HsaINT0185521 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000120784 | ZFP30
Description
zinc finger protein 30 homolog (mouse) [Source:HGNC Symbol;Acc:29555]
Coordinates
chr19:38123389-38134264:-
Coord C1 exon
chr19:38134166-38134264
Coord A exon
chr19:38127207-38134165
Coord C2 exon
chr19:38123389-38127206
Length
6959 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGT
5' ss Score
9.66
3' ss Seq
TTGGTCTTGTTTTCTTTCAGATT
3' ss Score
11.59
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGGATGTTCTATTTCTAAGCCAGATGTGATCACCCTATTGGAACAAGGGAAAGAGCCCTGGATGGTTGTGAGGGATGAGAAAAGAAGATGGACTCTAG
Seq A exon
GTAAGTGCTGATCAGGCAGAGGTCAGCCATTATGGCATGGCCAGACCTGCTGGTTGAGGAGGAGACACACCCCTTAGATGTCAATTGTGAAGAAGAGACCTGAAACTTGGGAAGAAAATTTAGATCTTCTCAGCATGAGCCATCAAAGACATTTCATCCATACTTCCACTTATCACTCGTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCGCGATCTCTGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGACCACAGGCACCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTTGAATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTGGCCTCAGTCGTTTCTTTTCTATCTTGTTTCCCTCCCTTTTCTTTCCCCTATTTCAGTAGAGGAAAGCTTTCTGCCCTAGTGATTCCATTTTACCTGTATTTTGAATCTAATCCCTTTCTAGCTCATCTTTTATATTTTGACTTTTATGTATACATTTTTTCATTGCCCATGTTCATGGAGTTTAAATTGTAGTGGGGAGTCACACAGTAAACAAGTAAATAAAATCAGTAAATGGATTACTAAAATATCCTGAAGTAATTAGGTATTATGAAGAAAAGTGAGTAAGGTAAGGATATGGAGAATTATAATGAATGAATAGAGTAATTTTAGATGGGTTGGTCAGGCTCCAGTTGGCCAAAGATGGGACTATTTGAACGTCATTACATATAATGACTGCAGTGTATTGCAATGCATAAAATACACTTAATTTTATAAATTCTTGATACTAACAGCAAATTATTCATCATTGAAAGTTACTAGAAAACTAACATTTAAAAAGCATAAATTAAAAGGAAAAGAAGCATTTATCCTGCCTTTCTTATAAGAATTATATGAATAGGTAGTAGATGGAGGTATGTTTCTCTTAATAAAAGTGTTCAGTGAATAAATGAAGAAGAAATGATAGAATATTACCATTGTGGAACCCATAAGAACTATTGGATTTAGATATTGAATATCAGTGCTGATAGCATCAAAGAAATAGAGGCAATCGGGTGTTGTTTCTCCTAATGAAAGAGCACGATATCACCTATGAGGTAACTTTGCCAACAAAAGGTCCTAAGTCTTATCAAGCATCTAAAGCCAATTGCCAACTTACGGGAAGAAGACAGAGGACTATGTTCTACACCTTGGGAATGTAGTGAGCCAAATTCAGAATATGGGAAACTACAGGACCAAAAACAGGTTCTTCAACAAATAAATTACAAGGGAAATAAATAAATGATAGGAAAACCTATAGATTAAAAGAGATGTAAAAGACACGTCAACAGTTGTATTCTGTGAACTCTGTTTGGATGAGTTATTCTTTTTAGGTTGTTTAAAATTTTATCAGATGGAAGTGTGGACATTGACTTTTGATGATATTTAATAATTCATTTTTTGGGTTTGGATAATGGTATTGTGGTTATGTGTAAAAGTGCTTTTTGAGATGCAAACTTTGTACACATGAAACGATGTAATATCCAAGATTTGCTTCAAATAATACGAAGGAAGTAGATTGGGAGGTGCGTAGGCCAAGATTGGGCATGGGGTTAATGCTGGATACATGGAGATATTATTATGCCGTTCTGTCTACTTTTTGATATGTTAGAAATGCTCTGTTATAAAGGTTTTTCATTTGTTTGTTTTAGAGTTACTGAGAGATAAAAAGAAAATGGTGGTGAGGCAATGATGAAAATAAGGTTAAACTATTCTTTGGATGAATTTTGCCATAGAAGGGAAGCAGATACATAAGAGTACAAGGAATATATTTTACGATGTGAAATATTAGAACATGTTTATAGGCTACGAGAATGATTTCAAAGAGAGGAACATTGATGAAGTAGAGAGAGAGGGTAGTTTTGTAGGCAGCGACCTTCAGTAGATGGGAAGGAGTGGAACCAATTGATGAAGTAAAACCACATATATGGTAAGAATTCAGACATAGATTGATTGGAGAATGTGGTGAAGAGAATACATATTTTTCTTTCAGTTGTTTCTGGTTCCTTGGTGAAATGGCAGTAAGATTATCGTCTGAACCTGAGGATTATTCAGTATTTCATTGGAATTCAGTATGGATTATGCAGTATTAGATCAGTGTTAATTTTCAGAAGTACAATTTTGTGGTCATAGGGTTTTAACATTTTCAGATCTCTGATGTTAATATAATTAGAATTGTCTTGGTCATAAATATTCTGTATCCTGTATAATCTTGTATCAGCCAGAAAAAAAAGGGGTGGGGGAGACATTATACCTCAGGAAATAGCATACCTCCGGGGATGACAAGATAATTTGCTCCCTATTTTATTTTATTTTATTATTTTATTTTACTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTGAGACGAGGTTTCTCCATGTTGCCCAGACTGGTTTCAGACTCCTGGGTTCATGCAATCTGTCTGCCTCGGCCTGCCAGAGTGCTTGTATTACAGGTGTGAGCCACCACACCCTGCCCCTATTTTATTTTTAATTAAAGCTGATGCCCTGTAAATGGAAATAACACTTCTTTCATTTTGATCTAAGATGGACTAATATTTTGTTTTCACATTAGCAGTGCTTACTAGACTAAACTCTTTGATTCAGTAGAATCCAAACTAGTATTTGGCTTATTAATTTTATTAGTTAATATTAAATTATATAGTATTATATAATTAAATAATGTTAATATTAAAATTAAAATATATACATATTTTACATACATGTTTTTGGAGGTAGAACATTAAAATTGTCTATCATAGTCCAATCTTTTGATGTTTGGCCCAGCATTTTGTTTCAGTGTAGGTCTAGCCCATTCTGTCTTGATTAAAGTACTTATGAAACATAGGCTATTCTTTCCCATTTCAACTTCTTTGAAGTAGAACAGGAATGTAAAGATACTTGTGAAGCAATCTGAGGGCAGAATTCTTGAATTTTTATGTTTTCTGTCTTTTACTATTTTCTCACCCATGCCTACGTTGACAAAAATGAAATGTTTATGTATAGCCAATACTACGAAACATCCAACTTAGTTTTCATAGAAATAATTGTCTTTAAACATTAATAATTTTAGTTGCTTGCAGCAGTAAGAACTGTAATAGGCAAACTTGGGAACAAACATGGCTATTTGGTAGCGTACAGCTCAGCTGTGTATATTATAGAACAGCCTTCTAACTGAGAATGTTCAAAATACCAAGATCTTGATCTGGCTTGTCACTTAAGTAGGGAGCCATATATGACAATCTCAAGTTCACCTTATCAACACTGGCAATTTTTTTTTTTTTATGAAAACCTTCAAATTTTACAGGATAAATTTTACAACCTATTCTAATTTGATTATTAGTGAATACAGACATTTTGTCCTAATTTGTTTATGCTTATATTTACTTTTCCATTGTCTTCTCACTTCCTTTATTCCATTACCTTTTCCATTGTTTATTATTTCTTATGCCAATTTGTATGGGCTTAAATTTCTTTCTTTTAATTTTAGTTTTTCGAGATTGGGGTCTCATTACATTGGCCAGGCTGGTCTTGACTTCCTGGCCTCAAATAATCCTTCCACCCCAAGTGATCCTCCCACCACAGCCTCCCCAAGTAGTTGGGGATTACAGGTGCGAGCCATGGTGCCCAGTTTGTGTGGACTTTAATGCTATAAACAGTAACACGTTCTCACTTTCTTATGAATGTTTTAGCCTTTAATTCGATTTTTGACTGGCTTTCCTTTTAGATTACTGGTTTTATTTTTAATTTGCAGGTAAATCCTTTGAAATGAGCATCTTATTTCTTAACCTTTGTATTACCTTCATAACTACTTACTTATTTACTACCATTATTTAGCTAATTATGATGCTTTTATTAATATCACTTATATCTTATTTGTCTTATTGAGGCCATAAATGGACTTTATCCCCAAAATTCTAGACAACTGCCATATTTTGTATTGCTTTTTTTGGATGGGGAGACAGAGAAAGAGACAGAGAGAGAGAAACACGATTATATAGCAGTATTTTCTGTTCCATTCATTTACCTGTCCCTGGTCACATTTTATCCACAGCATTTAAATTATTGTTGTCTTTTACTATCTTTTTAGCGTATACTTTTTAAAAGTAAACTTATTGAAATATAAATATATACAAAAATATACAGATAATTAGTGAATTGTCACAGTGACCACACCCATCTAATTAGTACACAGATTCAGAAATAGAGCTTTACTAGGATACCAGAAGCCCCTCTTGACTTCTTTCGGTCATTCCTCCCCACCAAGACTAACCACTGTCCTGACACCACCATAGATTATTAATTATCATTTTTTAACTTTATAAAAATGGAATTGTACAGTATAGATTGTTGTATGTCTAGTTTTGTTTATTCACCATTATGTTTTTGAGATTAGCCCTTGCTGCATGTAGTTGTAGTTTGTTAATTCTTGTTGTTGTATAGTATTGCGATGTATTAATATGCCATCATTTATTAGCTGTTCTTCCATTGATGAACACTTGGACTCTTTCCAGTTTGGGTATATTACAAATAACGTTGCTTTAACCCTAACTCTAACCCTAACCCTAAAGCAACATTATTTAAAATACCTTTTCCTTTTTGAAGAGTATTGAATTCCTATTGCAAAGATTTTGAGAACAGGTGCATTTGCAAAAAACATCTCTTTGCTCAGAATTTTACTAGCCTTTTACCATAGTATAAACCTGTTGTTACACCTGGAAAATCACTGAAATATTCTCTAGGAAGTACACAAATGGCATTATGGGGACTTTCAGGAAGATACGGGGAACCTGTAACATAGATGTGCAAGTTACGTAA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Seq C2 exon
ATTTGGAATCCAGATATGACACTAAAAAGTTATTTCAAGGAAAGGATATTTATGAAATGAACTTATCTCAGTGGAAGGTAATGGAAAGAATTAAAAGCTGTGGACTTGAAGAACAAGAAAGTCCTCATGAGGTGTGTTTCAGGCAAGTGACAAAAACCACCTCTGAAAAAATGCCTACTTACAGAAAACTCACATCTCTTCCTCTGTATCAGAAAAGTCATAACAGAGAGAAACCCTACGAATGTGGGGAATGTGGGAAGGCTTTTAGAGTACGACAACAACTTACTTTCCATCAAAGAATTCATACTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAAGAATGTGGAAAAGCCTTTAGACAGTGTGCCCACCTCAGTCGACATCAGAGAATTCATACTTCTGACAAACTCTATGAATGTAAAAAATGTGGAAAGATCTTCACATGTGGCTCAGACCTTCGAGTACATCAGAGAATTCATATTGGTGAGAAGCCGTATGAATGTAAAGAATGTGGGAAAGCCTTTAGAGTTAGAGGACAACTTAATCTCCATCAAAGGATTCACACGGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAAGAATGTGGGAAGGCCTTTAGGCAGTATGCACACCTTACTCGACATCAGAGACTGAACATTGCTGAGAAGTGCTATGAGTGTAAGGAATGTGGTCAGGCCTTTCTGTGTAGTACAGGCCTTCGACTACATCACAAACTTCATACTGGAGAAAAACCCTATGAATGTAAGGAGTGTGGAAAGGCCTTTAGAGTGCGGCAGCAACTTACTCTCCATCAGAGAATTCACACTGGTGAGAAGCCTTATGATTGTAAGGAATGTGGGAAGACTTTCAGTCGTGGCTATCATCTAACTCTCCATCAGAGAATACATACTGGTGAAAAGCCCTATGAATGTAAGGAATGTCAGAAGTTCTTTCGTCGTTACTCAGAACTTATTTCACATCAGGGTATTCACATTGGAGAGAAACCTTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAGGCATTTAGGCTGTTCTCACAGCTTACTCAACATCAGAGTATTCATTTTGGTGAGAAACCCTTTAAGTGTAAGGAATGTGAGAAGACTTTTAGACTGCTTTCACAACTTACCCAACATCAAAGTATTCATACTGGTGAAAAGCCCTATGACTGTAAGGAATGTGGAAAGGCCTTTAGACTTCATTCATCACTGATTCAACATCAGAGAATTCATTCTGGTGAGAAACCATACAAATGTAAGGAATGTAAAAAGGCATTTAGACAACATTCACATCTTACTTACCATCAGCGAATTCATAATGTAACTTAATAATTATTAGAACTCTTCCTTTGCGAATTTTATGTTGAGCATAGGAAGTACATTCTAGAGGAAAGGTTTTTGAACGTGGGAATCCCTTTTGCTTCATGCTCACAACTAAGCATAGGAAGTTTTATTTAAAGGAAAGAATATGTTAATGAACATATAGAAGCCTTTCATCACCTTTGAAACCATGTTAAACTTTAGGAAATTCATCCTAGAAAAGAACTTTATTACAGGACTGAATGTGGAAAAGCTTTTGATCTTACCTATTATTATCTCCATATTCTTCCATCTGTGTATATACACACGAAGGTTGCTAGGGAACCACTTCATTCTGAAAATGTGTAAATGAAAGGAAAGTCATTTAGTCTGCATTTCCTGTAGGAACTGTATTTCAGGGCAACCAGAAGTTAAGGAGGTAAAGTTCTTCTTTATTAGAAAATTCCAGGCTAATGAATGCAGAAAGAATAATAGAAAATTATATTAGAAAAACTATTGTGTAACACATAATGAAATAATGGATCTAGGCATGATTCTCTGTACAGGTTGACACCATTCAGTGAAGGTTGTGAACTTTATAGTGAATAGATGAGACTGACAACGTCTGAACCCACTCATCATCTCAACTTCACAAAAAGCAAGAGAGTAAAAATTACGTGCCTCCTAATGTGCTACAGTAAGATATACACATCTTGCCAAAAATATTGAACCTGAATTTAAGCCTCAAGAGCCAACTCCCAGTTTAGAGAAAATTCAAGGAATGGAAGAGTAAATTACATGACACAAAAAGGAGCAATTAAATCTAAAATAAGGGTAATTCTACAAGAGGAATCACCTGGTTTCCCAACCAATAAAATGGCATTTTAAGAAATAAGGTGGAACTCCTAGGTATTGACAGACTTGAGACATCAGTCAAATGCAATGAAACAGTGGTTTTTACTTAGATCATGAGTTGAACAAACATGTAAAAGAAGAGATACTTAACAATAATTGGGAGAATGGAATATTGACAATATTAGATAATATTAAGAAACTTTGTTATGTGTGATAATAGCATTGTGGTTATGTAAAAGTGTATTTGTTAGAGATAATTTCTGAAGTCTATACACAGGAGATGATATATCTGGAATGTCCTTTTGTTCATACAAAAGAAAAATGAGGATGAATAACAAGTTTGGCAAAATGATGGTAACCTAAGTCTTGGATACATGGTTTTTATTTGTTTTGTTTTTGCTATTCTACTTTTGTGTATTTAAAATTTTCCATGATGTTCTTTTAAAGATCAAATTATCCATGAAATTATAGCCAGTTTAAAATGAATTATTTTAAAAAAAATTTCTGGCTGGGCCCGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGGTGGGCAGATCATGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCATCATGGTGAAACCTCATCTCCACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTCACATGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGCAGCTGAGACAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCAAAACTCTATCTCAAAGAAAAAAAGAAAATTTCTACATATTAAAACTTGTGGATGTTGCCAAAGCTCTACACATTGGGATTGGAATATTAATTACACTATAATGACGATAATGTATTCAGGAAGTTAAAATGTAGGTCCACATTTTATTTAGTTGACCTCTCTATCTCTATATTATAGTACCCATGGTATGCACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTTTCGCCCAGGCTGGCGTGCAGTGGCACAGTCTCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCCATTCTCCTCCCTCAGACTTCCGAGTGGCTGGGATTACAGGCGCCCGCCACCACACCAGGTTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAGCTGGTCTCAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAGGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCATGCCCGACTCTCACTTCATATGTTTAAAGAATGAGTAAAAGAAAGCAATTACTACTGCTAAATGTGGGAAATAATGGACTAGACCTGTACTAATATATGGTAGTCACTAGCAACCTGTTGAGCACTTGAAATTGAGTTATTGAGCACTGAAATGTGGCTAGTCCAAATTCAAATGGTGTTTTTTTGTAAAACACAAGATTCTGAAGACTTAGTTATTTTAAAAAAGTTAAGTATCTCAATTTTTCATATTGAGTACATATTGAAATAATATTTTAGATATATTGGTTCAAATAAAATACATTAAAATGAATAACACTTTTTTGTTTTTAAAATTGTTATAGGAAAATTTATATATGTAGCTCACGTATTTCTATTGTCAGCGCTGGCATAAACAATAAAAAGTAGACTTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000120784-ZFP30:NM_014898:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.003
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)