HsaINT1010280 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000268516 | CTD-3138B18.5
Description
NA
Coordinates
chr19:58257270-58278808:-
Coord C1 exon
chr19:58278523-58278808
Coord A exon
chr19:58259692-58278522
Coord C2 exon
chr19:58257270-58259691
Length
18831 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTTGT
5' ss Score
6.36
3' ss Seq
AATCACAAGTGTTCCTATAGGAG
3' ss Score
2.41
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGAAAGGCAGAGGGAGATTTGAAACACAGAGGAGGTGATGAGAAGACACAGCAGAAGATATCTGAAGACTGGAAAGAATGCTGCAACCAACAGGAGAAGGAAAAGACAGAAATGTGTTTTCCATTTGGAGCATCCAGAGGGAGCACAACCATATCAACACCTTGATTTTGATCCAGTGACATTGATTTTGGACTTGTGGCCTCCAGAACTTTTAGAGAATAAATTTGCATTGTTTTAAGCCAACAGGTTGGTGGAAATTTTTTACAGCAGCCACAGGAAGCAAACACAGACTCCTAACTGGTGCTTAGTCCTAGAATATCAGTTTCTGTTCCACTTCTGGATCTCATAATTGCATCTCAGACATCAACACTGACTTCATATTCTTAATGCACCAATTCTACCATTTCTTCAGGCTGCAAACAGAGAAAAACTTATTTAAGCATTCCAGAATTGACCCAATAGAAGACTCTCCAGAAAAGACTGCATGGTCTCTGAAGCAGCATGATCAGCATGACTGGCTGCATCTGGGCTCCACCGTTTGCCACTTCAGACAGGTCCTTAGCCTCTTAGAGGTTCATTTTCCTTGCTGTAGCCCGGAGTAAGAATGTTTAGCCTACAAGATTTATTTTGAGGCATCAATGAATCACTATGTGAGCCTCACACAGTGTCTGGCACTGATATTACAAAATATGGTTGATCTTGCCATCCTTGTTATTGTCCTGGTGGGGATTCCTCTCTGTTGAAGATACGGAGCCTCTAAAAATGAGTGGCAGAGGCTCCCAGCTCAGGATCCTTGTCCAGGTCCTAAAGATCCTCCACTCTGCTTGTCACTCTGTTCATTATGTTTGCATGGCCACCACGGTCAACACTACTGCGGCCTACCTCAAGTTCTCATGCCTCACTCTCTGAGCTCATGAGGACACAAGGATCCTTTGGCAACACATTAACTACACTCTGTGGCCATCCCTTGACTTCTGAGAGGATGTTTCCCTCCTCTCAATCAAAAGCTCTCTTCCCTCCTGGGCAAGATCCTTGCATGCACCCAGCACCCTCACACCTGGTGCCCTCACACCCAGCACTCTCACACGTGGTGCCCTCACACCCAGCACCCTCACACCCAGCACCCTCACACCTGGTGCCCTCACACCCAGCACCCTCACACCTGGTGCCCTCACACCCAGCACCCTCACACCTGGTGCCCTCGCACCCAGCACCCTCACACCTGGTGCCCTCGCACCCAGCACCCTCACACCTGGTGCCCTCGCAACCAGCACCCTCACACCTGGTGCCCTCACACCCAGTGCCCTCACACCCAGCACTCTCACACTTGCACTGTCCTCATCCCAACTCTGTGGTTCCTCTGGGGAATCACTGTGGAATCCCTCATGGGAGGATGTTTTCAAAAGAAACAACAGCCCAATGAAGGGTATTTGAGGATGAGAAGCAGGAAAGAAGTCAGTGGGTGGCTGAGTTGTGTCCAGGTTTTGCGTGGCCATGGAAAATCAGGTGAAGGACATTAAATATCTTGCAGTGGCTTCTCCATTAGGAGCATGAAATGAGGAAAGGGGCTGTCCTCACAGGCCAGCCAAGAGGGATGCCTATGCCAAACAGAAAGACTGACAGTAAACAGAATCCAGGATGACATGACTGAGGTATGGTGTGCAGGGCATGGCCCAGGGAGGAGGGTAGATAAGTAAGCCTGGGTGCACCTTCAGAGGAAGAAATAACAGAGGCTGCAGGCGAGAGAGTTACAAGGAAGGAGGAGCAGGAAGACACGAGAAAAATTCAGATAAACTCAACATCTCCAGCCTGGGGGAAACGTGAGAGGGTGGTATGAAGATACACACGATGCATGTTGCTTAGTGAAAGCAGCCAGTCGGAAAAGGCTACGTAGTGAATGACCCCAACTATGACATTCTGAAAAAGGCAAAACTATGGAGACAGGATAAAGATCAGTGGTTGCCAGTGAGGCAGGAGAATAGGGTCTGGGGGCAGGGAGCCTAAGGCTGATTCATGCTGACTTCATGAACGGAATCAAAAGGAAAACCCTAAATTTCCATGCCCACGTAACAAAAGGATCAGAGGCTACTCCCTTTGCAACTCCCCCCAACTTTCTGTGTTGCAGATGAAAAATGGAAAGTGCCTCGGATTGGTCCCCTCCTGCAACCAGTCAGACATCTGCATAGAGCGTAACTTTGTAACTTCACTTCAGCCTCTGCTTGGTCACCTTCCACAACCAATCAGACTGGTCATGGGCCACTATTTCATAGGGTGTAAACCAAGTGACCAATGGGAAACATCTAGAGGGTATTTAAACCCCAGAAAATTCTGCGACCAGTGCTTTTGAGCCTTGCTTGGGCCTGCTCCCACTCTGTGAAGTGCATTTTTGTTTCAATACAGCTATGCTTTTGTTGCTTCTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000268516:ENST00000597230:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains