HsaINT0187662 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000171466 | ZNF562
Description
zinc finger protein 562 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25950]
Coordinates
chr19:9660720-9675058:-
Coord C1 exon
chr19:9675015-9675058
Coord A exon
chr19:9660875-9675014
Coord C2 exon
chr19:9660720-9660874
Length
14140 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGT
5' ss Score
8.95
3' ss Seq
TTGGTGATTGGTATGAACAGGGC
3' ss Score
3.29
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGTGCCGTTTAACCTTTATTGTGGTGGAGTCCACCCCGCTGTG
Seq A exon
GTGAGTTCTACCTGCTTGGGGGTCCGGGACATACCAGCGGGGCGGCAAAGGAAGGATTGGGCGTGGTCGCCCAGGAGCCTCTCAGATCCGCCTAGTTTCACTCGCTTTTCTAGGGGCTGTCAGTCCTCCTGGTGCGGCCTCTGGCCAGTTCCGAGAGGCCGCACAGTCCGTCTGGCTGCGTCGGGAAGTGTGTTTGTTCCGCCTCCGCCGGGTGTTTTCTTGAGTACTTTCATCCGCTGTGCTCCTCTCTTGAAAAGCTTGGAAAGCAACCTTTGGGAGTTTTTTTCTTTCCGAAAGGAAAAGGATTTCTGCCCTTCTGGTGAGGTTGGCTCTGGCCCCGCATTCTCCCGCGTCTGGAACCTATCTCTTCCGGCATGTTCCTGGTGAGCAACGGCGGAAAAATGGTTTCAAGAGGGCTGTGACTTCCATTTATTTGCTAAAAAATGTCTCATCTGAGAATCTGGCGTTGTCTTGATGTCCTTTACTTTTTTTTTTTTTTTGATTTGGAGTCTTACTCTGTCGCCCACGCTGGAGTGCAGTGGCACGATGTTGGCTCACTGCAACTTTCACCTCCCGGGTTCAAGTGATTGTTAGATATGAGTTTTAAATTTCTTTTTAAAAAATCAATATGTCAGTATGTTTAATTCTTTGCCTTCTACTTTTAAACTTCTCCGTAAAGCAACCTTTTTCGATCACCTGCTCCACCCTGACTCATTCTGATTACCTGCTCCACCCAGACTTATTTCGATTACTTACTCCACCCTGACTCATTTTCCACCCTGACTCATTCCAATTTCCTGCTCTGTTATAACCATTTTCCCCAACAAACCACTCACCCTGTCACTCTCTTTAAATTAGCCAATTGGAATTAGTTTAGCCTGTGGGGTCTAACCCTAGCCATCGGGGAAGGACAAAGCGGCAGGGGCCACTTTCCTCAAGAATAAGAACCCCTTCCCCTCCCTTGTCCTGGTGTGTGCTCACCATTGCTCCATCTGTGAGGGCACACCCTTCTGTAGAAGTAAATTGCCTTGCTGAGAAAAGAAAATGTTATATTTGAGTGCTTTTTTTTTGTGGCATGAAAACTTTATAACATGATTCACCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTCCAGGCGTGCACCACCACACCTGGCTAATTTTTTATATTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACCCGCCACTTATTTTTGACACATTACATTCAGATGGAAAAAACATAGTTGTTTAGGGTGTGCCCGTTTTTGTATGTAAATATGAACGCGTGTAGACTAAGCCTTTAGTTTTTAATTTTTATTTTCTTGCAGGTTATTTTTTTTCTAATTGTTACCAGCTGCAAGCCTTTCTACTTAAAGCCAGGCCAGATGCACTGGCTCACACCTGTAATCACAGCACTTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGATCCAGACTAGCCTAGCCAACATGGTAAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCTTGGTGGTGGGCCCCTGTAATCCCAGCTGTTGGAGATAAAAAAATAAAACGCTGGGTGCTGCAAAGTGAAACCAGCACTCAGGCAAAAGTTTTCTCAGCAACGCAATTTATTTCTATAGAAGGGTGAGTCTCGTGGATGGAGTGATGGCGAGAGTACACCAGATAAGGGAGGGGAAGGGGTTTTTATTTCTAACGCTGGGTCCCTACTTCTGTGTCTCTCCCCCGTGGGTTAGGGTCAGACCGCAGAATCTAAACTGACCCTATTGGCTATCTGTGAATATTTTCCCCAAATAAGGAAGGGTAGGGGGATGTGTGAGTCATGATGGTGGGATGTGCAGTTTCAAAGAGTGGAATAGCTGCAGAATGAGTAGCCAAGGGAACAGATGTGAGTTATTGATTAGAGCTGATGGGAAGGTTGTTTACAGTAACTAGAGGCAAGGAGGCATGGAGAACAGGAAAGTTGAGTTTGAGAACAAAGAACAAGGAAGTTTACAGGCTGAACTTTTGAAGAGAAATTCAGAGAAATATATTGTATCTTACACAGCTACTCCGGAGGCTGAGGCAAGAGAATCACTTTAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCATTGAGCCGAGATCCCGCCACTGCCCTCCAGCCTGGGTGACAAGAGCGAAACTGTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGGCAATAATACTCAACTATTCTCTTCATCTGAAGTTCTTAGGTCTGTACTTCCCCACAGTGCTTCAAAACAGAGGCCTCCAGGAACCAGGAAGAAAGAATGGAGGCTTTATTACACTGACACTAGAATTATTTACTATTATAATCAGAATAGTATTCTAGTATCAGTGTAATAAAATATCTAGTATCTGTATAATTTATTAAGAGCATGTTTGGACTAAGTGTAGTTTTTACATTTTTTTCTGAAAAATTTGATCCTAAGGAAAACTTGAACATCTAACACACCCAGTCTAGTAGATTTACTTAATTTTTTAGCATTTTATTTCTTTCTCCTCATGTAAATCTTACAGTGAACAATTTGAGTGTAAATTGAGCATAAATTGTACATGTGATGCTTGACCTTTAAATACTTTGTAATGCACCTCCTAAAAATAGGCATTGTCATACTAAAACCACAATACTAGTATTTCACTTAAATTAAAAATAATAATGTCATCTAATGTCTACTTTCCGTAATAACTAAAATTCTCCTCATTGATTCAACGTATGCTCTTGGGTGTTTTTGGATCTAAGATCCATTCAAGATTTTTGCATTGCAATTGTCAGTGTCTTCAGTGTCTTTTTGCCTATAACAGTTATTACTGTCCATTATATTGACTTTCAGAGAGTCACACTCATTCTCTTAGAAAGTCATACAATCAGATATTTCTGATTGGATTCTCATGGTGTGTGTAAATATTCCTTTATTTCATGCGATTTCCTACAAACTTGGAATTGGGTCCAGAGGAGAGGCTGACAACAGTTGTTTGATAATGGGTGACAGTATGTACTTCATGCTTTGGGGACCAGAAAGTCTCAAATTACTCAGTTCAGCCTTAGTTACTTCATGTCCCATGACTAGTTGTTCATTCTCTGTCATGTGCTAGTGGCAAACCACAACCTGTTTCTCAAGAGAAAAACAGTTAATCTGCACAAGAGGGCATGGATTGACTCTGCAATACCAGAGGGCTGTACTCTACATCTTCTGTTGGTGCATGCCGGAGGCTTCCAATAAATAACATGCCATTTAACATGGACACGTTGAGTATCACTGGGTCTGCTGGATCAGGTGGACCAAGTGCTTAGGAAGCTTGCATTGCAGCCTGAAATTGCTCTTGTCTACAGTTGAAACTAGAATCCTTACAGGTAACTGTGTGGGGCGTTAAAGTACATGCAAATGTATGTGTTGCCTCCAAAATTCAAGAGGTCTATGGATGGTAGTTTTTGAGAAACCTCCATGCTGGGTTTTTTTTCTTTTTTTGAGACAAAGTCTTGCTGGATCACCCAGGCTGGAGAGCAATGGCATAATCATGGCTCATTGCTCCTTGTTAATGGTAGGTGGTATTAGGTGCAGTAACTTGGAGTGACATCTTGGAGGGATGTCTTTACATGATCCAGACAAGGGAATATCTTTACCCACAGACATGGTGGCCCCAGAATCTCCCACTCCCTATTTTACAATCCAGAAAAATTTTTTTGATTCATAATAGATGAACATATTTTCAGAGTACATGTGATAATTTGATACATTCACATAATCAGGGTAAGTAGCATACCTGTCACCTTAAATATTTATCTTTTCTATATTGTAGGAACATCGTTATTCTCTTAGCTGTGTTGAAATGTATGATAGATGCGTATTAAGTGTAGTCACCCTACTGATCTATTGAATACCAGTTCTTATTTCTTCTAACTGTATATTTTACCGATGAATCAACCTCTTTTTTTTTTTTTTTTGGGAGATGGAGTCTCACCGTCACCCAGGCTAGAATGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTCCCGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTAGGATTAAGGGGTGCACCACCACACCCGGCTAATTTTTGTAGTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTACCATATTGGACAGGTTGGTCTCGAACTCCTGATCTCACATAATCAGGGTGATCTGCCCGCCTTGGCCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCTCACTCAGCCTAATCAACCTCTCTTTATCTCCGTCTCCTTCCTACCCTTCTGGCCTCTAGTAACCATCAATCTGTACTCTATGCTCATGAGATCCACTTTTTAGCTCCCACATGTGAGAATATGGGGTATTTGTCTGCTGTGCTTGGCTTATTTCACTTCCATGATGACCTCCAGTTCTATCCAGTTGCTGCAAATGACAGAATTCCATTCTCTTTATGGCTGAATAATAATCTGCTGTCTATATATACCATATTTTCTTTATTCATTCTTTCATTGTTAGACACTTAGGTTGATTCCATATTTTGGCTATTATGAGTAGTGCTGCGGTAAACAAGGGAATGTATATATATCTTTTCAAATATATTGATTTCCTTTCTTTTGGATATATACCCAATGGGATTCCAGATCATATGGTAGTTCTATTTTTAATTTTTTGAGAAACCCCCATACTGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGAGATAGTCTTGCTGTGTCACCCAGGCTAGAGTGCCATGGCATAATCATGGCTCACTGCAGCCTTGACTTCCTGGGCTCAGGTGATCCTCCCACCTCAGCTTCCTGAGTAGCCAGGACTACAGGCCTCCACTAATACACCTGGCTAAGTTTTTTTGTTTGTTTCTTTGATTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACTCAGGCTGGGGTGCAGTGGCACGA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Seq C2 exon
GGCCTCAGATAACCCTGTACAAAGGGGAATGGAGATTGCCTGTATCCACCTAGATTCATAAGCTGCCCTGAGGCGATCTTGGCATCAAGAAAGACAGCATTGAGGCACATCTCACCATCAGCTTCAGAGGATGTCAGCCTTTGATATGTCCCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000171466:ENST00000293648:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains