HsaINT0186293 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000175787 | ZNF169
Description
zinc finger protein 169 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12957]
Coordinates
chr9:94259328-94278845:+
Coord C1 exon
chr9:94259328-94259345
Coord A exon
chr9:94259346-94278757
Coord C2 exon
chr9:94278758-94278845
Length
19412 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGT
5' ss Score
8.95
3' ss Seq
CTTCTCATCTCTTTCCCCAGATT
3' ss Score
10.85
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCGTCGCCTGGTGCGTG
Seq A exon
GTGAGTGTCCTTTCACAGTTCTGGTGAGCTAGCCCGGAGGTGGTCCCCGCTTTCGCGGGCCTTCCACTGGAAGGAAGGTCGGGAAAGCTGGCATGGGCAGTCCATGTCGTGGCCACATGTTCCTTGGTGTTTTGAGTTTCGGCTGTGGGGTCTGGGCGTGCGTGGTCCACCCCGGAGAGAGGTCTTGGCGGAGGTCCTCTGGTGGGGAGGGGGCGTTGGCGTTGTCGCGTGCTTCTGGCGGGACTTTGGGCCCAGTATGTTGACCTGGAGGGGCCAGTGCAGGCCTGGGACCGACTTCCCGAGCTACTTCGCAGGTGCGTCCCCGGTACTTCGGGGGCCGCTGAGTGGGCTCTGCCTGGGGTACCCAGACAGCATCCTGCCACTAGTATCCCGCCATCCCCTCCCCACCATCGCGCCTCGGAGGTCTCTGGGCCAGCAAATGTGCCTTTGGAGGACATGATATCCTCGGTTGGAGCAAACTTCCCCATTAGTGGGAGGCACGCGGCTTGGGCATCAGTCGGGTTGTTTATTTGTTTATTTATTAAATTTTATTTATTTATTTATTTATTTTTGAAACAGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCGGTTCACTGCAATCTCCGCGCCCCACCCCAGCCGCCGGGTTCAAGCCATGCTCCCGCGTCAGCCTCCCGAGCAGCTGGGATTACAGGCACCCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGAGACAGAGTTTCGCTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATTCCCCTGCCTCAGGCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCACGCCACCACGCCCGGCTAATATTTTGTGTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCAAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGTAATCCCCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCAACCTCAGTCCAGTTATTAGGGCTCTTGTGGATGGCTGGTGCACTGTGGTGGTGATGGTGCAGCTTGGCCACTAGGACCCGGGTTTGTGGGGGAGGATTGTTTGTGGGTAGACATCCAGACTTGGTCTTGATAGTGGGGGGGGGGACGGCTAGGGCCGTGCGACTCGGGTCAGTAGCCTTGGGGCCTGGGGACCCAAGTTGGTGAGTTGAGAAGGGCTTGCCTGGAGTTAGACATCCCTGGGTTGTGGGTTGCATGGGGGCGTGCTTGTATCCAGATTGTCGGCTTCTGCAGCTGTGTGGCTCCCTCGGACTTGGGGACCCTTCCGGGAGCATGGGTTGCAACAAGCAGAATGGTGCCCATAGGGCCAAGGAACATTTTTCTCAAGCCTCAGGGGGCTGTTGAGTGACTCCTTGAATTCCTGGAGGTGGGGGAAGAAGTTGGGTGGAAGGCATCCAAACCTACATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGAGTGATCTCAGCTCACTGCAACCACGGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCTGCCTCAGGCTCCTGAGTAGCTGGTACCACAGGCGCCCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGAGGGAGTCTTGCTCTGTCGCCAGGCTGGAGTGCAGTGGGGTGGCGCGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAACTCCGCCTCCCGGGTTCAAGGTATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACGCGCTACCACACCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTACCATGTTGGCTAGGATGGTCTCGATCTCCCGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTTCAGGCGTGAGCCACCGCACCCCGCTCGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCCTGATCCACCGGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCCAAGACCTACTCTTATTTCTAACTTCTCAGTATGAAAACATTGCAAAGATATCCAGAAGTAGTTTTGAAGTTCCATGGATTCATCACTCAGATTCACCACTTACAAATGACTCACCTGTCTTCTTTCCCCCAAATCTGCAACCCCAAGTGTGGATCTCTTTGGAAATTGTCTCTTTCACTAGGGGTCTATACCAGGATTTGGTGTCTTGAGTGACCCTTCATAGAGTGAGTTCAAATCCAGGTCTCTCCCTTTGTCACTGTCACTTTGAGCAAGGTACTTAACCTCGTGGAGCTGCTGTGAATGTAGAACGAAGTAAAACTTGTGTATGACACTTCTCTGATGTAGTTCTTTAAAACAAAATTCAAATGTCATATCATTTCATCTGTAAATGGCAAAAACCACAATTACTTTTGCACCAATCTAATACTTCAGTGTTCAGTATGCATCTCTCATAAATAAGGAATTTAAAGAAAAACAACTTCAGCATTAATGATCATACCCAAGAAAATTAACAGAATTTATTTAGTATCACTTATTCAGGCTGTGTTGTTTCCGTATTTGTCTCAAAAGTTGCCTCACTACAGATATTTGTCCACTACAAAGCTTTCCTGAGTTTTCTCTGGCAGAATTACTTCCATTGTCCTTTTTAGTTTCAGAGCACTTTATTATATGAGGACTCCACGGCTGGCATGGTATATCTCAACTGTCTGACTGTCCCACTGGTTTTGAGATAGTTCTTTGAGGGGACAGGCACCTTGTCTGGCTCCTCATGGGTCACTGACACAGTGCTTGGCACCCACCTGGACTGTGCAACTGACTGACTTTGAGGGTATCAGTTGTCTTTTTTGCCTGGAAAAGGAAGTTCATGGAGGATAGAAACTCAGATGGGAAAAGGGGGTTAGGCTATTACTGGGGAAAGCCTAGGGTGCCAAGATTGTGTGTGGATCTTATCTGAGGTCAGCGAGATCTACTGCCGGGTTCTGACAAGAGAAGGGTCATGATTTCTTTTTTTCTTTTCTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTGAGACAGAGTTTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAAGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGCTACAGGCGTGCGCCACCATGCCCAGCTAAATTTTTTTGTATTTTTAATAGAGACGGGGTTTTACCATGTTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTAACCTCGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCTCGCTTGGCTGAGAAGGGTCATGATTTCTGACTACACTCATTACCCTATCTCTCTGCTCCCTTTTACAGTGAAAGTCATCAAAAAAATTGCATGCACTTGATGAATGCAGTGCCTTTCTGTGCATCATCTATTTAATTTCCAAGTATTTGGAGGGTTTCTAGCTATTCTTACTGACTTCTTATTTAATTCCATTCAGGTCAAAGAACAAATGATGTAGAATGTCAGTCTTTGCAAATTTATTGGGAGTTATTTCACAACCCAGCATGTAGTGTGAGTTGGGGAATGTACCATGGGCCCTTTAAAAGCATGTGCATTCTGTTGAGCAGTGATGAGCTAATATCAGTTTGGTCAAGTTAGTTATTATGTTCAAATCTTGTATTTCCTTATGGATTTTTTTTTCTAGTTATTTTATCAACTGTTGTGGCAAGGTGTTAATTCGAACTAGGATTATGGAATTGCCAATTTCTCCATCGAGTTCTGTCAATTTTTGCTTCACGTATTTTGAAGCATTGTTATTATAAGGTGCATACATATTTATCTTTGTTATATCTTCCTGATGAATTGACTGTTTTATTTTCATGAAACATCCCTTTGTATCTCTGGTAACACTTTCTCTTGAAATGTAGTTTATCTGATAGTAATATAGCCATTTCAGTCTTGTTATGTTTACTCTTTGCATGTTATCTCTTTTCTCATTCATTTTCTTTCAACTGACCTATGTCTTTATATTTAAAGTCTTTATATTGTAGACAACATATGGTTAGGTCTTGCTTTTTTTTTTTTAATCTATTCTGATAATCTGTGCCTTTTTTATTTATTTTTAGAGACGATGTTTTGCTGTGTTGCCCAGGCTATTCTCCAACTCGTGGGCTTAAGCAATCCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCCAGCCAGTCTGTGCCTTTTAATTGGAATGCGTATTTCATGTAATTACTGATACAATTAGATTAGGTCTCTTTTACTGTTTGTTTTTTTATTTGCCTCCTGTTTTTTTTCTTCCCCTGTTCCTATTTCTGCCTTCTTTGGGCCAATTGAATTTTTTTTTTTTTTTAGCATTCTAATTTAACTTAATTCAATATAACTTAATTGCCACTTAGCTATAGTGCTTTGCATTTTTACTTTATATTTTTAGTGCCTGCTTTAGAGATGACAGTATATATTTGTAACTCTTCACAGTCTATGTAATGTCGAACAACTTCATGTAAAATGAGGGCTCTTGTAATTGTATAGGTACTTGTACCTACCTACTCCGTCATTCTTCAGGCTGTAATTGTCATATGTATTGAATCTTCATATGCTGTCAATCACAATGCAAATATAATGTATTTGCTATAAACAGTCTTTTATTTTATCTTTTTGAGGTGGCGTCTTGCTCTGTTGCCCAGTCTGGAGTGCAGTGGCACAATTTTGGCTCACTGCAACTTCTGCCTCGCGGGTTCAAGCGCTTCTCCTGTCTCAGCTTCCGAGTCACTGGGATTACAGGCATACGCTACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGACCAGGT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Seq C2 exon
ATTTGCCTCTGCAACTTGACTCTCCTCTAGGAAGAGTACTCCAGAGAGCAGGGATATGTCACCAGGACTCCTGACAACCAGGAAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000175787:ENST00000340911:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.255
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains