MmuINT1035644 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000074221 | Zfp568
Description
zinc finger protein 568 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2142347]
Coordinates
chr7:29998115-30013889:+
Coord C1 exon
chr7:29998115-29998210
Coord A exon
chr7:29998211-30013842
Coord C2 exon
chr7:30013843-30013889
Length
15632 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAAT
5' ss Score
6.6
3' ss Seq
CTCTTACTCTTTCCAAGAAGCCG
3' ss Score
1.76
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGTCAAGTCACCAAACCAGATGTGATCTTCAAGTTGGAACAAGCAGAGGAGCCATGGGTACTGGAGGAAGAGATGTTTTGGAGACGCTCTCCAG
Seq A exon
GTGAATAAGTGAGAAGTGGCTCTTAATGAGAGAGCCACGTGACAGAGTTCAGTAAGGGCTCCGTTCCTCATTTCCCAAGACTGTGTTAAAGGTCCTAGTCTTCTAAATGACAGATGTGTATGTGACATGCCACATGTCAGATTGTGTGACATTTCTATTCTAGGAATGTCTCTGCCCTATTGGAGCTGTGCTCCTTTTTCTAACTTTAGAAGGGCAGAGCCCCTGTGATTTCAGGACGCTCATCTTCCCGTGTGTGTCCAGCTCACCTTGTCCCTCTCTATGATCCCTGCACCTGCCTCTCTCATGGCCACAGTTTATCTTCTTATATGGTCAGCGTTCTGTGGACTGTGGCATTTTAAACCAGCCTTAGTTCATACTTGGGATTCCTTTAGTTCTTGGCTTCACTGCACTCTGAAAAGCTTCACCTTGTGTTTTATAATAAGTGGCCCTTTCCACTGTACGTCACAGGCCTCACAAGTCCCGCGGTTTTGAAGGTTATGTTCCTGCCTTAGAAAATACTGTGGTATCTTCTTCCACATCTTCCTCATATGCCTACTAGGCTACAAAATACAAACCATCCAAAAATACATTTTAAAAGTGTCCTTCATCCTTCACACTTTGTCCCCCACTCCACCCCCCAGCTGTATTCACTCCCTTGTTTCCAGAGCTCTCCTGTTTATTTTGCCATATGTGTTTTAGATTTAACTGTCTTATTTGGAAGAATCATGCTGAATTTTTCTTAGAACTATACTGGATGTATGTATGAGTTTGCCAAGTTCCCTGTTTGTTTGTTTTCGTTCTACTTTGTGAAATGGAGCTAAGTTCTCTTTTTTACATTTGTATGTTGTTTAAGTTTACCTGAGTATTAGTAAAGAAAGAAAAACAAGTTCTTTGAGAATTGAAGGACGGTGGTGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCTAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACCAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGATGAATGAATGAATGTCAGGCTAAAGAGATGACTCAGCAGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAGCTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGACGCCTTCTGGTGTGTCTAAAGATAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATATTTAAATCTTTTTAAAAAAAAAAAGAAGGAAGAATGAATGTCCATTTGTAGAAATAGCAGTAAAAATAAACTACTGTTTGAGGCATGGGCATGTAGTAATGTACAAAACAAAGCCTTTGTGCATGGAACTTACTTAGTGGGTTTCTGTTTGTTGTATGTTTGTGTGGATAGGTTTTTGGGTTTTTTGTTTTAAGGTTGGATCTCTAGAGAGACCATCCTGTCCTTGAAATCTCTTGAACTTCTGATCCCTCTGTCTCTCTACCTCTCAAGTGTTGGGTTTATGTGACGCTGGAGGTCAAACCCAGGACTTTGTGCATGCTGGGCAAGCACTCTACCGACTGAGCCATGCCCCCAGCCCATAATTGATTTTGTATGGAGGAAAATATCATTGAGTACTGAAAGATGGCTCAGCAGTTAACAGCACTTGCCTTCTTCAGAGGACCAGGGTTTGGTTCCTAGCACCACATTTGGCAGCTCACAACCACTGTAAATTCAGTTCCAGGGCTTCTGAAACCCTCTTCTAGCCTCTTGGGTGCCAAATGCACATACATATACACTCCAATATATACAAAAAATTAAAAATATAAAGAATATACCTTTCTAAATTATTATATTTAATACGGTTGACTATATCTAATTCTTAAGCCTTGTTTTCTTTCCCAAAGGTTTATTCTGGGTCGTGTCTTGTGAGCTTTAGTCAGTTCTGTTACTCTCCACTTAAATATTGTTGGGAAAGAAGCCTGGTCCTTTCTCCTCATAACTCGCGTGGTCTGCTTGTCCACACAAGTAGTCAGGGATTCACATGTGGGGCGTTGCTTTGTTGAATGTTCTTTACAGCTTTAGAAATGCTGCCTGCTATGATCGCTATTTCCTTTAGACTTGTGGATTCTTTTCCTTCCTTCTGTATGTCTGTTTGTTTTGTTTCCAGTGTTAGGAATCACACACCCCACTCCCTCCCCAGCTTGTACATTCTAGGCAAATACTCTACCACCAAACACCTCTGTCAGTCTAAAGTTTCTTTTGGATTTTGCTTTTATACTGTCATTATAAAGATTTGATAGTGTGCTTTTCTGATTGTCATTGTCTCAGGAGTCTCATTTCAGGGGTATTTTCTCTGGGACCCACTATGAAGAGAAAAAAAATATTATGAGTTAATAGGAAATCTTTGTGCCTTACACTGACCATGCCATCAGGTTCAATGTTGTTGTCCCAAGCTGATGGGACTGTCATCTTCACGATTCCTGTATCTTCAGGTCCCTCCCACCCTCCTGTGTCAACAGTGTGTTTTTCCAGAGTACGGTTTGTTTGCTTCTGCTTACTCAGTTGTTCCTCCCTTGCCGTTTGTCAGGACCACGTGAAGCCAGCTAGGTGCCTTCTGCTGTGTCAACACATCTGGACCTCAGGGTTGGAAAATATGTGTCTATGTTTTGCAGAACTCTGTTTCCTAGAAATCTTATCTGAGAGAAGAAATAAGTCTTGACCTCTGGACTTCTCTACCTTAACCGATCCATTTTCTACTCTTTGCTTATATTCTAGAGTTAAAGTTTCACTGAGGATGTATTTTTCTATCCTGTTGTTTCTATTTGTAGAGGGAGACATGTCTGATATACCACCATATTGAATCCAGGGGACCTCTGCTCTGTTGATCCCATGAAGCACCCTTCTTGGAAGTAGCTTTCCTCTGTCCTCTTCTCCAGATTTGGATTTTTCTTTAAGTCTCAGTCACTTTTCATTTCTTCTTGTTTTAGAAAATGGTTTTTGCACGACTTCTTTTCTCAACTTCCTCTGGACTGTTAGGGGCCAGGCCAATTGAAAACTTCTTCAGAGGCTCTGTTGGAAGGACAAAGGGAACATTACTATCTATGTCCTTGCCTATGGGTAGACCTGACTGGGGCTGGGGTGGGGCCCAGGGTCTCAAGGGAGGTAGGTGTCAGTTCCTGGAAACAGAGACTCTTCCCCTGGTGTGCTTCATCTGTGCAACATTTCATGATAAGCTTCCTGCTGACTTGATGGCATTGTGTGACAGCTGTCTGCCGACTTTGTCCCGTTTTCCTCTGCAAACAGTGTATAAGATGCCCTGCTGCATAATGTGTGCGCTGACATGGTCCATAGCTTATGCAGTCCTCCTCACACCAGCTTTGTGTCTTCTTTATGCTCACATCCCTGGTCCTCCCATGACACCTCGCAGTTCAGGTTCAGGTCATAGGAGATCTCCCCTGAACAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATTCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTAGGATTAAAGGAGTGCGCCACCACCGCCCGGCTCCCCTGACATTTTTAAGTTACAAATGGACACTTTGCTTTTGTGTGCCTACCTGTGTTCATCTCATTTGATGCTTAGCTCTAGAAACGGCAGTGTGGGAATATTACCTTTAATACCTCCAGACCTGTAGAACTCTTTTTTTTCTTTTCCTTTCATCTGAGGGCTCTGAACTGTTGAGACTCAACAGTTATTTAATGTTGAGCTCAGTTCCCAGAGAGTGTCTCAGCATTCGATATATAAACATTCAAATCACTCCTACTTTCTTGTTAACCTGAGTCCTTCTGCATCTGCTTGCTTCTGAGCCTCTTTGGCGCATGTTTTCCAGACATAAACCTTTCCCGGCTGGGCTGTAGAGACCCAGCCATTTTCTTACACAGGTTAGTATGTGGCGGTATAGACAAGGTTCAGTTACAGCCAAGAGAGCGACTAGCTGCCATGTCAAGGGTTTATGTGAGGATAGTAAATGGCTCTCAGGAGTCAGGACTAAAGAGACTTTGCCTTTTAAGTTTCTAGAAGTTAGCTGCAAAGAGTGAGCTGTTGAGGGAGTTCCTTCTCGAAAACTGATCAAGAAAGTACTTGTTGAGCTAAAGAAATGCTTCTCAAGTGAGTGCTTACTGCCGCTGTTTGACTCTCCTAGGACACACGCACAGTTCCTCGTTTAGTTCTGAGTCTAACGCTCATGCATGCAGGTGGCAGTTACTTCAATCACATGCGAGCCCTTATGCAGCTGTGTTTAGATGGACAAACTTGTGCTTGGAAGAGATGTTATAATGTTTTAGCAGATCTCTATTGTCTGCCTGGGTCATGGTATCTAATTGCTCCCTAATCAGATTTTTAATTTCTTGTTTTTATTTAGCAGTGTTTTCCTTTTTCTTAAAATAAGAAAAGGAAAAATAATATATGGTAAGCTTAGCTTTTTTTTTTTTTAAATTCACTGGGGCAAATACCAAAGAGTCTGTTTACTGAATCATCATTTGAAAGCATCGTTTAATTTTGTTGGCTAGTGAGATGGCTCACCAAGCCTGACCACCTGAGCCCAAAGCCTGGGACCCACATTGAGGATCCACATAGAGAACTGATGCTGCAAGTTGTCCTCTGACCGCCACACCTGCTACACAGGTGCCCCTCCCTCAAATAAACACAGAAGCAAGTAATGGAGTAAGCGTTTGTTTAGGAATATATCTAGGGACTGGAGCGATAGACAGTCAGTGGCTAAGAGCACTAACTGCCGTCTCAGAAGTCTGAGTTCAATTCCCAGCAATCACATGGTGACTCACAACCATGTATCTTTAAAGTGGACGGACCGTCTTACATTCCCGGCAGCAGCATTAGCAACCCTGTGGTGGGTCCCTGTCCA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Seq C2 exon
CCGCAAGAGGAAGAATGAAGAGTTTTGCCTTTAAGGACATGGCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000074221:ENSMUST00000146074:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types