HsaINT0186713 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000056277 | ZNF280C
Description
zinc finger protein 280C [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25955]
Coordinates
chrX:130260419-130268899:-
Coord C1 exon
chrX:130268762-130268899
Coord A exon
chrX:130260466-130268761
Coord C2 exon
chrX:130260419-130260465
Length
8296 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTAAGC
5' ss Score
9.86
3' ss Seq
TGTCATGTGTTCGTACTTAGGTG
3' ss Score
10.12
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTCCGCGCTGGAAGTCTCCGGGGGAGTCGCTGTTGCTGAGGCTGTCGCCTGAGGTTTTTCGCGCTCCTCCCTTTCCTCCTCCTCTTTCTCCTCCTCCTTATCCGAACCCCAGTCAGACCGATCTGCTCTGCTCTCG
Seq A exon
GTAAGCGGCCCCCGCCCCCGCCTGTGCCGCGCGGAAGGAGGCAGCAGCTCTCCCGCGCGGCCGAGGCAGCCTTCCCCAGAGGGCGGTTCTGAGGGCGGCTGGCTGAGGGTCTCTATGCCGGTGCGGATCGACGGGGGTGCGGGGGAGGGGACAGGCTTGGCGGCGTGGTAGCTGGTGGGCCACCATCTTGCGCCGGGCCCTGAAGGGGGAGGGTTTTCTGGAGGTAGAGCCTGGCGGCCCGCGGCGGGCAGTGGTTTCGCGGGCCGCGGCAGCTGCGGCAGCCTTCTCACCTCCTGAGTCCTGTCGGTCTGTTTCCAACCCGGTTTGGGCTTTTCATTCTGGAGGCAACTCCCTTTCGTCTTTTGTACGGTTGATACTGATGTTTGACGGAGACCCGCCCACCCTCAAGTCTCTTCAATCAAACGAAAAGAGACTTGAGGGGATTCCGAACTTTCAGGCATCAGAGACCCTGTGACCCCTTCTTTCTGCGCAGGTTCCCCCCACACAGGACCGGTCATTCCATGCCCACAACCTTGTTCTGGCCAAAGGGACTTCCCTTCTCTGTCACAGAAATCGTGCTCTATTCCGTTATTGTCTAGAGGATAAGAGCCCTGAGGAGAAACGTGGAGTTAAATACACTATATTCTAACTAGGAGGTTTGCAGGTTTTACTTAAAGAGATGGAAAAAATTATGCTGAGGTATACTCCTGCTCTAGAGATGGAGGGAGTTCCTTTCAACTTCTCTCAGGTTTTAATGCTTTTTTAAGGAGAAATTCGAGAGGAAATTGTCAAGTGAACCAGCTTCTGCAAGCACGGGAGACCTTCATCCAGGGGATTCTCTTTGTTTGGAAAGATTTGTTAGTTTTGTGGAGTTTTTTAAATCTGCGACCTTAAATTTTTTTTACTATTGTTTTCAGGTTTGGACTATGAGTTGTAATGTCTTTTAGTGCCCCTAAACATAAAATAGAAACCTAGAAGTAGAGTTTTAAACTGCAAAAGTCTCCTCTTAGTATTTGTGAGGTGTCCTGGTTTGGGGGTTACTGTGCAAACTTAATCTCCTTACGCAGAAACTTCACTGAGCCTACAAAGGCACTGATTTGCTTGTAAAATTAGGGCTGTGTACCTTTGATGTTTCTACAGCAGTACAGATTCCATTATAATCGTATCTTGCATTTGTATATTTCATTGGTAGCACCCCTTTTGAGATGGGCTGTAGGGTGTCGTTAGAACTGTTTGAAGATGAGGAAACAGCCTCAAGGACAGAACTTTACCGAGGTCATGTGCCTAGGAAGTGATGGAACCAATTCTTAAACCTAGGCTTTCTGACCCTCATCCAATGTTCAATTTGGTATATTATGTCTCACTTTTTGTGAGAGTGAGGTGGTCACGGAGAATAAGCAAGGAGGCTCACTTAAAAGTTTTAAGAAGTATTATTCAATTCCTTTTTCCTTTATATTTTTATTTTTAAGGCTTCATTTTTTTTCGACTTTTTCATACTTTAATATTATTTCTAAGCATGTTGAAGAGTTGAAGAATATCCTATTGAAAAAGTTCTTAGGTTGAATAACTCCAAATCTCAGCTACTTGGTTTTCAGTGAGTTTGTCTTAAGTAGTGATTCAAAAAGATTTGATTTCCTCAGTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCAATGTCGCCCGGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAACCGATTCTGCTACCTCAGCCTCCTAAGCAGCTGGGGTTACAGGCCCTTGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTAATTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACTATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACGCCTGACCTCGTGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGAGTGAGCCTCCATGCCCAGCCTTCCTCAGTAATTTGAATCAAATATATACGTCTAGACTTTTTTTCCCAGTGCTCTGTACATTCAGAGAAACATCACTAGTAATGAACTGTAGAAATGACTCCTGAAAGTAGAGTATTCGTCTAGACTTTATTCATTTGCTGCAAAGTAGTTTTCTTTTAAGGAGTTTTTTTTTTCATTTTTTTGTTTCCTTTTTAACTTTTTATTGGCAAATGATAATTGTGCGTATTTATGGGGTACAATGTGATGTTTTGATATGTATACATTATTGAAAGAGGCTAACATAGCCATCACCTTACCAATTTATCATTTTGTTATGAGAATGTTAGAAATTATTTTAGCAATTTTGAAATATACAATACATTATTAGTATTAGCTGTGGTCACCTTGTAGTGCAATAGATAACTAAAACTTATTCCTCCCATCTAATTAAACTTCGTACTCTTGGATCAACATCTTTTCCCCATCTGTCCCACCCCTGAACTCCCAAGTCTCTGGTAACCATCTTTCTACTCTCTGTTTCTATGAGATAAAGTTGTTTAGATTCCACATGTGAGATCATACAGCATTTTTCCCCAGAGAATAAGAGAATCCAGCTGCTTTTTATTAAGATAAATATTAAAGACATTTGCAAAAATGTAAATCAATATTACTTTTCTCATTAAATTTGTTTTTTAAAAGTTATTCTCATTAAAAGTATTTTTATTAACTTGTAATGGGCTTATAAATATTTTAAATAAAAACATTTGAAATCTGTCTCAGTTTCAATTTCTAATATGGGAAATATCAACACATATTGTCCATATAAACATAAAGCTCATTGGGGTTCTCATTAAGTTTTAAGTGAAAAGAAATCCTGGGATAAAAGAGTTTGAGAACTACTGATGTGATGCAGTTTATTTATGATATGATTTTAATTGAGCTCTTCATGTGAACTAGATTTGTTTTCTTTAAGTGCTTGTATTCATCAACTTAACGGTATGACTTCAGGTAAGGAAGGAGAAGTTGAGAAAAATAGTGCAAAGTACTGTTGAGGAATATTTCACTTGCTTTATTTAATGTTCACAGTAGTGCTGCAAGGAAGGTATTACTGTTTTCGTTTTACAGATAGAAAAACTAAGGCTTACAGAGGTTGATTATACTTACAGATTTGGCAGCCAGGAAGTGGTAGACCAGAAATTCCCACTCAGGTTGTCAGCCCCTATGTCCAGTGTTCCCATCAATGCACTTACTTACATTTTCCCTGGTGGATAAGTTTTACTCGTATAAAAAGCAAATTGATTAATAATACATACTTCTTGAGGTTACTTTAGGAATTAGTGATTATAGAATATCTTATGAAACTTACATAAAATATTTACTATACAGATTGGCTTCAAAAGGCCAGTAATTGTACATTAGTCTTTTCCCCATATTATATCTTTTACATATGAATTATAATAAAAGCGTATGCCTATAAAGTCTATACCCTGAGTATAAAGTAAAACTTCTTTGTAGAAGTATATTTTATTATAGTGCCCCATCCCAAAGCTGACATAAAATGTTTTAAAATATAGGCAAACTTTGCAAAGTATTATGCTAGTGAGTTTTAAATCTTAGTGTAAACCAGCTATTTTCTACAAATAGATGAAGTATGAAAATTAACAGAGACAAAAGTTGAAAATGAATAAGGATAAAATAATAAAGTTATTAAATGTCTTCTCAAAATGTACCTGGACTTCATGTGTTCAGGCTTTCAGAAAAAAAGATAATTTGCATAGTATAAAAACTTGGACAAAGAAAATATGAAGAGCCTCTATTTTCTTTCTGAATTGTATGTAATTTGTTCCCAAAACCTACTTTGAAAGTTTGAATCGTTGAGATGCCAGTCAAATTGTCTAAGGAACCAAGATATAATCCAGTTTTCTTGGATTTGCGTACTATACCAATTCTTGTTATAAGAAAAACATTTCACAGACACCCCTGAACTTAAAATGTTTGAAACATTCTCAGAGTTCTTACACAACCATAAAACAAAGCAGTCAAGTGAAACTACAAAACCATTGCCATTTGAATCAGCTTTCATATATTGAATGAGTATTTTGCTGAGTCACTGCCTACCTACTTCTATTGAGTTTTTCATACCTACTGATATATACTATATATATAATATATTCCCTACTTATATATAAATAATAGCAAGGTTTTTTATTTGAACCCTTTCAGTACCTTCATTTCTATAGCTAACCATATGGTCATTGCCCTTCATTTAGTGCAAATGCGTCATTTATGTATATAAGGTTGGTCACCCAGAGAATCCCCAGAGCAGGCTTATGTTAATTTTTTTAGATAGCAAAAGTTAAATAGCAAAACAAAAAGAGAATTATATTGTTATAGAGCTCTCTTGCACAACCTGGAATATATCTATTTTCCTGAGAGGTCTGTTGACCCTGGTTTGAAAAATGGGGTAATCCATTGATGAATTTATTAGTAGTTTTAAACACAGTTGCCAGAAACCTAGCTCAAAGTAGATTAAACCAAAAATGAATAATTATTTTCTCTCTTAACTGAAAAGCTGTTGTGGATAATTTGCTTCAGGCATGGTTAGCTTCAGGTATTTAAATGGTATCATCAGGACCGGTCGAATGTTTACCTACTCTCCCTTTCTCTACTCCAGAATCGTACAGCTTTGCTATCTTTGTTAGGTTCTTTCTTTGGTACTTTTTCTCCACATCACTCCCAAGCTTAAATCCTACCAGCTGATTATTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGTGTCTCACTCTGTCTCCCAGGCTGGAATGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCAGCCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCTATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGATTACAGGCACATGCTACCACGCCCAGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACTTTGCAATGCACCTGCCTCTGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATA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Seq C2 exon
GTGACCTTGCAACTTCATGGATGACGACAAACCTTTTCAACCAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000056277:ENST00000370978:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains