HsaINT0186293 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000175787 | ZNF169
Description
zinc finger protein 169 [Source:HGNC Symbol;Acc:12957]
Coordinates
chr9:97021578-97041127:+
Coord C1 exon
chr9:97021578-97021627
Coord A exon
chr9:97021628-97041039
Coord C2 exon
chr9:97041040-97041127
Length
19412 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGT
5' ss Score
8.95
3' ss Seq
CTTCTCATCTCTTTCCCCAGATT
3' ss Score
10.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGTCCGGCTCGCGTACTTCCGCGTTCCGGCATCGTCGCCTGGTGCGTG
Seq A exon
GTGAGTGTCCTTTCACAGTTCTGGTGAGCTAGCCCGGAGGTGGTCCCCGCTTTCGCGGGCCTTCCACTGGAAGGAAGGTCGGGAAAGCTGGCATGGGCAGTCCATGTCGTGGCCACATGTTCCTTGGTGTTTTGAGTTTCGGCTGTGGGGTCTGGGCGTGCGTGGTCCACCCCGGAGAGAGGTCTTGGCGGAGGTCCTCTGGTGGGGAGGGGGCGTTGGCGTTGTCGCGTGCTTCTGGCGGGACTTTGGGCCCAGTATGTTGACCTGGAGGGGCCAGTGCAGGCCTGGGACCGACTTCCCGAGCTACTTCGCAGGTGCGTCCCCGGTACTTCGGGGGCCGCTGAGTGGGCTCTGCCTGGGGTACCCAGACAGCATCCTGCCACTAGTATCCCGCCATCCCCTCCCCACCATCGCGCCTCGGAGGTCTCTGGGCCAGCAAATGTGCCTTTGGAGGACATGATATCCTCGGTTGGAGCAAACTTCCCCATTAGTGGGAGGCACGCGGCTTGGGCATCAGTCGGGTTGTTTATTTGTTTATTTATTAAATTTTATTTATTTATTTATTTATTTTTGAAACAGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCGGTTCACTGCAATCTCCGCGCCCCACCCCAGCCGCCGGGTTCAAGCCATGCTCCCGCGTCAGCCTCCCGAGCAGCTGGGATTACAGGCACCCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGAGACAGAGTTTCGCTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATTCCCCTGCCTCAGGCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCACGCCACCACGCCCGGCTAATATTTTGTGTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCAAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGTAATCCCCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCAACCTCAGTCCAGTTATTAGGGCTCTTGTGGATGGCTGGTGCACTGTGGTGGTGATGGTGCAGCTTGGCCACTAGGACCCGGGTTTGTGGGGGAGGATTGTTTGTGGGTAGACATCCAGACTTGGTCTTGATAGTGGGGGGGGGGACGGCTAGGGCCGTGCGACTCGGGTCAGTAGCCTTGGGGCCTGGGGACCCAAGTTGGTGAGTTGAGAAGGGCTTGCCTGGAGTTAGACATCCCTGGGTTGTGGGTTGCATGGGGGCGTGCTTGTATCCAGATTGTCGGCTTCTGCAGCTGTGTGGCTCCCTCGGACTTGGGGACCCTTCCGGGAGCATGGGTTGCAACAAGCAGAATGGTGCCCATAGGGCCAAGGAACATTTTTCTCAAGCCTCAGGGGGCTGTTGAGTGACTCCTTGAATTCCTGGAGGTGGGGGAAGAAGTTGGGTGGAAGGCATCCAAACCTACATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGAGTGATCTCAGCTCACTGCAACCACGGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCTGCCTCAGGCTCCTGAGTAGCTGGTACCACAGGCGCCCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGAGGGAGTCTTGCTCTGTCGCCAGGCTGGAGTGCAGTGGGGTGGCGCGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAACTCCGCCTCCCGGGTTCAAGGTATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACGCGCTACCACACCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTACCATGTTGGCTAGGATGGTCTCGATCTCCCGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTTCAGGCGTGAGCCACCGCACCCCGCTCGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCCTGATCCACCGGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCCAAGACCTACTCTTATTTCTAACTTCTCAGTATGAAAACATTGCAAAGATATCCAGAAGTAGTTTTGAAGTTCCATGGATTCATCACTCAGATTCACCACTTACAAATGACTCACCTGTCTTCTTTCCCCCAAATCTGCAACCCCAAGTGTGGATCTCTTTGGAAATTGTCTCTTTCACTAGGGGTCTATACCAGGATTTGGTGTCTTGAGTGACCCTTCATAGAGTGAGTTCAAATCCAGGTCTCTCCCTTTGTCACTGTCACTTTGAGCAAGGTACTTAACCTCGTGGAGCTGCTGTGAATGTAGAACGAAGTAAAACTTGTGTATGACACTTCTCTGATGTAGTTCTTTAAAACAAAATTCAAATGTCATATCATTTCATCTGTAAATGGCAAAAACCACAATTACTTTTGCACCAATCTAATACTTCAGTGTTCAGTATGCATCTCTCATAAATAAGGAATTTAAAGAAAAACAACTTCAGCATTAATGATCATACCCAAGAAAATTAACAGAATTTATTTAGTATCACTTATTCAGGCTGTGTTGTTTCCGTATTTGTCTCAAAAGTTGCCTCACTACAGATATTTGTCCACTACAAAGCTTTCCTGAGTTTTCTCTGGCAGAATTACTTCCATTGTCCTTTTTAGTTTCAGAGCACTTTATTATATGAGGACTCCACGGCTGGCATGGTATATCTCAACTGTCTGACTGTCCCACTGGTTTTGAGATAGTTCTTTGAGGGGACAGGCACCTTGTCTGGCTCCTCATGGGTCACTGACACAGTGCTTGGCACCCACCTGGACTGTGCAACTGACTGACTTTGAGGGTATCAGTTGTCTTTTTTGCCTGGAAAAGGAAGTTCATGGAGGATAGAAACTCAGATGGGAAAAGGGGGTTAGGCTATTACTGGGGAAAGCCTAGGGTGCCAAGATTGTGTGTGGATCTTATCTGAGGTCAGCGAGATCTACTGCCGGGTTCTGACAAGAGAAGGGTCATGATTTCTTTTTTTCTTTTCTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTGAGACAGAGTTTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAAGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGCTACAGGCGTGCGCCACCATGCCCAGCTAAATTTTTTTGTATTTTTAATAGAGACGGGGTTTTACCATGTTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTAACCTCGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCTCGCTTGGCTGAGAAGGGTCATGATTTCTGACTACACTCATTACCCTATCTCTCTGCTCCCTTTTACAGTGAAAGTCATCAAAAAAATTGCATGCACTTGATGAATGCAGTGCCTTTCTGTGCATCATCTATTTAATTTCCAAGTATTTGGAGGGTTTCTAGCTATTCTTACTGACTTCTTATTTAATTCCATTCAGGTCAAAGAACAAATGATGTAGAATGTCAGTCTTTGCAAATTTATTGGGAGTTATTTCACAACCCAGCATGTAGTGTGAGTTGGGGAATGTACCATGGGCCCTTTAAAAGCATGTGCATTCTGTTGAGCAGTGATGAGCTAATATCAGTTTGGTCAAGTTAGTTATTATGTTCAAATCTTGTATTTCCTTATGGATTTTTTTTTCTAGTTATTTTATCAACTGTTGTGGCAAGGTGTTAATTCGAACTAGGATTATGGAATTGCCAATTTCTCCATCGAGTTCTGTCAATTTTTGCTTCACGTATTTTGAAGCATTGTTATTATAAGGTGCATACATATTTATCTTTGTTATATCTTCCTGATGAATTGACTGTTTTATTTTCATGAAACATCCCTTTGTATCTCTGGTAACACTTTCTCTTGAAATGTAGTTTATCTGATAGTAATATAGCCATTTCAGTCTTGTTATGTTTACTCTTTGCATGTTATCTCTTTTCTCATTCATTTTCTTTCAACTGACCTATGTCTTTATATTTAAAGTCTTTATATTGTAGACAACATATGGTTAGGTCTTGCTTTTTTTTTTTTAATCTATTCTGATAATCTGTGCCTTTTTTATTTATTTTTAGAGACGATGTTTTGCTGTGTTGCCCAGGCTATTCTCCAACTCGTGGGCTTAAGCAATCCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCCAGCCAGTCTGTGCCTTTTAATTGGAATGCGTATTTCATGTAATTACTGATACAATTAGATTAGGTCTCTTTTACTGTTTGTTTTTTTATTTGCCTCCTGTTTTTTTTCTTCCCCTGTTCCTATTTCTGCCTTCTTTGGGCCAATTGAATTTTTTTTTTTTTTTAGCATTCTAATTTAACTTAATTCAATATAACTTAATTGCCACTTAGCTATAGTGCTTTGCATTTTTACTTTATATTTTTAGTGCCTGCTTTAGAGATGACAGTATATATTTGTAACTCTTCACAGTCTATGTAATGTCGAACAACTTCATGTAAAATGAGGGCTCTTGTAATTGTATAGGTACTTGTACCTACCTACTCCGTCATTCTTCAGGCTGTAATTGTCATATGTATTGAATCTTCATATGCTGTCAATCACAATGCAAATATAATGTATTTGCTATAAACAGTCTTTTATTTTATCTTTTTGAGGTGGCGTCTTGCTCTGTTGCCCAGTCTGGAGTGCAGTGGCACAATTTTGGCTCACTGCAACTTCTGCCTCGCGGGTTCAAGCGCTTCTCCTGTCTCAGCTTCCGAGTCACTGGGATTACAGGCATACGCTACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGACCAGGT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Seq C2 exon
ATTTGCCTCTGCAACTTGACTCTCCTCTAGGAAGAGTACTCCAGAGAGCAGGGATATGTCACCAGGACTCCTGACAACCAGGAAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000175787-ZNF169:NM_194320:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.295
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)