HsaINT0186981 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000251247 | ZNF345
Description
zinc finger protein 345 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16367]
Coordinates
chr19:36851830-36878601:+
Coord C1 exon
chr19:36851830-36851904
Coord A exon
chr19:36851905-36876784
Coord C2 exon
chr19:36876785-36878601
Length
24880 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGCT
5' ss Score
6.77
3' ss Seq
GCTTTTATATTTTCTTTCAGACT
3' ss Score
9.89
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCTGCCCTGCTTGGATAGAGGCCTCCGAACAGGAGTAAAGAATGGCTGTTGAACATCCACAAGGCACCTGCAAG
Seq A exon
GTAGCTTGTCCTGTCCTCTTGTTTAAGAAAAATCCCTTTTTCTTTGTCAGGACATAGTTGCTTTCCTTCTCTTGAAAATTCTTGCCTATGAGATGACCTGATCCCTGGAGTTTCCATTTTGAGAAAATGTGGTGTCTTCAAACCCCACCTCCCACACCTGATTTTCCCTTACTGATTTGTCAGATGGTTTTAATTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAATTACAGGCGTGAGCTGCTGTGCCCGGCCTTATCCTTCTACTCTTGATGGACATTTGTCTTGTAATTTTTGGCTACTACAGGCAGTGTGACTATGATCATTTTGTGCGCATATTTTGGTACACATTTGCTTGCATTTCTTTAGAATATATACCTAGTGATTAAATTGCTGATAGTGGCTGGATGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGGGGCCAAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAAGAGATCAAGATCATCCTGGCCAACATGAGGAAACCCCGTCTCTACTAAAAACACAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCACGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGTGCCACTGCCCTCCAGCCTGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGCTAATAGGTAGGGTTTGTACATCTTCAGTTTTACCAAACATTGCCAAACTGTTCTCTAAAGATACTGTACTTATGCCAGCAGTTTACAAGAGTTTTCTTAGCTCCACATCCATGCTAGACATCATAAAACTCTTAAATTTTTGCCAATCTGGTGGGTGTCTAATGTTATATTTAATTTAAATTTCCTTTATTGCTAATAAAGTTGAGCATTGATTCTTGGCCATTTGAATGTCCCCTTTTTTGTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTGAGACTGAGTCTCTATTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTTGAATGTCCCCTTTTATAAGGTGTTGTTCAAATATTTGACCAATTTTTAATTGGGTTTTTCTCTGATTTACGGCAGTTGTACATATGTGTATATATCTTCTGTAAATTAATCTTTTTTCAGTTGTATGTGTGATAAGTATTTTCACCTGCTCTGGTTTGACTTTTCACTCTATGTGGTGCCTTTTGACAAATAGAAGTTCTGGATTTCATTGTAATAAAATCATTTCCTATGGTTAGTCTTGTTTAAGAAATTTTTGTCTACCTCAAGATAATGAAGATTTTCTTTGGTCTTAAAGCCAAAAGCTTGCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACTCGAAGTTTCGCTCTTATTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCATGATCTCGGCTCACCACAACCTCCGCCTCTTGGGTTCAAGTGATTGTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCATACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTGGAACTAGGTGATCTGCCTACCTCAGCCTTCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACCGCACCTGGCCAAGCCGAAAGCTTTCTAGGGTAGGCTTTAATGTTTAGGTCTTTACACCACCTGGAATTTTTATAGGGTAGGATTGAATTTCATTTTTCTCCCGAGTGTGTATCCAGTTATTATAGTATCATTTATTGGAAAGTTCATATTTTCTGCACTGATATGCAGTGCCATTTTAGTAAAAAAATCAAGTGAACATATATGTCTATGTCTATTTCTGGATTCTGTTCCACTGGTCTATTTGTCACTCCTCGCAGTAATAACATACTGTCTTACTCACTGTAACTTTGTATTTGGAGCAAGTACACTTACCTTCTTTTTCCTCAAGAGTGTCTTGGCTATTTGTGTTTCTTTGTATTTTCGTGTCAATTGTTGAATTAGCTTGGTTCCACCCAAACATCTCTTGGAATTTTGATGAAATTGCATGGTACGTATAATTTTTTGAGTAGAAATTTGGAAACTCTTCTACACTTGATCTGAGCCAAAAGGCCAAGAGACAATGGGGGACTCTTCTAATAACATGAGCCTCTCAGTGGATGTAGGTCTTAGTGTTTCTCAACAAGGTCTTGTTTATCTCCTATAAATAGTTCTAGACAAGTAGGAATCACGTAATTCGTTGTACAGAGTATTCCTTTGGCATTGACTGTCTGGAATCTGAGCAGTTCAGATAATGATCAATCATAGTGATAATTTTAGCCTGGGTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTATTGAGCACCTATCTCCTCCTGCCTGTCCTTGTCCCCCTCCTCCACCTCTTCCTCCTCCTCAAAAAGCAGCTGTATTAGAAAGACTAAAATGTATGGTAACTTGAACAGCTAGGTTGTACAAGAAAGGAATTGAAAATTCCCTTTCTGATGTCTTCCAAAACTTGAATTTCATTTAAATGCACCTTATTCTTTCCTCAGACCTCTAACTTCACCCTGGAGTTGAGCAGAAACATGGCTTGCCTTTTCCCTCAGATCAGTCTTGGACTCCAGACAAAGGGTTGGAACTTTGAGCCAATAAGCAGGTTACTGGTAACAGTGCCTGAGGAAAGACAAAGCTATGGGTGTAAGGTTCTTTATATACGGTATCCTCCCACTCCTATCTTCTCCAGCTCTTTATGTACTAATATAATTTTTAACATTTTCTTTTATTCTTGGCCTTCTCAAATACGTTTTTGGAAGTGGGGATATGAAAATTAGATTTAGATGTAAATGTAGATATTTATTGTCTAATATTTTTTATGTTAGTAACATCTGGTACAATCAAGCCTGCTTTTTCGTTATCTTTTACTCTTCTCACTTATCAGATTTCTTTTTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTGGATGGAGTCTCTCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGGTCACTGTAAGCTCCACCTCCTGGGTTTGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGAGACTACACGCACCCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTGGTGATCCGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGCCCAGCCTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCAGTCACCCAGGTTGGAGTGCAGTGGCGCCATCTCAGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCCCCCGCCACCACGCCCAGCTAATGTTTTGTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACGGTGTTGCCAGGATGGTCTTGATAACCTGACCTCATGATCTGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGAGCCTGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAACAGAGTTTCGATCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGATGTGATCTCGGTTCATCACAACCTCTGTCTCCTGTTCAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGATCCTTCCTGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATACACTCACCTCGGCCTCACAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCCGGCCCATGTTTCTTTTTAACTACGCTTTTCTCTTCCCGACCTATCACCTCCACTGTGCTGTGTGAGGTAATTTCTGCCTCTACATCTTTGCCATCTTTTCTTACCAACTCTTTAGTTCACATATTGTCTTCATTGGGAAAAAAGTCATCTCAGATTATTTTACCCACACTAGCCTTATCTCTCTGTAATACGACATAAAGAGCGTGACCTTAAGTATCAGAAAAATGTGGCATCTGATTTCACCCATACCACTTGTGAGTTTAACCTGTGAAGAAGAGATAATAATTTTCTGTCAGTGTCGTCAAGATTGAAATAACTTATGTGCACAACACTTAATACACATCAGGTGTTGAGAAAATGTTATTTCCCTTCTTTACTTTTCTTTCTTGGGACCTCTATATCAATTACAGTAGAAAGCATTTAACTAAATGCCTTTGGTTTTTCCCAAAATATCTTATATGTAAGTTTTGCTCCCTACCTACATTGTAAATCATTTAGAACCAGGATTGTGACTTTCCGTTCTCTTATATATAACTTTTCAATCCATTTTAAATTTGTTTTGCTTTGATTTGGGGATCTAAATTCAATTTTTTCTCATTTACCTGGTCTTATTCCCATATTATTTATTCAGTGATAACTTATTTGCTTTTCTCTTACTTTGTACTGCCTACTTGGTGATATTATAAGTAATTCGTATTATATATTTGAATTTTTTTTCAGTTCTTTGATTTATGTCTCTGTGCTTCCGCCTGAACCATGTTTAGATTTTCTTTCAAAAACCTTTGAATACATGATCAGATGTGTCACTTCTTAAGATTGTTGTATTTGGCCAGGCCAGTGGCTCATGCCTGTAATACTAGCACATTGGGAGGCCGAGGCAGGCGCATCACCTGAGGTCAGGAATTTGAGACCAGCCTGGACAACACGGTGAAACCCCATTTCTATTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCAGGTACCTGTAATTCCAGCTACCTGGGAGGCAGGAGAATCGCTGGAACCCGGGAGGCAGAGACTGCAGTGAGCCAAGATGGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAACGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGATTGCTGTATTCTTTATTTTCATTACAAAAAGAATTCC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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains