HsaINT0187601 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198131 | ZNF544
Description
zinc finger protein 544 [Source:HGNC Symbol;Acc:16759]
Coordinates
chr19:58758077-58775008:+
Coord C1 exon
chr19:58758077-58758160
Coord A exon
chr19:58758161-58772216
Coord C2 exon
chr19:58772217-58775008
Length
14056 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
GCATTTTGGATTTCTTTCAGACT
3' ss Score
7.54
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198131-ZNF544:NM_014480:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.316 A=NA C2=0.137
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0),PF146291=ORC4_C=PD(38.6=93.1)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)