HsaINT0186713 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000056277 | ZNF280C
Description
zinc finger protein 280C [Source:HGNC Symbol;Acc:25955]
Coordinates
chrX:129394393-129402922:-
Coord C1 exon
chrX:129402736-129402922
Coord A exon
chrX:129394440-129402735
Coord C2 exon
chrX:129394393-129394439
Length
8296 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTAAGC
5' ss Score
9.86
3' ss Seq
TGTCATGTGTTCGTACTTAGGTG
3' ss Score
10.12
Exon sequences
Seq C1 exon
CATGAGGCAGCGCGTGCAGTTATATACTTCTGCCCCCGGCTGAGACGCCGGTTCCGCGCTGGAAGTCTCCGGGGGAGTCGCTGTTGCTGAGGCTGTCGCCTGAGGTTTTTCGCGCTCCTCCCTTTCCTCCTCCTCTTTCTCCTCCTCCTTATCCGAACCCCAGTCAGACCGATCTGCTCTGCTCTCG
Seq A exon
GTAAGCGGCCCCCGCCCCCGCCTGTGCCGCGCGGAAGGAGGCAGCAGCTCTCCCGCGCGGCCGAGGCAGCCTTCCCCAGAGGGCGGTTCTGAGGGCGGCTGGCTGAGGGTCTCTATGCCGGTGCGGATCGACGGGGGTGCGGGGGAGGGGACAGGCTTGGCGGCGTGGTAGCTGGTGGGCCACCATCTTGCGCCGGGCCCTGAAGGGGGAGGGTTTTCTGGAGGTAGAGCCTGGCGGCCCGCGGCGGGCAGTGGTTTCGCGGGCCGCGGCAGCTGCGGCAGCCTTCTCACCTCCTGAGTCCTGTCGGTCTGTTTCCAACCCGGTTTGGGCTTTTCATTCTGGAGGCAACTCCCTTTCGTCTTTTGTACGGTTGATACTGATGTTTGACGGAGACCCGCCCACCCTCAAGTCTCTTCAATCAAACGAAAAGAGACTTGAGGGGATTCCGAACTTTCAGGCATCAGAGACCCTGTGACCCCTTCTTTCTGCGCAGGTTCCCCCCACACAGGACCGGTCATTCCATGCCCACAACCTTGTTCTGGCCAAAGGGACTTCCCTTCTCTGTCACAGAAATCGTGCTCTATTCCGTTATTGTCTAGAGGATAAGAGCCCTGAGGAGAAACGTGGAGTTAAATACACTATATTCTAACTAGGAGGTTTGCAGGTTTTACTTAAAGAGATGGAAAAAATTATGCTGAGGTATACTCCTGCTCTAGAGATGGAGGGAGTTCCTTTCAACTTCTCTCAGGTTTTAATGCTTTTTTAAGGAGAAATTCGAGAGGAAATTGTCAAGTGAACCAGCTTCTGCAAGCACGGGAGACCTTCATCCAGGGGATTCTCTTTGTTTGGAAAGATTTGTTAGTTTTGTGGAGTTTTTTAAATCTGCGACCTTAAATTTTTTTTACTATTGTTTTCAGGTTTGGACTATGAGTTGTAATGTCTTTTAGTGCCCCTAAACATAAAATAGAAACCTAGAAGTAGAGTTTTAAACTGCAAAAGTCTCCTCTTAGTATTTGTGAGGTGTCCTGGTTTGGGGGTTACTGTGCAAACTTAATCTCCTTACGCAGAAACTTCACTGAGCCTACAAAGGCACTGATTTGCTTGTAAAATTAGGGCTGTGTACCTTTGATGTTTCTACAGCAGTACAGATTCCATTATAATCGTATCTTGCATTTGTATATTTCATTGGTAGCACCCCTTTTGAGATGGGCTGTAGGGTGTCGTTAGAACTGTTTGAAGATGAGGAAACAGCCTCAAGGACAGAACTTTACCGAGGTCATGTGCCTAGGAAGTGATGGAACCAATTCTTAAACCTAGGCTTTCTGACCCTCATCCAATGTTCAATTTGGTATATTATGTCTCACTTTTTGTGAGAGTGAGGTGGTCACGGAGAATAAGCAAGGAGGCTCACTTAAAAGTTTTAAGAAGTATTATTCAATTCCTTTTTCCTTTATATTTTTATTTTTAAGGCTTCATTTTTTTTCGACTTTTTCATACTTTAATATTATTTCTAAGCATGTTGAAGAGTTGAAGAATATCCTATTGAAAAAGTTCTTAGGTTGAATAACTCCAAATCTCAGCTACTTGGTTTTCAGTGAGTTTGTCTTAAGTAGTGATTCAAAAAGATTTGATTTCCTCAGTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCAATGTCGCCCGGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAACCGATTCTGCTACCTCAGCCTCCTAAGCAGCTGGGGTTACAGGCCCTTGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTAATTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACTATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACGCCTGACCTCGTGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGAGTGAGCCTCCATGCCCAGCCTTCCTCAGTAATTTGAATCAAATATATACGTCTAGACTTTTTTTCCCAGTGCTCTGTACATTCAGAGAAACATCACTAGTAATGAACTGTAGAAATGACTCCTGAAAGTAGAGTATTCGTCTAGACTTTATTCATTTGCTGCAAAGTAGTTTTCTTTTAAGGAGTTTTTTTTTTCATTTTTTTGTTTCCTTTTTAACTTTTTATTGGCAAATGATAATTGTGCGTATTTATGGGGTACAATGTGATGTTTTGATATGTATACATTATTGAAAGAGGCTAACATAGCCATCACCTTACCAATTTATCATTTTGTTATGAGAATGTTAGAAATTATTTTAGCAATTTTGAAATATACAATACATTATTAGTATTAGCTGTGGTCACCTTGTAGTGCAATAGATAACTAAAACTTATTCCTCCCATCTAATTAAACTTCGTACTCTTGGATCAACATCTTTTCCCCATCTGTCCCACCCCTGAACTCCCAAGTCTCTGGTAACCATCTTTCTACTCTCTGTTTCTATGAGATAAAGTTGTTTAGATTCCACATGTGAGATCATACAGCATTTTTCCCCAGAGAATAAGAGAATCCAGCTGCTTTTTATTAAGATAAATATTAAAGACATTTGCAAAAATGTAAATCAATATTACTTTTCTCATTAAATTTGTTTTTTAAAAGTTATTCTCATTAAAAGTATTTTTATTAACTTGTAATGGGCTTATAAATATTTTAAATAAAAACATTTGAAATCTGTCTCAGTTTCAATTTCTAATATGGGAAATATCAACACATATTGTCCATATAAACATAAAGCTCATTGGGGTTCTCATTAAGTTTTAAGTGAAAAGAAATCCTGGGATAAAAGAGTTTGAGAACTACTGATGTGATGCAGTTTATTTATGATATGATTTTAATTGAGCTCTTCATGTGAACTAGATTTGTTTTCTTTAAGTGCTTGTATTCATCAACTTAACGGTATGACTTCAGGTAAGGAAGGAGAAGTTGAGAAAAATAGTGCAAAGTACTGTTGAGGAATATTTCACTTGCTTTATTTAATGTTCACAGTAGTGCTGCAAGGAAGGTATTACTGTTTTCGTTTTACAGATAGAAAAACTAAGGCTTACAGAGGTTGATTATACTTACAGATTTGGCAGCCAGGAAGTGGTAGACCAGAAATTCCCACTCAGGTTGTCAGCCCCTATGTCCAGTGTTCCCATCAATGCACTTACTTACATTTTCCCTGGTGGATAAGTTTTACTCGTATAAAAAGCAAATTGATTAATAATACATACTTCTTGAGGTTACTTTAGGAATTAGTGATTATAGAATATCTTATGAAACTTACATAAAATATTTACTATACAGATTGGCTTCAAAAGGCCAGTAATTGTACATTAGTCTTTTCCCCATATTATATCTTTTACATATGAATTATAATAAAAGCGTATGCCTATAAAGTCTATACCCTGAGTATAAAGTAAAACTTCTTTGTAGAAGTATATTTTATTATAGTGCCCCATCCCAAAGCTGACATAAAATGTTTTAAAATATAGGCAAACTTTGCAAAGTATTATGCTAGTGAGTTTTAAATCTTAGTGTAAACCAGCTATTTTCTACAAATAGATGAAGTATGAAAATTAACAGAGACAAAAGTTGAAAATGAATAAGGATAAAATAATAAAGTTATTAAATGTCTTCTCAAAATGTACCTGGACTTCATGTGTTCAGGCTTTCAGAAAAAAAGATAATTTGCATAGTATAAAAACTTGGACAAAGAAAATATGAAGAGCCTCTATTTTCTTTCTGAATTGTATGTAATTTGTTCCCAAAACCTACTTTGAAAGTTTGAATCGTTGAGATGCCAGTCAAATTGTCTAAGGAACCAAGATATAATCCAGTTTTCTTGGATTTGCGTACTATACCAATTCTTGTTATAAGAAAAACATTTCACAGACACCCCTGAACTTAAAATGTTTGAAACATTCTCAGAGTTCTTACACAACCATAAAACAAAGCAGTCAAGTGAAACTACAAAACCATTGCCATTTGAATCAGCTTTCATATATTGAATGAGTATTTTGCTGAGTCACTGCCTACCTACTTCTATTGAGTTTTTCATACCTACTGATATATACTATATATATAATATATTCCCTACTTATATATAAATAATAGCAAGGTTTTTTATTTGAACCCTTTCAGTACCTTCATTTCTATAGCTAACCATATGGTCATTGCCCTTCATTTAGTGCAAATGCGTCATTTATGTATATAAGGTTGGTCACCCAGAGAATCCCCAGAGCAGGCTTATGTTAATTTTTTTAGATAGCAAAAGTTAAATAGCAAAACAAAAAGAGAATTATATTGTTATAGAGCTCTCTTGCACAACCTGGAATATATCTATTTTCCTGAGAGGTCTGTTGACCCTGGTTTGAAAAATGGGGTAATCCATTGATGAATTTATTAGTAGTTTTAAACACAGTTGCCAGAAACCTAGCTCAAAGTAGATTAAACCAAAAATGAATAATTATTTTCTCTCTTAACTGAAAAGCTGTTGTGGATAATTTGCTTCAGGCATGGTTAGCTTCAGGTATTTAAATGGTATCATCAGGACCGGTCGAATGTTTACCTACTCTCCCTTTCTCTACTCCAGAATCGTACAGCTTTGCTATCTTTGTTAGGTTCTTTCTTTGGTACTTTTTCTCCACATCACTCCCAAGCTTAAATCCTACCAGCTGATTATTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGTGTCTCACTCTGTCTCCCAGGCTGGAATGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCAGCCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCTATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGATTACAGGCACATGCTACCACGCCCAGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACTTTGCAATGCACCTGCCTCTGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATA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Seq C2 exon
GTGACCTTGCAACTTCATGGATGACGACAAACCTTTTCAACCAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000056277-ZNF280C:NM_017666:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)