HsaINT0186148 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000256223 | ZNF10
Description
zinc finger protein 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12879]
Coordinates
chr12:133130592-133144525:+
Coord C1 exon
chr12:133130592-133130754
Coord A exon
chr12:133130755-133144433
Coord C2 exon
chr12:133144434-133144525
Length
13679 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATAT
5' ss Score
7.88
3' ss Seq
TGTTTCTTTCTTTTTCCCAGCTT
3' ss Score
8.55
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGGGGAGGTGGCGCCGCCGTGCCGAGCCGGCCTCAGACTCACCTCTGACGCCGCTCTTCGCGCTCCGCTGGTGAATGGAGTCGCGTTCTCTGTTTTGCTGTTGCTGCTGCCTTTGTGACGGGATCGCTTTCTCCCATCGAACCTTCTAGTTGCTTATTGCAG
Seq A exon
GTATATACGAAAGTGCTGAATTTTGTGTTTGCATCGTCATCAGGCGCGTGTTGAGCCCTTTAGTAATGTAGCAGTGTATTAGCTTCGTATTTCTAGGTAGACGGTAATTTCGTCAATGAAAAAATTTAACGGTGATCGTCACCCCTTGCCTCAGTCACTTTCTGTCCCTCGCGCGGCCCCGGCGTTCACGGCGGACGTTCTTGTTCTGTGGAGAATAACGGCTGCACCTGGAGATTGACGCAGAGTGGGCGGCGGTGGTGGTAAGTTTGAACCAGATATTTTCAGTAATACAAAATAAGGTTTCTTCTAGTCTAACTTCCATTTTTCCCCCCAGCTGGGATAGATGTTTAAAATTTTGCATATGGCCTTTCTAGTATTTGTTGAAATAGTGACGCCGATTCGTGTGTGGTCTTTTAAAAACAAATCCTGCATCTCTAGCTCTTAGCTTCCTCATCTTTGTTTTGTTTTTTAATCAGATAGATTAACTGAAGGCGTGTTTGTGTGGTTAATCTATTTTTTTTATTTTCAGAGACAGATCATAAGTTTAATTACTATATTTTTATTTTCCCTTGACACTAGATATATATACGCCATCTAACACATAATATGAGTGTCAAAGATAAGGTTAACATCAAGATTTCGTACGTAGATCCCACCCAAAGTGTATGCAGAAGGTGAACAATTTCAATTCCAGCTATACATTAATTGCAGAAAGATACTGTTAATTAAAAAAAAAAAAGTAAAAGGGAAGGCAGGATGTCACCCAGAATGCCAGCCAACAAGTGTTATTAGGTTAGAAATGACTGCAGTTAGGTCTCCGAGAACTGGATAGCACAAATCCTCCCTACCCTTTTGAAAATTACCTCCACACTAACTTTTCTCTTGTGACATAACTAATCTCTTCTGTTTTACTAAAATTGTCCCCCATCTTCCAAAGCCTCTTGGATGGTAAGTTGCACACGCTCCTGCCTCTTTTTGAAAGTTACATTTGTTTTTTGATTACTTCTCTCAGCATGCATTTCTTTAGCTCTTAGTATATGCTAGTCACAAGGGCAGAGATTTGAGATACACATCATAAATTAAATGAGAATTTCTGCTTATCAGTATTTTATATAAGCACTGTCTGGAAATTCTACTTAGGACAATATTTAAGTAGATATGAGGCTTACCTTCTGGAAAAGAGATTACAAAATTATCCTTGTTAATTAATTAACTAATTAAGTCCCCAAAATGAGAAGAGATTCAATTACTATCAATAATTTGTAGTAAAGTGACTGAAAAGGAAATATATAAGCTAATAGATTGATTGCCGTCCTCAACAAGTTAGCACATACTTTTATTTTTAAAAAGTCTTCACAATAGGAAGAAAATAATTTTAGCTAGAAATATATGTGAACTATATGAGAAAAACTTCAAAACCTTACTAGGCAATTCTTACTAGAAGAATAAAGGATGAGTAAGAATAAAAACAGTTCTGTTTATAGATTATATTCAATTGTCAAGAAAATCTGAGAATTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATAGAGTTTTGTTCTTGTTGCCCATGCTGGAGTGCAATGGCTCGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAACCTCCCTAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCAGCCACCATGCCCAGCTAATTAACATATGCCAGTCACAAGGGCAGAGATTTGAGATACACATCTTAAATTAACAAGAGCAACAAGAGCGAAACTCCGTCTCAAAAAAAAAGTATTTTAAGGAAAAAGAAATTTCTTATTGTTAATATCTCTGTTGTGCCTACAAGAGACTCTTTTACTTTCATCAGCAGTACTCTTTCTAGCATGTCTCATGTCAGCCAGGGCTTTTAATTCTTCTGGCTATGAAGCAAGGTTGGGACAAGATATGATATAGGCCACCTTTGTCTGTGTATGTGCCTCTTTGACTCGTAATGAACATCCAAGAGCATTATTTTTTCCTCTTTCCACACAATATCTCCTTGCTGACTGATCCTAACATTTCCTGTTCAAAATTTTATTATGAAGAATTTTGAGCATACAGCTAAATTAAAAGAAGTTTACAGTGAATACTTATAAACCTTCCCATCTAGACTCTACCATTAATATTTTACTGTACCTAATTTTAACACATACCCATCTGTCCCTCTTTTTATCCATCAGTTCATTGTATTTTTAAATTTTTTTCAAAGTAAATTGACATGGGTACGTATTCCTTAAAAATTTCAGAATACGTATGTATTATTAATTAGAATTCTATATTTGTTTAGATTTTTCTTTAGATGTAAAATTTACATAACATGAAAAGCGCAAATCTTAAGTGTACATTTGCTGAGTTTTGACAGATGCAGGATCTTTGCCTTTTGTATCTTTAAGTATATCTTTGCCATGTCTATTGGTTACCGAGTTTTAACTTTGTGGCTGCTGGGTCCTTTTTGCTGATCATACCTTGCCCTTTGCTGAAGCAAATACTGGTAAACCTATTCAGAACTTGAAGAGACCCTGTTCTCTTTATTAATGAACATGTACTCCATGTCCCCAAGTGAAATGCGGTTCCTGACGAGGTTGTACCTGTCAATGTGAGTGCTGGTTAAGTATAGTCACATGTCAGAGTGAATGAATATGAAGTGCTAAGCACTTTGCTAGCCTCTTCCCAGGATTTAGAATGAGATTGTCCTAATTCTTAAGTGGTTCACTATCTCATAAGGGAGACAGACAAATCTTGGTACCGTAAGGCAGCGTTGAAGTGCTGGAATAGGGCATGGGCAGAGTCCTTCATGTTTACGGATGATAGAACCACTGATCCTCTCTGAGATAGTGGGAAGGCGTCACAGCATAGATGGCATTAAAGTGATCCTTAGAGAATATGGGGCAAGTGTAGTGGGAGTTAAGTTGAAAAGGGTCCAGAACGTTGTTGTGAAACTTGTACGCTAAGTGTTTGATTGGAGCTGTGCTTTGGAACTGCGTGTGCCTCAAATAGTAACTTTCATAGCCTTCTTGCCGATACTTGGAGCTTCTTTTCAGCCCATCTCTGCCCTTGTGGCAGCCAAAATAATGGCTCCCCAGAGATATCCCCAGCACCTGGGAATATTTTACCTTATACTGCAAAATAAAATTTGCAGTTGTGATTCAATGAAGGATCTCAAGATGGGGAGAGATTATCCTGGATTATTTCAGTGGGCTTAGTGTAATAACAGGGGTCCTTAAAAGTAAAAGAGCTGGGTGGCCGGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGGAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACTTGGTGAAACCCTGTCGCTACTAAAAATACAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAGCTGAGTGTGGTGGTGGGCGCCTGTAATCCCAGCTATATGGGAGGCTGTGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAAGAGGCGGCGGTTGCAATGAGCCGAGATTGCTTCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCCCTCTCAAAAAAAAAAAGTAAAAGGGGGATAAGAAGGTTAGCAATCAGGGAAATATAACCATGAAAGAAAGGCACAGAGAAATGTATCATTGCTGGCCTTGCAGGTGGAGGAAGGGTCAGGAGCCAAGGAGTGTAGATGGTCCTAGACACTGGACGGGGGCAAGGAAATAGATTCTTCTCTAGAGCCTCCAGAAGGAACACAGCTCTGCCAACACCTTAATTTTAGCCCTCCGAAACCTGTATCAGACTTCTGACCTCCAGAATTGTTATGTAACAAATGTGTGTTGTTGAAAACCACAAAGTTTTGATAATTGGCAGCAATGGAAAACTAATATAGCCCTCTGTCCTTAAGAGTTTACCAAAATAAAAATAGTCTCCCTTTCTCTGGCACTATGTTTTGACTTTGCCTCAGAAGAAAAATGGAGTGATTATAAATATTTTTTGTGACCACTCTGGTAGAAAATATAGACTTTATTGTAACATTTATGTTCACAAATAGAATTATATAGTCTTCTAGGAGATTTTACCATTTGGAGGTGGGAAGAAAAATCTCTTTGCAAATGTAAAGCTCACATTGTGGAATGGCTGTTGCTGTGCTTTCTAACTCCTAACATTGGACCTTTTCTCATCGTTGTTCCAGTTTTTCCTTCCCCAGGAAGTTTTGCAGATTTCCCCAGCCACATTTCCTTTCTCCATTCTCTTCATGTCTGTGGTACTAGACTTTTAACATCCTTCCATGGTTACAATCTGCTTGAGGGAGGGAAATTATTCTCATAGTTGTGTTCCTAACATCTTAAAAAGAGCTTCTCAGGTAGGGGACGCTCAGTCACTCTTGATAGCTACCTGAAATGCCTTTTGATCTTAGTGTGCGCATATAGAATTGTCTTTTGCCTTTCATGGGTCTGCCTTGTCTTACTGGGAAGATTATTGGATCTCAGAGCATCCAGACTACCTCTCATCTTTTGTTCTTACACAGCAGTGACCAAATAGTAAGTTGGGCTCCAAACTCTGCACTGTGAGCTGGGGAAAGGGCACTCAATGCTCCCTGAATACCAAGATCCATTATGCTGCTGCAGCCAAAACAGGAAATAAATAATGCTGGACATCATCAGGCAGAGGATTTGAAACAGCTTTCCTCTGTGGCATCGCAGTGTTCCAGGACTTCGTTATATGAGCTGAGCCTACCTTGCCTTCTCATCTCTGGAGGCTCTTCACTTCACTCTGCTCATGTCATCACTCCTGTGTGTCTCAGACTTCCACTCATGACCCAAACAGCACAGCCTCTGCAAACTTCGGTATCCCTCTTTCTGACTCTTACCCCTTGTTCTCCTGGCTCTTTTTATGTCCTTATTCTCACGACTCTTCTTGGAGGTTCTCCTCAAATCTGTCAGCTCCTTCCTTGACTCATGTCTATACCAAAACTAGATCCTGTTGTTGATTGCACACAT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Seq C2 exon
CTTTGTCTCCTCAGCACTCTGCTGTCACTCAAGGAAGTATCATCAAGAACAAGGAGGGCATGGATGCTAAGTCACTAACTGCCTGGTCCCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000256223:ENST00000248211:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains