HsaINT0186895 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000130844 | ZNF331
Description
zinc finger protein 331 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:15489]
Coordinates
chr19:53539216-53569385:+
Coord C1 exon
chr19:53539216-53539282
Coord A exon
chr19:53539283-53569303
Coord C2 exon
chr19:53569304-53569385
Length
30021 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
CTCTTTTTTTCCACCCCTAGCTC
3' ss Score
9.52
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCAGCATCCTTCAGAAAAAGCATCCCCGAGGAGGAAGACGAATCGTTAAACATCTGAAAGGGTCAG
Seq A exon
GTGAGTATCCTTTTTTTTTTATATTAAATGATATGTGTTTATAAGACTTAAGACCAAACATTAAAGGTAGATGACCAAGATTTGAGTCCTGTTTCTGCCTCTTAGCTTTTTGAGCCTTCTGAAGATAGGCTTGTGAGGAGGGTGAAATGCATTAACACGCATAAAACCCATAGACGCGCACCCCTGAGTGGGAGTGCACAGTGAGTGCTGCTGTTTTGTGCTAAGTCTGGATGTCTGTACATCAGGAGCAACGTACATATGAAGGTAACTGGGATGGGTGTTTGCAGGTTCACAAAATGAACCACAGCCTCAAATGGCCTAGAACTGTTATCCTTAACCTGAGGGCCTGCCTTTAACTCCACTTACAACTTTCCAAGGGACATTCTGTGTATATTTACTGTATGTGATTATCAGTGTTAGTGTATCTGTCCCCCACCACCACCACCCTAAGGAGATACTCTGTAATTTCATGGCATTAAGAAGGATGGACATGCCCCAAAGACATTTAGACCCATTGGTCTACAATCGAAGGCTGTGTACCTTGACCACAATTATTGTTCAGGATGGTGGAAATGGTTAAGTAATTATACCACGTTCATTTCATGGAATACTCTGCAGCTACAAAGAAGTAAGTTTAGTTATAACCGTAAGAAAGAAAAATGCACCTGACATAATATTAAACACTACTAATAGTTATTAACAATAGTAAATGAAGGAAATGCTTCAGTTGCCTACAAATTCCATTGAATAAGATTTTTGTAAATACCTTATCCAACATGACATTTTAGTATATTATTTAGGATTATTCATGAATCCTTCAAAAGAGAGGAGCCTGGCCACATTTATTGAGCGCATTTTTGTACCATACTCTATTGTGTTTTGCACACACTCCTTAATTTATTCTTACCTTAGTCTGTAACAAAGTACCATAGACCGGTGGCTGAAACCACAAACATTTATTGCTCACAGTTCTGGAGGCTGGAAGTCTGAGAAGAGGGTACCAGCATGGTCAGGTTCTGATGAGGGCCCTTTTCCAGGTTGGAGACTGTCACCATCTTGCTGTGTCCTCTCACGGAGGACATGTGTGTGCTTGGAGGCTCTTTGGCAGAGCTCTAGGAGGTGTGTGTGCTTGGAGGCTCTAGGAGATAGTCTTTTTTTTTCTGTAATTGAGATGGAGGCTTGCTCTGTTGCCCATGCTGGAGCGCAGTGGCACAATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGATTCAAGTGATTCTCCCGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACATGTCACCATCCGCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTGGAAACAGGGTTTCTCCTTGTTGATCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATTAATTAGCCGGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGAGCCTGCCCTGTGGGAGGTATTTTATGTCCTTGCTTTTGCTGGCTTCTAGACACTGCCCCACATGCCTTGGTTTGTGACCCCTTCTTCCATCATCAAAGCTGCAAAGACAGGCCAAGTCCCTTTTCCATCACGTCACTCTGACCCTACTTCTTTCTGTTCATCTCACCCTCTTCTCATTTTGAGGACCCTGGTGATTACATTAGGCCCGCTGAGGTAACTCAGGATAATCTTCCCTATTTTAGTGTCAGCCCATTAGCAATTTTAGTCCGCCTGCAACCTTAATTCCCCTTTGCCATGTAAGGTAATATCATCATAGGTGCCAGCATTACCATATTGACATGTTTGAGAGAGGCAACGAGAGAACAATAATCATATTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTCAGCTCGCCGTAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCCTGCCTCAGTCTCCTGAGTAGCTTGGATTACAGGCATGCGCCACCACACCCAGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCTTTTGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAGCTCCCGACCTCAGGTGCTCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCGGCCTATATTTCTTCTTTTATGTGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCCTTATAGACAAGGTTGTGTTCTGTTGCCCATGCTGGAGTGCAGTGGGTTGATAATAGTTCACAGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTAAAGTGGTCTTCCCACCTCGGCCTCTCAAGTACCTGGGATTACAGGCACCAGCCACTGTACCCTGCTCCTATCTTGTTATATTTCTTATAATAGGATTAATGCAGGCCTGCTGGGGGCAAAGAAAGAAACAGTCCCTAAGGAGCCCTTAAAGAAGAATCTCCAAATTACCCATAATTGTACCATCCAGAGATAATCACTGATGAACATTTTAAATGGCCAGCACTTTGGGAGGCCAAAGCGGGATGATCACTTGAGGCCAGGAGTCTGAGACCAGCCTGGGCAACAGTGAGACTCCATCTCTACTAAAATAAAAAATTGAAAAAGATTAGCCAGGCATGGTGATGCATACCTATAGTTTCAGCTACTCAGAAGGCTGCTGTGGGAGGATCACTTGGGCTTAGGGGTTCCAGGCTGCAGTGAGCCATTGCACTCTAGCCTGGGCAACAAAGGGAGACAGTGTCTCAAAAAAAAAAACAAGAAAAAAACATCTGAAATGGTATTTATGTTTCTAGGCCTCTTCTTTGCCTCTAAGCATGTGTGTGTTTTGTTTTTGGAGTATTGAATCTTGCTAATTCATCATAAATGAGTCAGAGACTCCAAATCTTAATTTATAAAAGGAATCCAACCCAGCCATGAGTCGCATTACACCTGTGTGTGTGTTGGGAGGGGAAGGGCTATGCCAGTGATCTTTGCCTTGTTTTGAAATATCTCACATATTTCTACCTTGTAGGATTAGAAATCCATCATCTGAATCTAACCTATGGTAACAAATTTTCAAGAAAGACAGCCTTTTAGAATTAGATTATAGAATGTTAATGTTCCTTTCCCAGGACATCACAATAATCACCCATGAACACTAATCACTGGGTGCCTTGCAGATACGGACTTTCCATGTGACATTAGCAAGATTATTTGTACAAGTAACAAATATGGGCTGTATAAGTAACATTTCCAAGATAGAAAAAGAATTAGATGACAGTATCTCATATGTATCTCCCTTATCCCGTGGAACACAAAATTCAGCCTCTTGCTAATGTTCTCAACTTGGCATCTTCTCAGATTAGAGTCATTAAATTAGATTTTCTTATGCAGAACAATGTCTCTGTCCCCCTAGTTGCTGATGGAAAGGGAACATTTCCTCGTTATATTTCTTAGAATCTCTTTTGCTAATGTATTCATTTTGTTAAACAAAATGAATTTCATTCTTAACATCAGACTCTGAATGTTATTTTTGGTTAATATTGATTACGCAGACAGCGGGTTCAAGGAAGGCACTTTTGTTTTTCTTGAGACAGAGTTTCGCTCTGGTTGCCTAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCGCGGCTCACCGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCTTCAGCCTCTTAAGTAGCTGAGATTACAGGCAAGTGCCACCACGCCCAGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCCGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCGAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCGCCCAGTGGCACATTTTACCATTAGAAAAAAAAGGAGGGGGCCAGGCATGGTGGCTCACACCTGTAATCCAAAGCACTTTGGCAGGCTGTGAGGCAGGAGGATCGCTTGAGCCCACAAGTTCAAGACCAACCTGGGCAACATGGTGAGACCCTGTCTCTATTATGAATTTTTTTATTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCCCTGTCTCCCAGGCTGGAGTGTAATGGTGCAATCTTGGTTCACTGAACCTCCACCTTCCAGTTCAAGCAATCCTCCTGCCTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAAGCGCGCACCACCATGCCCAGCTAGTTTTTTGTATCTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCACGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCGTGATCCGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACGCCCAGCCTTATTATGAATTTTTTAAAAATAAAAACTATAAAAAGAAAAACTTTTTTTAAAGAAAAAAAGCAAGGAGATTGGCCGACATGAGTTGGTCTTCAATAATAACAGGTAACTTCTATTACACAAATGTCACATATTATTGAGTGTTTTACATAGATTATCATACTTGCCAGTTGTAACAATCATACCATGTAGTACTTTTATTACATTTTATCAGTGACGAAACAGACACTATGAGGCTAACTGCCAGGGTTCAGATTCACATCTCTAAAGTCAGACCACACAACCTGTATTCTTAATTTCATCAAAACATCTCTGCCCAAATTATATACACCTTTTTAATCTACCTTCTTCACTTGGTAATTCATCATAAAAATTTTCTCAAGCCAGACGCGGTGGCTCATGGCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGTCGAGGTGGGCAGATCACAAGGTCAGGAGATCGAGACCGTCCTGGCCACCATGGTGAAATCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTGGCTGGGCGTGGTGGCATGCACCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGTTGAGATCACGCCACTGCACTCCAGCTTGGCCAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAATTCTCAATAAGAATCGATATTATTAGGCCGGGTGTGGTGGCTCA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TCTCTTTTTTTCCACCCCTAG
Seq C2 exon
CTCTAGCCTCTCGGAATTTGTCTTCTTCAGTGGAAACCCCGAGAAGACTGATCAGTTCTTCAGTTCTAAAACAATGGCCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000130844:ENST00000511154:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
ENSP00000253144, ENSP00000393336, ENSP00000393817, ENSP00000421014, ENSP00000421728, ENSP00000422471, ENSP00000422586, ENSP00000423156, ENSP00000423263, ENSP00000423675, ENSP00000424835, ENSP00000424929, ENSP00000425517, ENSP00000426127, ENSP00000426155, ENSP00000426458, ENSP00000427439, ENSP00000427532
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(galGal4)
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(danRer10)
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(dm6)
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F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains