HsaINT0187688 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198453 | ZNF568
Description
zinc finger protein 568 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25392]
Coordinates
chr19:36937147-36974466:+
Coord C1 exon
chr19:36937147-36937242
Coord A exon
chr19:36937243-36974419
Coord C2 exon
chr19:36974420-36974466
Length
37177 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAAT
5' ss Score
6.6
3' ss Seq
TTTCCACATCTTTCTTTAAGAAC
3' ss Score
7.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGTCAAGTCACCAAACCGGATGTGATATTCAAGTTGGAGCAAGAAGAGGAGCCCTGGGTGATGGAGGAAGAAATGTTTGGGAGGCACTGTCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AACCCAGAAGAGGAGAGAACTGCTGTGCGTCTGAAGTGATGGCGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198453:ENST00000427117:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.064 A=NA C2=0.019
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains