HsaINT0187356 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000196263 | ZNF471
Description
zinc finger protein 471 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23226]
Coordinates
chr19:56511517-56516401:+
Coord C1 exon
chr19:56511517-56511604
Coord A exon
chr19:56511605-56516274
Coord C2 exon
chr19:56516275-56516401
Length
4670 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
GAATATATTTGTCACTTCAGGAC
3' ss Score
6.46
Exon sequences
Seq C1 exon
CCTTGCCCTCCCAAGACACTGTTCTTCAAGAGAAAGACCAGAAGAGAAGGCAAAAATGAATGTTGAAGTAGTAAAAGTCATGCCCCAG
Seq A exon
GTTAGTGGATATTTTCTTTCTCTTCATGAAAGGCAGTCTTGCTGTTTAGGACTTTTTGTAATGCTTCTTTTCTTTTGAAAATTCCCTGATTAACAGTCCAGGAGCCTAGTTCCCACTTCTCTCAGGGGCCACTGTCTTTAACTCTAATTACCTAATGAGTGAGTAATAGCTTAGTATAAAAAGTCATGGAGGTCCCTCTGAGATTCCTCTTCCCACCTTGTGTACATTTTAAATTTAGTGTTGACTCTTGTGAAAAGACTTGATTTATGTTGTGTGGAATATACATGTGGATATGTTAGTACTAGTGAGTTGGGCTCCAGGTTAAATGTGCATGCAGTGCGTTTCCTATATATAGAATGCATTAGGAATTATTCCTCTACCTGAAGTTTTCTCCAAATCTCTAATTATGTCCTTAAGATAAATTCTTTAAAAGTTTTTCTTTACATTTTAAGTATGAATTACCAACCTCATTCGTTCACCTGAAAAATCTTATTCTACTTAATTTTTGCAAATTTTATAAATTTAAATAGGTGAGAAGTTGACATGGTACAAAATTTACAAACAAATTTCACCCTTAACTCCCAGTTATTTTAAGAAGTTATTCTCACCATGTATCTCATTCAGAGCTATGTTATGCCTTTGCGTGTATACAAAAATACTTTCTTCCCTTCAAAGTTAATGATTTTTCGTGTCTTGTTGATGAAATTTTTGTCTACCTTTAGGTCCTATTTTTCTTCTAAGATTTGTTTTATCCTTCACAGTTAAGTTTCTGGTAAGCTTAGACTTGATTTTTGTGGTTTTCTATCATGGTAGGGCTGAAATTACATTAACTTTTTATGTTAAATTTAATTTACATTAGATTTTTACATTTAATTTACATTACATTTTTACATTACATGTATAATTTATAATAAGTGAGGCAGAGATTTATTTTTTCAAGTTGGCACAATGGCATTAATTGAATTATTCATCTCATTCTCACTAATTTGAAATGCCACCTATATCATGCACTAAATTCCTGTGTGTATTTGGTTCTGTTGCTGTACTACACTCAGTTTTACTTGAATTTCTGCTTTTAATCTTTTAATTTTTAAATATTATATTGCACATGTATAAGAAACAATGTATAAAAAGGAATCCTTAATTCTCCCACTGTGAAATTCCCCTCCTCACATTTTTTCTAAGTGGAAAATGTGTTTTCATGACATACATGAGTGTCAGATGTCCATAATTAATGCTTAATTAATTTATATGCTTCATATGGAAAGTTACGTTAAATTAATTTTGAAACACTGCTTTTTTTTCTTGTGCTGTCAGAGTTCATGAGATATTAAAAAACATTTACATGGATTCTGGGCATCTGTGTCTTCCTCAGCATTAAAACCATTTTGTGAGTTACCTAACATAATTTTCCAAAGATACAGACCTTTTAGTTTGTGTGCCTCATGTTGTCATTAAAATTCTACCTGAAGTCACAAGCACCATACACAACAGAATTAGTCCCCTCCAATTTGCCCTATAGAAGTAAGTTGGGATCTCCACAATACAACTTACTGTCTTTAGTTTTGATATTTAACCTCATACTCCTGAATAATGTTCCATACACTATTTCTTGATTATTTTAGTTTTAGAAATGATCCAGTAACCTACTACTATAGATGATAAAGATGCAGTCCATTAACCCCACCACCTGAAATGCACACACACATGCTTATTTGATAGACTGTAAACATTATTCACTATTTTTGTTTTAAGTCAGTGTTCAGCGTAGCTTGGTGTCTTTCATCAATTTGGAAATTTTTCAACCACAAATATTCTGAAACTTTCCTCTTTTTCTAAGATCACAATTATATACATAACTGACACTGTTTTATATGTCACTTATGCTTTAATTCTCTCTTTAATTCTCTAATCTCCTGTTAAGCCCATAATGGAATTCTTAACTTCTGTTATTGCATACTTAGTTCTAGAATTTCTATTTAATTGTTTTATGTAATTTTCTATTTTCTTCCTGAATTCACTACCTTTCCTTTTAGCTCCTTAAAAATATTATCATAATATTTTGGTATCCTTGTTGGATAATTCCATTATCTGGATCTCTTATGTGTTTCTATTTTGTGATGTTTTGAAAATTATCTTGTTTTTTGTCTTAAATGCCTCATTTTGGGTTTAGTGCTAGACTTTATATATTTTTAAAAGATAGTTTGAAGCTTTGATGTCCTCCTCTTGAGAAGGTCTACTTAAAAAATAAATTTTATTTTTTAGAATAGTTTTAGATTTGTAGAAAAATTGCAGAGATAGTGTAGAGAAATCTTATACCACACCAAGCTTCCCCTATTAATATTTTACATTAGTGTGGTACTTTTGTTAAAATTAATGAACCAATATTGATATGTTATTAGTAACTAAAGTCCGTGCTTAGTTTAGATTTTCTTTCATTGTTTTAACTTTTTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCAGGATCATAGCACACTATAACCTGCCTCTCCAGTTCAAGCAATTCTCGTGCCTCGGCCACTCGAGTAGCTGGGATTATAGGCATGCACCACCATGCACAGCCAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGGTGGGGTTTTGCCATGTTGTCCTTGCCATGCTATGTAGGCTGGTCTTGAGCTCCTGGCCTCAAGTGATCTACCGGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAAGTGTAAGCCACTGCACCCGGCCAGGCTTTCTTAGGTTTTATCTAATGTTTTTTTTCTGTGCCAGGATTCTATCTAGGAAATTACATTACATTTAATAGTCATATTTCCTAAGACTCCTCTTAGCTGTGATAGTTTTTCATACTTTGCTTATCGATGACCTTGTCAGCTTTGAGGAATACTCAGTTATTTTGTAGAATGTCTCAAATCTGATGCTTTTTCATGATTAGACTAGGGTACTGTGTTTTGGGGAGGAAGACTGCAGAGGTAAAGTTCCTTTTTCATCACATCAAATCAGGGGTGCACACTGTAAACATGATTTATTACTGTTGATGTTAATAGATGTTAACTTAATTAACTTTGAGGTAGTGTTTGTCAGGTTTCTCTATAATAAGGTTACTCTTTTTTCCCTCACTTTTCCATACTGTACTGTTTGTAAGGAAGTCACTATGCACAACCTACACTCCAGAAGTGGGAAATTATGTTCTACCTCCTTAAGGGCAAACATAAATCATTTGAAAGATCTTCTAAATGAGATATTTGCCTATTTTCCTCATTTATTTATTTAGTCTTAATTTAGTCACTTACTCAGTATTAATCCTCCTGGAAATTTCATAAATTATCTGATACCTTGCAATAAATGGTTGTGTCCTTAAAAAGAAAAAAGAATTACAAGCTCTTCAGATGCTATCCATTGGGATTTACTTCATTGGTTATAGCATTATCAGTTAAAAAAAATCACTACATATACATGCATACATATATGTAAAGTTATTCTATAGATATTGGTAAAATTCTGGTAGTATATATACTAGATTACTAACCATAAGTACCAGGATCAAAAGCAGTTTTTTCTGTGGGAACAGCCAAAGCTCCTCTGTCCTTAATAGTCAGCAAAATTATCCTAAATATTGGAAAGAATGTGAACACCTTTTGCTTGCATTGAGGAATACATCTCATTTTATAAGAATATGTGAAATGATGGTTCTTAGTTCTCAACTCACTAGAAGGTGAAAACTAGAATTCAGTAAAACTGTGAGTACACAGAGAAATGTAAACAATTTTGTAATTCTTTTATATGAAAAATATATTAAACATTTTCCTAAAGGTATGTATATCTTCTAAAGTCCCGTACATTGAATATCTGTTTAAAATGTGCTTTTAAACACTAATCTTCAGAACAAAGACATGATACAGAGATTACTGTTTAAAGCGAATTAAAATGTGCTCATAACCTTGTCTTTAGTTATATTTTTGATAACTTTGCAAATCAGGCACTAAGATTAAGAAGATATTCATTTTCAACGGAAGTAAATCTGAAGGTGAAAAATGCCCACAATAACTTTTAAAATTTCTTACAAGCTGCTGGTGATTATAACTGGTCATTAATTTTTCTCTAAGAATATTTAAAAGTTATAACTTCAATTTCATTTTGTTCTGCAACTGTGGGTTCTACCAACCGTGGGTGGAAAACACAGTATTCACTGATGCAGACCTAAGAAAATTGCATTCTTAAACATGTTTTTATTATTTAAGAAAAAAAAATCAGCTACATTAGTTCAATGCCTTTCTCCAGCCCCTGCCAATAAAACTTGGATCCCATGGAGTATCATTTGAAAAATATCAGTTTAGATATTCCTTTTATGCTTTTGAAGATTCAACACAGGTGTGTGTTCTCCCTTGAAGCCGTCTTCACTGCCTTGTAGTTATGCACCCATATTTCCCTATGTTCGGAATCGATTGGCCCCATTGTACCCAATGCAGTTAAACACTTCCATAAGTACTGTTTTGGCTTGGATCTTCCTATTTATGTTTTTTCTCTTCTATGAGTTATTTCTCACCTAAAGTAGAGACACTTTGGATCAACTCAGAGTTATCTTTGGACACGAGCATTGGTTGGTTAAGAATATATTTGTCACTTCAG
Seq C2 exon
GACTTAGTGACATTCAAGGATGTGGCAATAGATTTTTCCCAGGAAGAATGGCAATGGATGAACCCTGCTCAGAAGCGTTTATACAGGAGTATGATGTTGGAGAACTATCAGAGCCTGGTATCACTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196263:ENST00000308031:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains