HsaINT0186396 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000005801 | ZNF195
Description
zinc finger protein 195 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12986]
Coordinates
chr11:3361743-3371070:-
Coord C1 exon
chr11:3370975-3371070
Coord A exon
chr11:3361890-3370974
Coord C2 exon
chr11:3361743-3361889
Length
9085 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
TTTTTTTGTATTTTCTGTAGAGA
3' ss Score
8.6
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTCACTGTCTGTAAGCCAGGCCTGATCACCTGCCTGGAGCAACGAAAAGAGCCCTGGAATGTGAAGAGACAGGAGGCAGCAGACGGACATCCAG
Seq A exon
GTGGGTGGGAATGAACGAAGCAGGTAACCCAGGTGAGAGGTCCAGAGGTCGAGGAGGAAGCCAGACCTTAAAATGTGGTTTGAGAAGCTCTGCCCTAGTGGAGATGGTTTCTGAGAGCCTGGGTGTCTTTCTCTTGCTGTACCCTAGGAGCGTCTTCTGTCTCATTCTCTCAAATTTTGTATAGACTCTGCTTCCTGTTTAGTGATCTTCCTTTATAAAGGTTACAGTAAAAATCAGAGTCCTCCTCCTGACGAGTAAGGGCCTGTGTGGTCTCATGGCGTGCTCCGCCACTGCTTTTGGGAACATGCCTGTACCTGCCTGTTTTTGAGGAACTCTGTTAAATGTTTTTTGATTTCCTTTGCATCATGTCTGAAGTGTGCGAGAGGCGTGGTGATGGTGATTGGTTCAGAAATCCCAGAAGTCCCGTAAACAGATGTTGTATGCTTTCTGCTTTATGATTTCGTATCCTACAGAGGTTTCAAATGGGAGTCTACAGAAATGTATACTCAGCAGTTTTCTCCGAACACTAGGCATCTGCCCAAATATGAGATAATCTAATGTTATTTTACTTCAACATTTTATTTTATTTTTTTTAGTATGAGCTGAGGTTGGTCATTTAAACTTTATATTCCCTAACTCCCAACTGTAATAGTTATAATATTATCATTTTATAATTTCTTCTTTTTTAGTATGAGGCTTATCAGGACTCTGTCATTCATATGTATGTATGTGTGCATATGTATATATGTGTGTATATATGTGTGTATATATGTGTGTGTATATATCATATATGTGTGTATATATAATATATCAACATATCCTTTTGAAATGATAGGATTTCATTCTTTTTTATGCTGGAGTAATATTCTGTTGTCTATTTAAATCATATTTTCTTTATCCATTCATGTATATATACACACACATATATACAGTGTGTCTATGTGGGCATATGTGTAACAGATTATTTTAGAAATAAAAATTGTGTATATATTGTGTACAATGTAATAATTTGATATGTGTATACGTTGTGAAATAATTAGTGCAATCACTTCAAGGAACAAATCTATCACTTCACGTAATTACCTTTTCTTGTAGTGAGAACAGTTAATGTCTACCGTTGGCAAACTTTAAGCATACAAAAGATTATTAATAGTATTCGTGAAGCTACTCATTAGATTCCCCAAACTTACTCATCTTACAACTGAAAGTTTGTACCTTTTGAACAACAGCTCATTTTCCCCAACTCCAGGCCCTGGCAACTGCCATTGTCCTCTGCTCCTGTGAGTTCAGCCACGACAGATTCCACGTCTGAGGGGGAACGTGCAGTCTCTGTCTTTGGGGCCTGGCTGAGTTTATTTAGCAGGATGTCCTTCAGGGTCATCCACGTGGTTGAATGACAGGATTTCATTCCTTTTTTATGGCTGAGTAATATTCTATTGTCTATTTATATCACATTTTCTTTATCCATTCAGCATCCGCAAACGTTTAGCTTGTCTTTATATCTTGACAATTGTGAATAATGCTGCAGTGAACATGAGGGAGCAGATAATTCTTCAAGATGCTGCTTTTATTCCCTTCAGTTATTATATACACAGAAGTGTGATTGCTGCGTTGCAGGGTAGGTTTATCTTTTTCTAACTTTTAAATAACGCCCCCCCACCCTGGTTTTCATAATGACTCTACCAGTTGAGAACTCTGAGCGTTCAGAATTGTTTTTTCTTTACATCCTTATCAACATTGTTAGTAGATTGGCGCAAAAGTAAGAGTATTTCTTACTATTTAGAAGGCAAAAACCACAATTACTTTTGCACAGCCCTAATATGTTACTTATTTTTGATATTAGCCATCCTAGTATCCAAAAGTTTGATTGTAAATTGTCTTTGGTGTCACAAGCTTTTTAGCTTAATGTACTCCATTTTGTTTATATTTACTTTTGTTGCTGTACTTTTGGTGTCGTGTCTAAAAAATGATTGCCAAGACCAATATCAGAGGTTTTCTCTCAGAGTTTTTAAGGATACATGTTTTACATTTTAGGCTTGATTTCAAGTTAATTTTTGAGTATGGTGTAAGAAAAATGGGCTATTTCATTATTTTGATTGCGGGTATTCTGTTTCTCCAGGACCAAGTGTTGAAGAGACTATACTGTCTGTATTGTATCTTCTTCGTGAACTTGTGAAAGATTAGTTAAGTGGATATGCATGAGTTTAATTCTGGGCTCTCTGTTCTGTCCCATTGGTCTCTGCGGCAGTTTTCCTCTCTGTTCGCATACCATCCTGTTCTTACTACTGTAGTCCTAAAATGTCACTTGAAAACAGAAAATATTATGCCTCTTGCCTTGTTCTTTTTCCTATAGATTGCTTTGGCTATGCCAAGTCTATTGTAATTCCATATAAATTTTAGAATTCTATTTTCATTACTGTGAAAAAGGCCACTGGAATTTGATAAGAAGTTTATTGAATCTATAGTCTTGGTCTTTAGCAGAATTTTACAACCCCCTCCCTGGATTACTAAGCTCTATTAAAGGCATTTTTGTGAGATGAGATCTCTCTGTGTCACCCAGGCTGGTTCTGAACTTCTGGCCTGAAGTGAGCCTCTCACCCCGAGGTCCTGAATAGTTGGGATTATAGGCATGAGCCGTGGTGCCTGATTCTCTTGGAAAGGCATTTCTGTACAAGAAGACTGACACATTTTTGTTGCTGTCGGGGAATATATAACCCAGGGTCCACCTATGTCACCATTTTTCTATGTCACTGTCCTGTACATTTTCACTTTCTCTTTTGTTCCATTTCAAATTTATCTCTAATTTCAAATTCTAATATGCAGAACAATATGCTAGAATTAATGTGTTATGTCTGAATTATTTAGTAAGCACTATTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGATAGAGTTTTGCTCTTGTTACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGATCTCGGCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTTACACACAGGCATGCACCACCACGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTGTCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCCGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTCAGGATTACAGGCGTGAACCACTGCACCCGGCAAGCACTCCACATTGATTAAATTATCCTATTTCTTCAACCTGTATATAAATAATAATATGATTTATTCCCAGATGTTTATTTTATATATCAGTGACTCTCACCATATTTTACATAATTTATATTTTTCTCTTTATTTAGAAATATAAGGCTATTCCTTGCTTCTAAAAGTTGGATGGCAGCATTTTAAATTTGCATAAGAATAGCATCGGTATAGTAAACATATAATAAAAATTACCTTTAGTATCTCTTAGTCATTAAAATGTTCTCAGTAGAGTCTTTTCATAATGATTGTAGTGCATTTTCTGTGAAATGTTACTGCTGTCCACTGCATGCCAGTGACTCAAAATACCTAGTTTTCATGACTACACAGTCACAGTTGAATACTGTAGTTATCTAGGCAAATTCTTTTTTAATGGTACATCAATGTTTCATAGCAGATTTTATGACTAACATCTCTTAGTGTTTTGTAATTCCATATTACTGTTTTTATGGTTGAATAATATTCCTTGTATGTATATACCACATTTTTTCTGTGTGTTCATCACTTGAGGCTTCCCCCATTTGACTTTTCTGAATAGTGGTACAGTAAACATGGGTGTGCAAATATCTCTTCTAAGTCCTGAGTTGCTTTGTATACTTTTGATATAGATCTAGAAATGGGATTGCTGGATCATATAATTCCATTTTTAATTTTTTTAAGAAAATTATGCTTTTTTTTTTTTTTTTACACAGAGTTTCACTCTATCACCCAGGCTGTAGTGCAGTGGTGCCATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCTTCCTGGGCTCGAGCCTTCTTCCCACTTCAGCCTCCTGAGGACCTGGAACTACAGGGGCACACCGCCACACCCAGCTAACTTTTGTGTTTTTAATAGAGACAGGGTTTTGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTCGGACTCCTGGGCTCAAGTGATCCACCCGCCTCGGTCTCCCGAAGTGCTGGGGTTCCAGGTGTGAGCTGGTGTGAACCAGTGTGCCCGGCCTATGCTATCTTTCATCGTGGCTGCATCCTTTCTTTCCTACCAGCAGGTTACGTGGTTTTCAATGTCTTCACATCCTTGACAGGTCTGGATTTTTTTTTTTTACTGTGGCCATTCTAATAGGTGTGAGGAAATATCTTAATTGTGATTTTGTTTTGCATTTCTCTATAGATAAGTAATTTGAGCATTCATTCAAGGCTTGTTGGGCGTTTCCATATCTTTTTTGGAGAGATTTCAGTTAGTCCTTCATCTATTTTTAAATCAAATTATTTAATTTTTGTTGTTTAGTTGTAAAAGTTCCTTATATACTCTGAATATAAGGATACACTCCTATCAAATGTGTGATTTTTACCCATTTCTTAGGTGGTATTTTCACTTCACTCATTGTTTTCTTTGATTTGCAGAAAGTTTGAAGTTTGATGTAGTTCAGTTTTTCTGTTCTTTTGTTGCTTATGCATTTGCTGTCCTATATTTTCTTCTAAGAGTTTTATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCTGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCACGCCCGGCTCATTTTTTGTATTTTTTTTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCGTGTTGGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCACACCCAGCCT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Seq C2 exon
AGATGGGATTTCACCATGCTACTCAGGCTTGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCGATCTGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAACCACCGTGCCCAGCCAGGCCTCAATGTTTCTGTGGACAAATTCACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000005801:ENST00000399602:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.149 A=NA C2=0.013
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0),PF102634=SprT-like=FE(31.4=100),PF134651=zf-H2C2_2=PU(8.3=6.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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