HsaINT0187292 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000173275 | ZNF449
Description
zinc finger protein 449 [Source:HGNC Symbol;Acc:21039]
Coordinates
chrX:134483035-134493930:+
Coord C1 exon
chrX:134483035-134483239
Coord A exon
chrX:134483240-134493816
Coord C2 exon
chrX:134493817-134493930
Length
10577 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGG
5' ss Score
9.68
3' ss Seq
CCCATCTTTCTTCTGGCCAGGAT
3' ss Score
7.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGATATGCATGACATGCTCTTGGAAGAACTGGCACCAGTGGGAACGGCACACATACCACCAACCATGCACCTAGAGTCACCTGCACTCCAGGTAATGGGACCTGCCCAGGAGGCCCCAGTAGCAGAGGCATGGATCCCACAGGCAGGGCCACCGGAGCTGAACTATGGTGCTACTGGAGAATGTCAGAACTTTCTGGACCCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GATATCCATTACCAAAACTTGACATGAACTTCTCATTGGAGAATAGAGAAGAGCCATGGGTGAAGGAATTACAGGATTCTAAAGAAATGAAACAATTACTTGATTCCAAGATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000173275-ZNF449:NM_152695:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.432 A=NA C2=0.487
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0202312=SCAN=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)