HsaINT0186227 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000131127 | ZNF141
Description
zinc finger protein 141 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12926]
Coordinates
chr4:344335-375258:+
Coord C1 exon
chr4:344335-344430
Coord A exon
chr4:344431-372663
Coord C2 exon
chr4:372664-375258
Length
28233 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGT
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
GTAATTTTTATTTCTTTCAGCTA
3' ss Score
8.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTGCTATCTCTAACCCAGACCTGGTCACCTGTCTGGAGCAAAGAAAAGAGCCCTACAATGTGAAGATACATAAGATCGTAGCCAGACCCCCAG
Seq A exon
GTAGGTGAGAGTGAATGGAGGAGAGGGCACAGGCAAGGGGACCAAAGGTCAAGAAGGAAGCCAGGCCTTAAAATGTGGTTTGGGGCCGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCAAGGACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCGGATCACGAGGTCAAGAGATCGAGATCATCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGCGCACCTGGAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAAGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGTGACAGAGTTAGACTCCGTCTCAAAAAATAAAATAAAATAAAAAATAAACCAGGTAGTTTGGGAAGCTCTGCTCCAGTGAAAATAATTTCTGAAAAAGCTGCATTTTTTCTCATGTTCACAAATAGGGGCATCTTCTGTTCCATGCTGTTAAATCCAAGAATTCTCTTTTTTCTTTAGTGATCTCCCTTTAAGTTTACAGGGAGAGCTAATGTCCACTTTATCGCTTATAAGGGGCTGCATGATGTGACTGCTGTTCCATTGCTTTTGGAGACACTGGAATATTTGTGTTACTGAGGAGCTGTATGTCAAAGTATTTTTTTCAAGTATTCTTTTCGTATTATGTCTAAAATGTGTAACGTGAGTAGTGGACATAGTGGGATTTGGTTCAGAAATCCCAGGAACACCAAGGACAGATGTTGCCTCTTTTCTACTTAGTGTTTTTTAATCCTATGGAGGCTGCAAATGTAATTCTACAAAAATTCTTACTTAGCAATTTTATCAGAACAATAAGCATTTCCTAAATATGAAAAAAAGTAATGTTATTTTACTTCAAAATTACTGTTTTAGTATAAACTCGTTTGTAATGTAAACTCTATATGTGCAAATTTTGAAATTATAATATAGTTTAAAGCATGGATTTCCAACATTTTGGCTTCCCTGGGCCACATTGGAAGAAGAATTGTCTTGGGCCACACATAAAATACACTAACACTAATGATAGCTGATGAGCTCGGATCATCTGAGATCGGGAGTACAAGACTAGCCTGACTAACATGGAGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGTGCATTCCTGTAATCCCATCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGACGGAGGTTGCGGTTTGCCGAGATTTTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCTGTCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTTTTGAAAAATTTTTGTGATATCCTCCACCACAGAAGATAAGCAAAAAAAGTCCTTGCATTCAAAGGGTTGGAAACCACTGGATTAAAGTATCTACTCACCTTCTATATTTCTTAAATGCACTGTATCATTAACAAGCATAAATGTGCTATGTCATTAACCAGCATAGAACATTACTAAGTGTATATTAAGCTCTCAATTGTTCTCTTATTTGTTAATAGCTATTATAATTTTGTCTTAGTAGGAAGTCTGTTGAGATTCTGTCATTGAGATGTATCTCTCTGTAGCTATATAAAAATGTGTGTCTCACACACACACCTATATAACTTATTTAAGTGTGTAGTAAATTCTCACTTAACATTGTTGATAGGTTCTTGGAAACTGAGGGAAGCAACATATTAAGAAAACTAATTTTACCAGAGTTTAATTGATAACCAGAGTTTAAAAGATAACGAGTTATGTTTGAATGGCATATAGCAACATTATTTCATTTAACAATGCAGTTTTTAAGAACCTAATTTGAACATTAAGTGAGGACTTACTGTACATCTGTGTTTGTGTGACATGGATTTTTCTGATAAATAAAAATTATGTAACTTTATATTTAATGTGTACAATGTAATGATTTGATATGCATCTACATTGTGAAACAATATAGTCAAGTTCATGAAGAAATCTATTACTTCACCTAGATAACCATTTTGTTTGGTAGTAAGAACACTTAAGGCCTACTGTTGTAGCAAATTTAAAGCATACATTATAGTATTAACTATGAATACAATGCTATTTTGGTAATCTAATGCTAATATACATTAGGTTTCTCAGATTTACTCAACTTATAACTAAAAATTTGTGCTCTTGAACAACATCTCATATTCCCACCCTAGGCACTAACAACTACCATTCTGCTCTCTGCTTCTATGAGTTTACGCTTTTAGATTTCCTATCTAACTGAGAAAATTTAGTTTCTTTGTCTTTCCGTGTTTGGCTTATTTCATTTAGCATAATGCCCTCCAGGTCTATCCATGTTGTAAATGGCTAGATTTCCTTCTCTTTTATGGTTGAATAGTGTCCTGTGTATGTGTGTGTATATATATATGTATATACATGTATGTATATATATGTATACACACACACACACACCGCCCCCCCCATATATTGGCTACTGTAAACGGTACTACAATAAACATGGAGGGGAAGATAGTTCTTTGAGGTACTAATTTTATTTCCTTTGGTAGTATGCCCAGAAGTGGTATTGCTGGATTATATGATACTTCTAGTTTTATTCTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGCTGTTGGCTCACCACAGCCTCTGGGTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGAAGTAGCTGGAATTACAGGCATGTACCACCATGCCTGGCTAATTTTGTATTTTTAATAGAGACGGAGTTTCTCCACGTTGGTCAGGCTAGTCTCGAACTCCCGACCTCAGGTGATCCACCCGTCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGAGTGAGACACCACGCCCGGCCAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACTGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGCAGGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCTTCCACCACACCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCGCTGTGTTAGCCAGGATGGTCTTGGTCTCCTGATCTCATGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCAAGGAGCCCGGCCGCGCCCAGCCTAGTTTTATTCTTTACTGTATTTTTGTAAGTTTATCAATTTGCATCTCACCACCAGCATACAAGATTTCCCTTGTATGTATTTCTTCTTTGGGAAAAAAAAAAAATCTAACCTTTTGCCTATTTTCGAATGGGTTATTCATTATTATTGTTTTGCTTTTTTGCTTTGAATTGCAGAAGTTTGTTACACATTTTGGATATTAACTTTTTTTTTTTTTTGGAGACAGAATTTCTGTCGCCCGAGCTGAAGTGCAGTGGCACGATCTTTGCTCACTGCAACCTCTGTCTCTCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACGTGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGAGGTTTCACTGTGTTAGCCAAGATGGTCTCGATCTCCTGATCTCATGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCCTGAGCCACCACACCCAGCTGGATATTAACTTATCAGATATGGCTTGCAAATGCTTTTCTATTTTGTAGGGTTTTTAAAAATTTTGTTTTTATTTTTTCCTTTGATGTGCAGAGGCTGTTTACTTTGATGCAGTCTCACTTGTTTATATTTTATTTTGTTGCTGTGCTGTTGATGTCATTTCAAAAAAAGTTATTGCCGAGACCAATATCAACAAGGTTTTTCCATATGTTTTCTTCATGAGTTTTAAGATTTCATGTCTTAATTTCAGTCTTTGTTTTGAAGTCTGAAATTAGAAAGCATGATGCCTGCCAGACAAGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACCTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACTTGAGATCAGGAGTTCAAGACTAGCCTGGCCAATATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATATACAAAAACTAGCTAGGGGTGGTAGTGGGCGCTTGTAATCCCAGCTACTCGGGAAGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAAGAGGCAGAGGTTTCAGTGAGCCTAGATCACTGAACCTAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCTGGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAACAAGTATGATGCCCCCAGCTTTGTTCTTTCTCAAGATTGATTGCTCAGGTTATTAAAAGTCGTTTAAGGTTACACCTAAATTTTACAATTGTGTTTTCTATTAGTGTGAAAAATGCCAATAAAATTTTGATAGGGATCACATTGAATCTATAGATCACTTTGGATAATATTCTTTGACAATATTAGTTATCCTAATGGAATATGTTTCCATTTATTTGTTTCTACTTCACTTTCTGTCATTGATATCTTATTGTATTTAGTGTATAATACTATATGTTTTTTATGTCATTTGGTTAAATTTATTTTGATTAACTTTCTTATTTTTATACTATTGCAAATGGAAATGGTTTCTATTTTTGGAAAGTTTGTTTTTACTCTATGGAAATGCAAGAAATATTTGTATGTGGTGCCAGGTGCAGTGGCTCATTTCTGTGATCCCAGCACTTTCAGAGCCCAAGGCAGTTGTATCATGTGAGTACAGGAGTTTGAGATAAGCCTGGGCAATAGAGTGAGGCCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAATCCCAACAAGCATCTATATGTTGATTATGTATCCTGATACTTTAATGAATGCATTTATTAGTTCAATCAATTTTTCTTATTTTACTCTAGGGTTTTATGTATATGCATGATGATATTATCCACAAACAGTAACTTTTTTATTTCTTTTCC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Seq C2 exon
CTATGTGTTCTCATTTCACCCAAGACCATTGGCCAGTGCAGGGCATAGAAGATTCATTCCACAAACTTATACTGAGAAGATATGAGAAATGTGGACATGATAATTTACAATTAAGAAAAGGCTGTAAAAGTTTGAATGAGTGTAAGTTGCAGAAAGGAGGTTATAATGAATTTAATGAATGCTTGTCAACTACCCAGAGCAAAATACTTCAGTGTAAAGCAAGTGTCAAAGTTGTTAGTAAATTTTCAAATTCAAACAAACGTAAGACAAGACATACTGGAGAGAAACACTTTAAAGAATGTGGCAAATCATTTCAGAAGTTTTCACACCTAACTCAACATAAGGTAATTCATGCTGGAGAGAAACCCTACACTTGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAAATGGTCTTTAATATTTAATGAACATAAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTTTACTTGTGAAGAATGTGGCAGCATCTTTACCACATCCTCACACTTTGCTAAGCATAAAATAATTCATACTGGAGAAAAACCCTATAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAATAGGTTCACAACCCTTACTAAACATAAGAGAATTCATGCTGGAGAGAAACCCATCACATGTGAAGAATGTAGGAAAATCTTTACCTCATCCTCAAACTTTGCCAAACATAAGCGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAATAGGTCCACAACCCTTACTAAACATAAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACACATGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAGACAGTCCTCAAAACTGAATGAACATAAGAAAGTTCATACTGGAGAGCGGCCCTACAAATGTGATGAATGTGGCAAAGCCTTTGGACGGTCCAGGGTCCTGAATGAACATAAAAAAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAGACGGTCCACAGATCGGAGTCAACATAAGAAAATTCATAGTGCAGATAAACCCTACAAATGTAAAGAATGTGACAAAGCCTTTAAACAATTTTCGCTCCTGAGTCAACATAAGAAAATTCATACTGTAGATAAACCCTACAAATGTAAAGATTGTGACAAAGCCTTTAAACGGTTCTCACACCTGAATAAACATAAGAAAATTCATACTTGAGAGAAATCCTACAAATGTAAAGAATGTGGCAAACCTTTGGATGATCCACAAACCTTAATGAACATGAGAAAATTTATACTGTAGAGAAACCCTGGAAATGTGAAGAACGTGGCAAAGTTCTTTACCTCATTCTCAAACCTTGATAAACATAAGAGAATTCATACCGGAGAGAAACTGTACAAATGTGAAGAATATGGCAAAGCCTGTGAATGGTCCACAAACCTGAATGAGCAGAAGAAAATTATTACTGGAGATAAACCCTGCAAATGTAAAGAGTGTAACAAAACCTTTAAACAGCCCTCACCGGTGAATAAACATAAGAAAAATCATGCTGGAGGGAAGCCCTACACATGTGGCAGAATGTGGCAAAGCATTTAATTGGTCCTCAATGCTTAATAAATATAATTCATGCTGGAGAGAAACTTCACATGTGAACCGTGTGGCAAAGCCTTTAAATGGTCCTCAACCCTTAATGAACGTAAGTGAATTCATGCTGGAGCAAAATGCTTCACATGCGAAGAATGTGGCACAGTCTTTACCACATCCTCAAACTTTGTTAAACATAAGAGAATTTATACCAGAGAGAAACCCTACACATGTAAAGAATGTGGCAAAGCCTTCAATAGGTTCTCAACCCTTACTGTGCACAAGATAATTCATTCTGGGGAAAAAAATGCTACAAATGTGAAAAACGTGGCAGAGCCTTCAGACCATCCACAAACCTTTATGAAAATTCATATTTGAGAGTAGAAGATTCATTCCACAAACTTACATTGAGAAGATATGAAAGATGAATATAAGAATTCATCCTAGATATAAAACCATAGAAATGTAAAAGATGTGACAAAACCTTTAAGCCATACTCCAGGCTTCTTAAACATAATGAGAACTCATACTGGAGGAAAGTCTTACAAATGTGAAGAATGTGGCAGTCTTTAAATCTTCCTCAGTCTTTTCTAATCATAAGATAATTCACACTGAAGAGAAACTGCAAACGTGGAAAGTGTGACAAAGCTTGCAACCACACTCAATCTATTCTAAATATAAGAGAAATGATATTGGTGAGAAGCCACAAAAATATGAAAAATGTGGCAAAGCCTTCAAATGCTTGTCACATCTTACTGTATATATATAATTCCTACTGAAGAAATCCCCTGGAAATGCAAAAAATGTGGCAGGATTTTTACCAATGCTCATCTTTTTGCACATGATATCCTTTATATTCGAGAAAAGTTATAGAAATATAAAAAATATAGAAAAGTCATATCTCCTCACATTTTACTAACTAGCAATGTTCATACTTAATAAAAACATTATAAATGTAATTTCTGTTGAAAGACTTCAGAAAATATAGGCCTTTAAAGTGAAGAAGAGTATTCTTAAGACAAACAATACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000131127:ENST00000240499:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.073
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains