HsaINT0186981 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000251247 | ZNF345
Description
zinc finger protein 345 [Source:HGNC Symbol;Acc:16367]
Coordinates
chr19:37342630-37370470:+
Coord C1 exon
chr19:37342630-37342806
Coord A exon
chr19:37342807-37367686
Coord C2 exon
chr19:37367687-37370470
Length
24880 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGCT
5' ss Score
6.77
3' ss Seq
GCTTTTATATTTTCTTTCAGACT
3' ss Score
9.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGATGGGCAGTAGGGGCTGAGCAAAGATAACTTCTGACATAGTCAAACCAACTCCCTCTCAGAAGAACCTGATGTTTCCTGACTGCTTTCTCCTTCCTCAGCCCTGCCCTGCTTGGATAGAGGCCTCCGAACAGGAGTAAAGAATGGCTGTTGAACATCCACAAGGCACCTGCAAG
Seq A exon
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Protein Impact
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Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
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No conservation detected
Chicken
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Chicken
(galGal3)
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Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)