HsaINT0186227 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000131127 | ZNF141
Description
zinc finger protein 141 [Source:HGNC Symbol;Acc:12926]
Coordinates
chr4:338124-367691:+
Coord C1 exon
chr4:338124-338219
Coord A exon
chr4:338220-366452
Coord C2 exon
chr4:366453-367691
Length
28233 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGT
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
GTAATTTTTATTTCTTTCAGCTA
3' ss Score
8.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTGCTATCTCTAACCCAGACCTGGTCACCTGTCTGGAGCAAAGAAAAGAGCCCTACAATGTGAAGATACATAAGATCGTAGCCAGACCCCCAG
Seq A exon
GTAGGTGAGAGTGAATGGAGGAGAGGGCACAGGCAAGGGGACCAAAGGTCAAGAAGGAAGCCAGGCCTTAAAATGTGGTTTGGGGCCGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCAAGGACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCGGATCACGAGGTCAAGAGATCGAGATCATCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGCGCACCTGGAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAAGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGTGACAGAGTTAGACTCCGTCTCAAAAAATAAAATAAAATAAAAAATAAACCAGGTAGTTTGGGAAGCTCTGCTCCAGTGAAAATAATTTCTGAAAAAGCTGCATTTTTTCTCATGTTCACAAATAGGGGCATCTTCTGTTCCATGCTGTTAAATCCAAGAATTCTCTTTTTTCTTTAGTGATCTCCCTTTAAGTTTACAGGGAGAGCTAATGTCCACTTTATCGCTTATAAGGGGCTGCATGATGTGACTGCTGTTCCATTGCTTTTGGAGACACTGGAATATTTGTGTTACTGAGGAGCTGTATGTCAAAGTATTTTTTTCAAGTATTCTTTTCGTATTATGTCTAAAATGTGTAACGTGAGTAGTGGACATAGTGGGATTTGGTTCAGAAATCCCAGGAACACCAAGGACAGATGTTGCCTCTTTTCTACTTAGTGTTTTTTAATCCTATGGAGGCTGCAAATGTAATTCTACAAAAATTCTTACTTAGCAATTTTATCAGAACAATAAGCATTTCCTAAATATGAAAAAAAGTAATGTTATTTTACTTCAAAATTACTGTTTTAGTATAAACTCGTTTGTAATGTAAACTCTATATGTGCAAATTTTGAAATTATAATATAGTTTAAAGCATGGATTTCCAACATTTTGGCTTCCCTGGGCCACATTGGAAGAAGAATTGTCTTGGGCCACACATAAAATACACTAACACTAATGATAGCTGATGAGCTCGGATCATCTGAGATCGGGAGTACAAGACTAGCCTGACTAACATGGAGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGTGCATTCCTGTAATCCCATCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGACGGAGGTTGCGGTTTGCCGAGATTTTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCTGTCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTTTTGAAAAATTTTTGTGATATCCTCCACCACAGAAGATAAGCAAAAAAAGTCCTTGCATTCAAAGGGTTGGAAACCACTGGATTAAAGTATCTACTCACCTTCTATATTTCTTAAATGCACTGTATCATTAACAAGCATAAATGTGCTATGTCATTAACCAGCATAGAACATTACTAAGTGTATATTAAGCTCTCAATTGTTCTCTTATTTGTTAATAGCTATTATAATTTTGTCTTAGTAGGAAGTCTGTTGAGATTCTGTCATTGAGATGTATCTCTCTGTAGCTATATAAAAATGTGTGTCTCACACACACACCTATATAACTTATTTAAGTGTGTAGTAAATTCTCACTTAACATTGTTGATAGGTTCTTGGAAACTGAGGGAAGCAACATATTAAGAAAACTAATTTTACCAGAGTTTAATTGATAACCAGAGTTTAAAAGATAACGAGTTATGTTTGAATGGCATATAGCAACATTATTTCATTTAACAATGCAGTTTTTAAGAACCTAATTTGAACATTAAGTGAGGACTTACTGTACATCTGTGTTTGTGTGACATGGATTTTTCTGATAAATAAAAATTATGTAACTTTATATTTAATGTGTACAATGTAATGATTTGATATGCATCTACATTGTGAAACAATATAGTCAAGTTCATGAAGAAATCTATTACTTCACCTAGATAACCATTTTGTTTGGTAGTAAGAACACTTAAGGCCTACTGTTGTAGCAAATTTAAAGCATACATTATAGTATTAACTATGAATACAATGCTATTTTGGTAATCTAATGCTAATATACATTAGGTTTCTCAGATTTACTCAACTTATAACTAAAAATTTGTGCTCTTGAACAACATCTCATATTCCCACCCTAGGCACTAACAACTACCATTCTGCTCTCTGCTTCTATGAGTTTACGCTTTTAGATTTCCTATCTAACTGAGAAAATTTAGTTTCTTTGTCTTTCCGTGTTTGGCTTATTTCATTTAGCATAATGCCCTCCAGGTCTATCCATGTTGTAAATGGCTAGATTTCCTTCTCTTTTATGGTTGAATAGTGTCCTGTGTATGTGTGTGTATATATATATGTATATACATGTATGTATATATATGTATACACACACACACACACCGCCCCCCCCATATATTGGCTACTGTAAACGGTACTACAATAAACATGGAGGGGAAGATAGTTCTTTGAGGTACTAATTTTATTTCCTTTGGTAGTATGCCCAGAAGTGGTATTGCTGGATTATATGATACTTCTAGTTTTATTCTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGCTGTTGGCTCACCACAGCCTCTGGGTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGAAGTAGCTGGAATTACAGGCATGTACCACCATGCCTGGCTAATTTTGTATTTTTAATAGAGACGGAGTTTCTCCACGTTGGTCAGGCTAGTCTCGAACTCCCGACCTCAGGTGATCCACCCGTCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGAGTGAGACACCACGCCCGGCCAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACTGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGCAGGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCTTCCACCACACCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCGCTGTGTTAGCCAGGATGGTCTTGGTCTCCTGATCTCATGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCAAGGAGCCCGGCCGCGCCCAGCCTAGTTTTATTCTTTACTGTATTTTTGTAAGTTTATCAATTTGCATCTCACCACCAGCATACAAGATTTCCCTTGTATGTATTTCTTCTTTGGGAAAAAAAAAAAATCTAACCTTTTGCCTATTTTCGAATGGGTTATTCATTATTATTGTTTTGCTTTTTTGCTTTGAATTGCAGAAGTTTGTTACACATTTTGGATATTAACTTTTTTTTTTTTTTGGAGACAGAATTTCTGTCGCCCGAGCTGAAGTGCAGTGGCACGATCTTTGCTCACTGCAACCTCTGTCTCTCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACGTGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGAGGTTTCACTGTGTTAGCCAAGATGGTCTCGATCTCCTGATCTCATGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCCTGAGCCACCACACCCAGCTGGATATTAACTTATCAGATATGGCTTGCAAATGCTTTTCTATTTTGTAGGGTTTTTAAAAATTTTGTTTTTATTTTTTCCTTTGATGTGCAGAGGCTGTTTACTTTGATGCAGTCTCACTTGTTTATATTTTATTTTGTTGCTGTGCTGTTGATGTCATTTCAAAAAAAGTTATTGCCGAGACCAATATCAACAAGGTTTTTCCATATGTTTTCTTCATGAGTTTTAAGATTTCATGTCTTAATTTCAGTCTTTGTTTTGAAGTCTGAAATTAGAAAGCATGATGCCTGCCAGACAAGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACCTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACTTGAGATCAGGAGTTCAAGACTAGCCTGGCCAATATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATATACAAAAACTAGCTAGGGGTGGTAGTGGGCGCTTGTAATCCCAGCTACTCGGGAAGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAAGAGGCAGAGGTTTCAGTGAGCCTAGATCACTGAACCTAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCTGGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAACAAGTATGATGCCCCCAGCTTTGTTCTTTCTCAAGATTGATTGCTCAGGTTATTAAAAGTCGTTTAAGGTTACACCTAAATTTTACAATTGTGTTTTCTATTAGTGTGAAAAATGCCAATAAAATTTTGATAGGGATCACATTGAATCTATAGATCACTTTGGATAATATTCTTTGACAATATTAGTTATCCTAATGGAATATGTTTCCATTTATTTGTTTCTACTTCACTTTCTGTCATTGATATCTTATTGTATTTAGTGTATAATACTATATGTTTTTTATGTCATTTGGTTAAATTTATTTTGATTAACTTTCTTATTTTTATACTATTGCAAATGGAAATGGTTTCTATTTTTGGAAAGTTTGTTTTTACTCTATGGAAATGCAAGAAATATTTGTATGTGGTGCCAGGTGCAGTGGCTCATTTCTGTGATCCCAGCACTTTCAGAGCCCAAGGCAGTTGTATCATGTGAGTACAGGAGTTTGAGATAAGCCTGGGCAATAGAGTGAGGCCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAATCCCAACAAGCATCTATATGTTGATTATGTATCCTGATACTTTAATGAATGCATTTATTAGTTCAATCAATTTTTCTTATTTTACTCTAGGGTTTTATGTATATGCATGATGATATTATCCACAAACAGTAACTTTTTTATTTCTTTTCC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Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.076
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF0013017=C1_1=WD(100=12.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)