HsaINT0187688 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198453 | ZNF568
Description
zinc finger protein 568 [Source:HGNC Symbol;Acc:25392]
Coordinates
chr19:37428049-37442450:+
Coord C1 exon
chr19:37428049-37428144
Coord A exon
chr19:37428145-37440413
Coord C2 exon
chr19:37440414-37442450
Length
12269 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAAT
5' ss Score
6.6
3' ss Seq
TTTCTGGTCCTCCATTTTAGAAG
3' ss Score
9.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGTCAAGTCACCAAACCGGATGTGATATTCAAGTTGGAGCAAGAAGAGGAGCCCTGGGTGATGGAGGAAGAAATGTTTGGGAGGCACTGTCCAG
Seq A exon
GTGAATAAGTGAAAAGCAGCTCTGAATGAGAAAGCCACATGAGAGTTGTTCAGTGAAGGGTTGATATCATTTCACAATTTCCAAGATTTTCTTAAAGGCCTTATTCTTCTAGAGTGACAAATGGGATGGAGTGCTTTAGATTACTGTGACATTTCTAGGTATTATTCTTCCTATTTTGCAGATATTTTCCTCTTTTAAATTGTAGAGGGCCAGTAGCCCTATCCAATTTCATAATACCAACCTTCCCTAATTCATTCACAGCTTCACTTTCAGGATTATTGTTCCTCTCTCTATGATCCTCGGGCACTCTCTTTCCTTTATGTTTATGGTTTCATTTTCTTATGCATTCAGTATTTCATGGTTGTGTAGTAATTTTAAAACATGTTTCACACTTAGGTTTCTTTTCATTTCTTTCCTTCTTTCTTTTTTAAAAAGCCTTAGATTTGTGTTTGGTTAACAATAGTTTCACTTCCCATTGTGCTTCACAACCCTCACAATCCCATGGCTTAGAAATGTAAAAGTTTCTGGCTTAGAAATCCCATGGCATCTCCTTTCTGCTTATTCCTGCCTTCCATTCCTTTAATTTTTTTGAAACTACATGAGGTCCATCCTTGGTTGAAAAGATATAACCAATGTAACCAATATTATACCTATAATACCAATATTATACCTTTTGTGCAAAAGTAAATCTTCCTCTTATCCTGGACATGGTCCCTTCCTTTCCACAGTTGCATACACTTCTTTTTTGGAGTTATCCTGGCTATTTTTGATTATTTATTTTACCATATGAATTTTAGACTAAACTGTCTATTTCCAGAGAAAAACCTGTTGGAATTTTTATTGGGATTGTGCTAAATATATAAATTAACTTTCAGAAATTTAACATCCTTTTAATGCCAATGTTTTCTGTCTAAGAACACACACTGTCTTTGTTCAGATTTTCATATCTACTTCTGTGTCCTTTAGAAATGGAGCTTTCCAAGTTTTCCCATTGTTGCTTTTATACATTTCACTATAATAATGGGTAAGAAAGCTATAAAACCATCCTTATTTACAGATAATGAGATTGTATCCCTAGAAAACACAAGCAAACCAATTGAGAAAGTACAACAAATAGTAACAGAACTCAGTGAGGTGGTAGGATATCAAATTAACAAAGAAAAATCAATAGCTTTCATATATACTTCAACAACCAAGTAGAAGATACTAAGGAAAGAAAACTACATTTATAGTAGTAAGAACAAAGATGAAATACTCTTCTGGGCATGGATATATAACAGTATACCAAACAAAATCCTGTCTTTATGAGCTTATAATTTAATGGAAACTAGAGTCCCTGAGGTTTTGCATATGGGAAAATATCTTTTTAACCTTTACATTTGGTTGATAGTTGGCTGTGTGTAAAATTCTTGAACCATACTTTCTTTTCCAAAGAGTTTTACAGACAGTTACCTGAGGGATTTAGACAATTCTCTGTTGTTTCCTAGATTCAAATGTTGCTTGGAGAAGTCTGAAGCCTGATTATTTCCCCTCATAGGTGACTTATTTTCCAGGATGCCTATAGGTTTCTTTTTCTTTAAAGCTTAAGTGGCTTTATGAGGCTATGCCTTGGAATTGATCAATCAGTATCAGTTTTTCCTTTCAGCTTGTGGATTCATGATTTTTGTTCCTTGAAATGTCGTCATATAGATTTCATGCTCGTTTCTTTTGTGGTTATCATTGTCATCTTTCGATGAAGGTATTTCCTGCTGTAGCCACTGTTTACAGAAGGATAGTGTTGAAGACTGTCCAGAAAAATACTCTGAGTTGGTAAGAAGTCTCTATACCTCACACTGACCTCCTTTATCATACAAGGTTTTGTGTTGAGAGTTGGTTTACCCTTTCATTCTCCCAAGTTAAAGAGAGATTATTATTTGCATACTTCCTCTAGAACTCAGTGTCTCTTCCATCTTCCTATGCTAACAAACTGCTTATATAAGAATACTGGCTGTTTGCATCTCTTTGTTCAGCCCTGCCTTTGTACCATTTGTCAGGGCCAGATGAAGTCCATTCTGTACCTGCCACAATTTCAAGACATCTGGCAAAAAAATGACTCATTCATTCTGCCCACAAGGGGGTGCCTCTGTTTTAGAGAACTCTGTTCCCTGTACTTTTTGTTGGAGATAAGAAACAGGAACTGCTATCTCTGGGTTTCTTCCCTGCCTAATCCAGTCTATTTTCTGTTCTTTCCTCCTATTCTGGGGATGGAGTTTAGCTATCTTTAAGGTTCATTGAAGATGTATTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTCATCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTTAAGCGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCACGCGTGACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATCTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAATTCCTGACCTCGTGATCCGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCAAGAGCCACTGCATCTGGCCAGAAGATATATTTTCTTTTTCTGTTTCTTCTTCATGTTTGCAGAGTGAAGAGGAGACAGAGATGTTTAATTCTACCATATTGAAACAGGAAGTCCTCTATGCTGTATTTGATCCATTTCACCCTTCTTGGAAATGTCTTTCTTCTTTGTGCTTCTCTAAAGGATTCAAATTCTTCCTTGGTTCTGGTTTATTGTTTATTTCTTCTTCCCTTGTGAAATATCTTTTACATGACTTCTTTCTCATCTCTCACTGGACATCACCCAAAGTAGTTCTGAATTACAATAGACTTCTTTTTCCTCAGAGTACCTTCATGCTATATCTGTGTTCATGCTATTAAATAGGTATTTAACTCTAGAAATGACAGCATTGGAATATGTATCTTTAATGCCTCCAGAATTTTGAAACTCTTCATATCTCTGCCATTAATTATGAGTGCTCTTACCTAAGTTCTAGCAGTTATTTAACTTTAATATCATTTTCTAATAAATGGTCCTCAATATTTCCAGCCTACATTGGTCTTGCCCATCTCTCAACTAACATTCTATTACACGTCTACCAGAGTGGTTGGAATCTGAAAACATATACTATCTTCTACATGTTTTCATATTTTGATGTCTAACACTTGTTTATTAGTCCACCTGGAGAAAGAAAACTTTTATTCTTCCTATAAATGAGTCATGATTGATGTAGAGCTATATTTGGGAAGATTTTTCTTATTTTTGGTTGTTTTAAAATATTTACCTACAGATTTCAAAATAAACGTGGAAGAAATCAGGCTAGAGTTAGAAAGACAGGGCATAGTCACATGAGATAGTGTTGAATGTTAAATTGCATGTGAAGTGTCTATTTAGTAAATGAGTAAACCAGACAACACCTAGAAAGTTTTAAGAGAAGGGCTGTAGAAGGAGTAACAAGATTGAGGCTTTCTTTTTCTTTTTGATAAGAGCTTGGCATTGAAGCCATTTTCCTGTAAGATCTATAGCTTATTTAGACTTATTAAAAATTAGAAAACATAACAAAATGTTTGGAAAGTAAAATTAGCGTGTCTGTTTGGGGGGTAAAATTAGAAACATGGCCTGATTAGAGGAGAGAAGATTGTAAGAGATTAGTGAAATCAAGGATGAGTTTTCCATTGTAGAGTCAGAAAGTTCTGAATTTTGCTAGCATTCATGTTCTCTTTTGCTGTCTTTTATTTTTAAAATTTTGTTGTCAATTTAGTTTATTTTTTCCCCTCTTTAATCACTGAAGCTATAGTTTTGCCCTGTGCATGGTGGCAGCAAGGTTACAATGGTCAATTATAAGCAGGGGTTTATAAGATAAACAGAATATGAAGGTTAAAACACATCTAGTTATCTGAATTTTAAGTTACCCACAGCTGATGGAACTCCAGGGGCGTGGAAAACCATTGTAGAACTAATGATGTAGGAATGTTATCATTTTGGGTGATGGTATGAAAGAAAAAAGTCAAAACACAATGGAATTTGATATAAAGGCAGTTTCAGTGTGGAGAAATAAACATAGGATAAGATGATAGGACCTGCTGTTAACACACTGTGGTGAATCAAAGATGGCTTGCCTCCTGATCAGCTTTATACTTTTTATTCAATAAAATTAGACCTTCCTATTTCTAATATGCCTTGTTCTTTAAGCACATATAAAAATGAATCACAATTAGATGGAAAGTTGGAGCTCTCTCCATATTTATTACCAATTTTGGATCGTATTTAGTTTGGACAGACTAATCTTCAAGTATGTTTAGATAGAAATAAAGGAATTTGAACTTTATGAAAATTAATTTGCCTGTGGTATGCAGACTGCACAAAAGATAGACTTGTCAGGATCATGACAGTTAATCTAGGCAAAAGTAATGAGAACTTGGGTTATCATTTGTTTCTCTTAACCTAATGTAGCTGTTATTATTTCTCATGCCATTTCTTTCCCTTTTAATATGCATTTTTAGTTTTTTCAAAGTATACCTTATACATTACTTGTTTTAGAGAGCCAGTAGAAATGTCAGATTATAGCAGTGCTGTGCTCTGACCTCACATTTCACCTCCTTTAGTCAATTATTTTTGACTTTTTTTAACTATCTCTTTTGTTGTCGACCTACGTATTTTGAAACAAATGTTTATACTGCTCTGTAAATTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTGTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTTTGCTCACTGCAGCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTGCCAAGTAACTGGGATCACAGGCATACACCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTAGTCAGGCTAGTCTCGAACTCCTGACTCACCTCGGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTA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Seq C2 exon
AAGTTTGGGAAGTTGATGAACAGATCAAGAAGCAACAGGAAACACTTGTGAGGAAAGTCACATCCATCTCCAAGAAAATTCTGATAAAGGAAAAAGTCATTGAATGTAAAAAAGTTGCGAAAATATTTCCTCTGAGTTCAGACATTGTTACTTCAAGACAAAGCTTCTATGACTGTGACTCACTTGATAAGGGTTTGGAACATAATTTAGACTTACTTAGATATGAGAAAGGCTGTGTAAGAGAGAAACAGAGTAATGAGTTTGGGAAACCATTTTACCATTGTGCATCCTATGTTGTAACCCCCTTTAAGTGTAATCAGTGTGGACAAGACTTCAGTCATAAATTTGACCTCATTAGACATGAGCGAATTCATGCTGGAGAGAAACCTTACGAATGTAAAGAATGTGGAAAAGCCTTCAGTAGGAAGGAAAATCTTATTACACATCAGAAAATTCATACTGGGGAAAAACCGTATAAGTGTAATGAATGTGGAAAAGCTTTCATTCAGATGTCAAACCTTATTAGACACCACAGAATTCATACTGGGGAGAAACCTTATGCATGTAAGGATTGTTGGAAAGCCTTCAGTCAGAAATCAAATCTCATTGAACATGAGCGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAATCCTTCAGCCAGAAGCAAAATCTTATTGAGCACGAGAAAATTCATACTGGGGAGAAACCTTATGCATGTAATGAATGTGGTAGAGCTTTTTCTCGAATGTCATCTGTTACGCTACATATGAGAAGTCACACAGGGGAGAAACCCTATAAATGTAATAAATGTGGAAAAGCTTTCTCTCAATGCTCAGTATTTATTATACATATGAGAAGTCACACTGGTGAGAAACCCTATGTATGTAGTGAATGTGGGAAAGCCTTCTCTCAGAGTTCATCCCTAACCGTACATATGCGAAATCATACAGCTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCCTTCAGCAGGAAAGAAAATCTCATTACACATCAGAAAATTCACACTGGAGAGAAACCTTATGAATGCAGTGAATGTGGGAAAGCTTTTATTCAGATGTCAAACCTCATTCGACACCAGAGAATTCATACGGGTGAGAAACCCTATGCATGTACAGTATGTGGAAAAGCCTTTAGTCAGAAATCAAACCTCACTGAACATGAGAAAATTCATACTGGAGAGAAACCTTATCATTGTAATCAATGTGGGAAAGCTTTCAGTCAGAGACAAAATCTTCTTGAGCATGAAAAAATTCATACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTAATGAATGTGGTAAAGCCTTCTCTCGAATCTCATCCCTCACTCTTCATGTGAGAAGTCACACAGGGGAGAAACCCTATGAATGTAATAAATGTGGGAAAGCCTTTTCTCAGTGCTCATTACTTATTATACATATGAGAAGTCATACTGGTGAGAAACCCTTTGAATGTAATGAATGTGGGAAAGCATTCTCTCAAAGAGCATCCCTTTCTATACATAAGAGAGGTCATACAGGTGAGAGACACCAAGTATATTAAATGAAAGAAGGCCTCTTAAATTCAACCCATGTTTTACTTAAAATATCTTGGCATAAGCTCAAAAAAGCCAGGATCTTTATGGAAAAATTTTAATACTTTGTTAAAAGGTGTAAGACTGGAATAAATGGAAAGAAATACCATATACATAGATGGAAAAACCCAGTATTATAAAAACCTCAATTCTGAAAATCTATAGACTGAATGCAGTTCCAAACAAAATCAACTAAGAATTTTCTAGGATCTTTCAAAAATGATTATAAAATTCATGTGAAATAGAAGTGTATGAATTGCTGCGACAATTTTGAAAAGAATAGAGGAAACACCCTCACTGTATGATATAAAGTTATAGTCATTTAAAAATGTGTGATATTAGTACATTAGTAGGTAAATGAGCAGATTTTAAAGAATAGAATATCCAGAAGCAGATTCATGAATATATGTGAACTCAGTGTATGTTAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198453-ZNF568:NM_198539:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.074 A=NA C2=0.044
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138721=AAA_34=PD(14.7=42.4),PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0),PF0301610=Exostosin=FE(20.3=100)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF127602=Zn_Tnp_IS1595=WD(100=10.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF097235=Zn-ribbon_8=WD(100=8.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)