HsaINT0187601 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198131 | ZNF544
Description
zinc finger protein 544 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16759]
Coordinates
chr19:58246746-58263644:+
Coord C1 exon
chr19:58246746-58246794
Coord A exon
chr19:58246795-58260850
Coord C2 exon
chr19:58260851-58263644
Length
14056 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
GCATTTTGGATTTCTTTCAGACT
3' ss Score
7.54
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198131:ENST00000599227:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.550 A=NA C2=0.142
Domain overlap (PFAM):
C1:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains