTTTTTTTCTTTTCTTTCTTTTTTTTTTAAGACGGGGTATCACTCTATTGCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGCATGAACGGGGCTCACTGCAGCCTTGACCTCCTGGGCTCAGGCGATCCTCCCACCTTGACCTCCCAGGGA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Seq C2 exon
CTCTGGTGTCTGTGGACCCTGCTTCTGAAGTACATGAACCTTGAGGAAAATTGACCAGTTCTAGCAGTTCTAAAATCATGGCTCGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000120784:ENST00000351218:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NA
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains