HsaINT0186396 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000005801 | ZNF195
Description
zinc finger protein 195 [Source:HGNC Symbol;Acc:12986]
Coordinates
chr11:3380011-3392300:-
Coord C1 exon
chr11:3392205-3392300
Coord A exon
chr11:3381796-3392204
Coord C2 exon
chr11:3380011-3381795
Length
10409 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
ACTTTTTTTTTTTTTTTCAGCTA
3' ss Score
11.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTCACTGTCTGTAAGCCAGGCCTGATCACCTGCCTGGAGCAACGAAAAGAGCCCTGGAATGTGAAGAGACAGGAGGCAGCAGACGGACATCCAG
Seq A exon
GTGGGTGGGAATGAACGAAGCAGGTAACCCAGGTGAGAGGTCCAGAGGTCGAGGAGGAAGCCAGACCTTAAAATGTGGTTTGAGAAGCTCTGCCCTAGTGGAGATGGTTTCTGAGAGCCTGGGTGTCTTTCTCTTGCTGTACCCTAGGAGCGTCTTCTGTCTCATTCTCTCAAATTTTGTATAGACTCTGCTTCCTGTTTAGTGATCTTCCTTTATAAAGGTTACAGTAAAAATCAGAGTCCTCCTCCTGACGAGTAAGGGCCTGTGTGGTCTCATGGCGTGCTCCGCCACTGCTTTTGGGAACATGCCTGTACCTGCCTGTTTTTGAGGAACTCTGTTAAATGTTTTTTGATTTCCTTTGCATCATGTCTGAAGTGTGCGAGAGGCGTGGTGATGGTGATTGGTTCAGAAATCCCAGAAGTCCCGTAAACAGATGTTGTATGCTTTCTGCTTTATGATTTCGTATCCTACAGAGGTTTCAAATGGGAGTCTACAGAAATGTATACTCAGCAGTTTTCTCCGAACACTAGGCATCTGCCCAAATATGAGATAATCTAATGTTATTTTACTTCAACATTTTATTTTATTTTTTTTAGTATGAGCTGAGGTTGGTCATTTAAACTTTATATTCCCTAACTCCCAACTGTAATAGTTATAATATTATCATTTTATAATTTCTTCTTTTTTAGTATGAGGCTTATCAGGACTCTGTCATTCATATGTATGTATGTGTGCATATGTATATATGTGTGTATATATGTGTGTATATATGTGTGTGTATATATCATATATGTGTGTATATATAATATATCAACATATCCTTTTGAAATGATAGGATTTCATTCTTTTTTATGCTGGAGTAATATTCTGTTGTCTATTTAAATCATATTTTCTTTATCCATTCATGTATATATACACACACATATATACAGTGTGTCTATGTGGGCATATGTGTAACAGATTATTTTAGAAATAAAAATTGTGTATATATTGTGTACAATGTAATAATTTGATATGTGTATACGTTGTGAAATAATTAGTGCAATCACTTCAAGGAACAAATCTATCACTTCACGTAATTACCTTTTCTTGTAGTGAGAACAGTTAATGTCTACCGTTGGCAAACTTTAAGCATACAAAAGATTATTAATAGTATTCGTGAAGCTACTCATTAGATTCCCCAAACTTACTCATCTTACAACTGAAAGTTTGTACCTTTTGAACAACAGCTCATTTTCCCCAACTCCAGGCCCTGGCAACTGCCATTGTCCTCTGCTCCTGTGAGTTCAGCCACGACAGATTCCACGTCTGAGGGGGAACGTGCAGTCTCTGTCTTTGGGGCCTGGCTGAGTTTATTTAGCAGGATGTCCTTCAGGGTCATCCACGTGGTTGAATGACAGGATTTCATTCCTTTTTTATGGCTGAGTAATATTCTATTGTCTATTTATATCACATTTTCTTTATCCATTCAGCATCCGCAAACGTTTAGCTTGTCTTTATATCTTGACAATTGTGAATAATGCTGCAGTGAACATGAGGGAGCAGATAATTCTTCAAGATGCTGCTTTTATTCCCTTCAGTTATTATATACACAGAAGTGTGATTGCTGCGTTGCAGGGTAGGTTTATCTTTTTCTAACTTTTAAATAACGCCCCCCCACCCTGGTTTTCATAATGACTCTACCAGTTGAGAACTCTGAGCGTTCAGAATTGTTTTTTCTTTACATCCTTATCAACATTGTTAGTAGATTGGCGCAAAAGTAAGAGTATTTCTTACTATTTAGAAGGCAAAAACCACAATTACTTTTGCACAGCCCTAATATGTTACTTATTTTTGATATTAGCCATCCTAGTATCCAAAAGTTTGATTGTAAATTGTCTTTGGTGTCACAAGCTTTTTAGCTTAATGTACTCCATTTTGTTTATATTTACTTTTGTTGCTGTACTTTTGGTGTCGTGTCTAAAAAATGATTGCCAAGACCAATATCAGAGGTTTTCTCTCAGAGTTTTTAAGGATACATGTTTTACATTTTAGGCTTGATTTCAAGTTAATTTTTGAGTATGGTGTAAGAAAAATGGGCTATTTCATTATTTTGATTGCGGGTATTCTGTTTCTCCAGGACCAAGTGTTGAAGAGACTATACTGTCTGTATTGTATCTTCTTCGTGAACTTGTGAAAGATTAGTTAAGTGGATATGCATGAGTTTAATTCTGGGCTCTCTGTTCTGTCCCATTGGTCTCTGCGGCAGTTTTCCTCTCTGTTCGCATACCATCCTGTTCTTACTACTGTAGTCCTAAAATGTCACTTGAAAACAGAAAATATTATGCCTCTTGCCTTGTTCTTTTTCCTATAGATTGCTTTGGCTATGCCAAGTCTATTGTAATTCCATATAAATTTTAGAATTCTATTTTCATTACTGTGAAAAAGGCCACTGGAATTTGATAAGAAGTTTATTGAATCTATAGTCTTGGTCTTTAGCAGAATTTTACAACCCCCTCCCTGGATTACTAAGCTCTATTAAAGGCATTTTTGTGAGATGAGATCTCTCTGTGTCACCCAGGCTGGTTCTGAACTTCTGGCCTGAAGTGAGCCTCTCACCCCGAGGTCCTGAATAGTTGGGATTATAGGCATGAGCCGTGGTGCCTGATTCTCTTGGAAAGGCATTTCTGTACAAGAAGACTGACACATTTTTGTTGCTGTCGGGGAATATATAACCCAGGGTCCACCTATGTCACCATTTTTCTATGTCACTGTCCTGTACATTTTCACTTTCTCTTTTGTTCCATTTCAAATTTATCTCTAATTTCAAATTCTAATATGCAGAACAATATGCTAGAATTAATGTGTTATGTCTGAATTATTTAGTAAGCACTATTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGATAGAGTTTTGCTCTTGTTACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGATCTCGGCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTTACACACAGGCATGCACCACCACGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTGTCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCCGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTCAGGATTACAGGCGTGAACCACTGCACCCGGCAAGCACTCCACATTGATTAAATTATCCTATTTCTTCAACCTGTATATAAATAATAATATGATTTATTCCCAGATGTTTATTTTATATATCAGTGACTCTCACCATATTTTACATAATTTATATTTTTCTCTTTATTTAGAAATATAAGGCTATTCCTTGCTTCTAAAAGTTGGATGGCAGCATTTTAAATTTGCATAAGAATAGCATCGGTATAGTAAACATATAATAAAAATTACCTTTAGTATCTCTTAGTCATTAAAATGTTCTCAGTAGAGTCTTTTCATAATGATTGTAGTGCATTTTCTGTGAAATGTTACTGCTGTCCACTGCATGCCAGTGACTCAAAATACCTAGTTTTCATGACTACACAGTCACAGTTGAATACTGTAGTTATCTAGGCAAATTCTTTTTTAATGGTACATCAATGTTTCATAGCAGATTTTATGACTAACATCTCTTAGTGTTTTGTAATTCCATATTACTGTTTTTATGGTTGAATAATATTCCTTGTATGTATATACCACATTTTTTCTGTGTGTTCATCACTTGAGGCTTCCCCCATTTGACTTTTCTGAATAGTGGTACAGTAAACATGGGTGTGCAAATATCTCTTCTAAGTCCTGAGTTGCTTTGTATACTTTTGATATAGATCTAGAAATGGGATTGCTGGATCATATAATTCCATTTTTAATTTTTTTAAGAAAATTATGCTTTTTTTTTTTTTTTTACACAGAGTTTCACTCTATCACCCAGGCTGTAGTGCAGTGGTGCCATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCTTCCTGGGCTCGAGCCTTCTTCCCACTTCAGCCTCCTGAGGACCTGGAACTACAGGGGCACACCGCCACACCCAGCTAACTTTTGTGTTTTTAATAGAGACAGGGTTTTGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTCGGACTCCTGGGCTCAAGTGATCCACCCGCCTCGGTCTCCCGAAGTGCTGGGGTTCCAGGTGTGAGCTGGTGTGAACCAGTGTGCCCGGCCTATGCTATCTTTCATCGTGGCTGCATCCTTTCTTTCCTACCAGCAGGTTACGTGGTTTTCAATGTCTTCACATCCTTGACAGGTCTGGATTTTTTTTTTTTACTGTGGCCATTCTAATAGGTGTGAGGAAATATCTTAATTGTGATTTTGTTTTGCATTTCTCTATAGATAAGTAATTTGAGCATTCATTCAAGGCTTGTTGGGCGTTTCCATATCTTTTTTGGAGAGATTTCAGTTAGTCCTTCATCTATTTTTAAATCAAATTATTTAATTTTTGTTGTTTAGTTGTAAAAGTTCCTTATATACTCTGAATATAAGGATACACTCCTATCAAATGTGTGATTTTTACCCATTTCTTAGGTGGTATTTTCACTTCACTCATTGTTTTCTTTGATTTGCAGAAAGTTTGAAGTTTGATGTAGTTCAGTTTTTCTGTTCTTTTGTTGCTTATGCATTTGCTGTCCTATATTTTCTTCTAAGAGTTTTATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCTGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCACGCCCGGCTCATTTTTTGTATTTTTTTTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCGTGTTGGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCACACCCAGCCT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ACCAATCTTTGCCAAAGCTTCAAAAGGCCAAAAGTAAAAACACTTGTGCCAGTATTTGCTTTCTCTTTTGAAGGAGAAGCCAAGAGCTGAGGGTGTACTCTTAAAGGCATGATGCTATACTGCGGAGGAGCGGGGGCTGCAGTGGGTAAACGTAACAGACTGTTTTTCTTCTTATCTGGCTCCTAGCACTGTGCTCACCTGGGGTGCTGCAAACTGTGAAATGGTTTTTAGAGTTCAGATGCATCTTCTCACTAGGTATTGTTACATTTATATGTTTATACAGAAATTAGGGCCTGTGGTATTTTTTATGCCATTTTGCTAATGTACCCAGTATTATTTTATAGATTAGATTCATAAAGTGTATTCATCTGTGTCTAGTAAGTCGGATAACTTTTTTTTTTTTTTTCAG
Seq C2 exon
CTATGTCTTCTCATTTTACCCAAGACCTTCTGCCAGAGCAGGGCATACAAGATGCATTCCCAAAAAGAATACTGAGAGGATATGGAAATTGTGGCCTTGATAATTTATATTTAAGGAAAGACTGGGAAAGTTTAGATGAGTGTAAGTTGCAAAAAGATTATAATGGACTTAACCAATGTTCATCAACTACCCATAGCAAAATCTTTCAATATAATAAATATGTTAAAATCTTTGATAACTTTTCAAATTTACATAGACGTAATATAAGTAATACTGGAGAGAAACCTTTCAAATGTCAAGAATGTGGCAAATCCTTTCAAATGCTCTCATTCCTAACTGAACATCAGAAAATTCACACTGGAAAAAAATTCCAAAAATGTGGAGAATGTGGCAAAACCTTTATCCAGTGCTCACACTTTACTGAACCTGAGAACATTGACACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTCAAGAATGTAACAACGTCATTAAAACTTGCTCAGTCCTTACTAAAAATAGAATTTATGCCGGAGGGGAACATTACAGATGTGAAGAATTTGGCAAAGTATTTAACCAGTGCTCCCACCTTACTGAACATGAGCATGGTACTGAGGAAAAACCCTGCAAATATGAAGAGTGCAGCAGTGTCTTTATCTCTTGCTCAAGCCTTTCTAATCAACAGATGATTCTTGCTGGAGAGAAGCTCTCCAAATGTGAAACATGGTACAAAGGTTTTAACCACAGCCCAAATCCTTCCAAACACCAGAGAAATGAGATTGGAGGGAAACCTTTCAAATGTGAGGAATGTGACAGCATCTTCAAGTGGTTCTCAGACCTTACTAAACATAAGAGAATTCACACTGGTGAGAAACCATACAAATGTGACGAATGTGGGAAAGCCTATACACAGTCCTCACACCTCAGTGAACACAGGAGGATTCACACCGGAGAGAAACCCTACCAATGTGAAGAATGTGGGAAGGTCTTCAGAACTTGCTCAAGCCTTTCTAACCATAAGAGAACTCATTCTGAAGAAAAACCCTACACGTGTGAAGAATGTGGCAACATCTTTAAGCAGTTATCAGACCTCACTAAGCATAAGAAAACCCATACTGGAGAGAAGCCCTACAAATGTGACGAATGTGGAAAAAACTTTACCCAGTCCTCCAACCTTATTGTACATAAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAGTGTGAAGAATGTGGCAGAGTCTTCATGTGGTTCTCAGACATTACCAAACATAAGAAAACCCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGACGAATGTGGAAAAAACTTTACCCAGTCCTCAAACCTTATTGTACATAAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAGTGTGAAAAGTGTGGCAAAGCCTTCACCCAGTTCTCACACCTGACTGTACATGAAAGCATTCATACTTGAGAAAAAAATAAACAAATATAAAAATAGGCAAAGCCGTTAGTATCTGCTCGCATCCCACTTTACATCAGAGTTCAGACTTAATAAAGTTATCATAAATGTAATTACTATTGAAAGACCTTTCATGAAATATAAGTCTCCAGAGCACACAAGAGTATTTCTTCTGAAAAAAATGTTACAATTATACTAGATGGAAGACTTGCATCAGTTGCTTAAACTTTCAGAAAATTTGTAGAGAAACCCAACAAATCTCATAAATGTGGAATAACATTTGTTCAAAAATGATAGCTTAGAAAACACTAGAGTTCATACTAAAAGATATTTTGCAAATACACTAAAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000005801-ZNF195:NM_007152:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.157 A=NA C2=0.015
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)