HsaINT0187693 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000196437 | ZNF569
Description
zinc finger protein 569 [Source:HGNC Symbol;Acc:24737]
Coordinates
chr19:37902060-37916865:-
Coord C1 exon
chr19:37916770-37916865
Coord A exon
chr19:37905322-37916769
Coord C2 exon
chr19:37902060-37905321
Length
11448 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGT
5' ss Score
8.54
3' ss Seq
TTATTTGCAATCTGTTTTAGGAG
3' ss Score
10.04
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTATCCGTTCACCAAACCTGATGTGATTTTCAAATTGGAGCAAGAAGAAGAACCATGGGTGATGGAGGAAGAAGTATTAAGGAGACACTGGCAAG
Seq A exon
GTTAGTGGAAGGGAACCAGACAGGTGAGGAGAGGTCAGGGCCTATTAATGATTAATCAGTGAATGGTTGATCCCTCTAAAATATTCTTCAAAGATATTTTCAGAGGTTGGCACAGTGGTTCATACCTATAGTCCCAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAAGGATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGGGACCAGCCTGGGCAACATAGTGAGACCTCATCTCTTAAAAAAAAAAGAGAAAAGAAAAATTGGGCCTGGCACAGTGGCTTGCGCCTGTAATCCCTGCACTTTAGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCATGAGGTCAGGAGATCACAACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTTGGCGTGGTGACACGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCTGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAGCCACGTGTGGTGGCATACGCTTATGATCCCAGCTGCTTGGAAGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAGCCTAGGAGGTTGAGGCTACAGTAAGCCATGATCACAGCACTGCACTCTAGCCTAGGCAACGGAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAATATATATATATTTTCAGAAAGCATGTAGACCTTTTGTGTGTGTATGTGTGTGACAGAGTGAGACTCTGTCACTGTGGAGTACAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCCCCACCTCCCAGGTTCAAGTGATTTTCCTGCCTCAGCCTCCTGATAGCTGGGACTACAGGCACGTGCCACCACACCCTGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAAAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCCGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGGCTCCTGGGTTCAAACGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTATAGGCATGCACCACCATGCCTGGCTAACTTTTTGGTATTTTTAGTAGGGATGGGGTTTCACTATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTGGCCTGATGTACACTTTTGTAGTACAAAAGTGACCATTGATGCAAACTCTTTTATAAACCTAAGATGTCATTTCTAGATACCATTCTTAATTTCTTTCCTCAGAACTTAGAGATCTGGTTGGCTTTCTTACCTGTGTGCTAGATACCAACCTTTCCTAATAAGTTTCCAGGCTTACTTTGATATTCATTCTATTATTAGCATCTTCGGGAGTACCATCCACCCTCATATACAGGATCCTTTCTTTTTGCATACATTCACTAATTTGCAGTTGTTAAATCAAACCTACTGACATTTATAGTCCCTTACTTTCTCTTCTTTCTTCCATTGTAAATGTCTGAAATGTCGTACAGTCATACTTCCCACTGTATTTTTAGGTTTTACTCTCATACTTCAATAATCACTACCACCCTTTATTTCAATAAAAGTTTTAAGTCAGTGCTGATTTTTTGGTAGCTCCCATTTTCTGATATATTTGTCATGTACATATGCAAGTGTATGTAATGTAGGTGTGCATCTATATATACCCACATATACATATATACATATACATATATATGTCCATATACACGTATTTTGAATTTTATAAAGTCATTTTTGCCCTCCAAAGAGACTGTAATAATTTATATTTCCACCAGTAACTTCAACCAGTGTAGTCTGTTAGCATTTAAAAAAATCGTTGCCAAACTGAGGTGAAAAATGGTAGCTAATTATAGCTTGAATTTACATTTCCTTTATGATGAGTGAAGGCAAGCATCTTTTCATGTTTCCAATCTATATTTCTTTGTTTTAATAAACAGTTGGTATCCTTTGCCCTTGTTTCTGTCAAGTTCTTAATTTGTATGAACTCTTAACATATTGAGCTGATTGGCACATCATCTGTCATATGTTTTTCTTGTGTTTTTTTCCCAAAGAGATTATTCCTCGTTGAAGTACTTTTTTGCCACCTCGACTTTTTAAAATAATTCATGTAGTTAAAACAATCTGTTCCTATAGGAGATTATCACAATTTTTAAAATGTATATGGTTCAATTATGTTTAGATATTTCTCAATAATGACTCATCCTCTTATGTTTGCTATGAATTTAAATAATTGTTTATACTTTTAAAGTTTTTAATGTCAATGTTAGACTGGTTTTATAAATAGAATTTGGAAGCTTTCCTTCATGCTCTAGAGCATTTATATAGCATTAGTGTTAAAACTCCCTAGAAAATTTGGTAGATGTTACCTGTTGAACTATTTCGACCTTGTGTATTTCTGAGGGAAGTTTCCTTGACAACTCTTTTCATTTTTCCTTTTATAACTATCCTATGTGTATGTAAATATATTTTTGTCTTTTGGCATTAGTTTTTGATAATAGGTTGTATTTTTCCATGAAATTACCCACTTAATTCTAGTCTTCAAATTTTCAGAGTTGACAAAGTAACTTCCATAAATATTAAAATTTCCTCTGTATCTGTAAAAAGTTACCACACATTGATATTCCAGGATCATCTATTATATTTGAAAATTTGTTTCATCTGTATTTTCAAATGTTTTGGTATGAAATTATTTGTAGTGTTCTCTGATTTTAGCTAACAGTTGCTTGTTTTCCTATTGTTTATTTTTTGTGTGGGATAGGTGGGTAGAGAGGTATTCTTGGAGGTTTGTGCTATGTCCTGTAGACCCAGTGATGCATCAGAATGTCTGTCTTATCCATTACCTTGTTTTGCAGTGTGACATTGCTGTACCGTAATTCTAATGGTGAAAGTTCTATTCCCCCCGCACCATAATATTCTTCATTTCAATGGTGGTTTTCTTTTTCTCTTCCAATTATTTCCTTGGTTCTGCTGGTAAAATTTTATACCCTTTCTGTTTTCTCAATGATTCTTCCTCATGCATTTATACAGGCATATCTCATGTTATTATGCTTTATTTTATTGTGCTTGGCAAATGTTGCATTTTTTTATAAATTGAAGGCTTGTGGCAGCCCTGCATCGAACAAGCCCATTGGCACCATTTTTCCAAAAGCATGTGCTCACTGTGTGTGTCTGTGTCACATTCTTGCAATATTTCAAACCTTTTCATTATATTATTATCTGTTATGGGGATCTGTGATCAGTGATCTTTGATGTTACTGTTGTCATTGTTTTGGGGTGCCACAAACTTCATCCATGTAAGATGGCAGACTTAATTGATGTTAAATGTTGTATGTGTTCTGACTATTCTACTGACCACCCATTCCCGTCTCTCTCCCTTTTTCTGGGTCTCTCTCTTCCCTGAAACACAACAATATTGAAATTAGGGCAATTAATAACCCTACAATGACCTCTAAGTGTTCAAGTGAAAGGAAGAGTCGCACATCTCTCACTTTAAATTAAAAGCTAGGAATGATTAAGCTTAGTGAAGAAAGCATGTTAAAAGCCAAGATAGACCAAAAGCAAAGCCTTTTGTGTTTGCCAAGTTGTGAATGCAAAGGAAAAGTTCTTGAAGTAAATTTAAAGTGCTGGCCAGGTGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAACACTTTGGCAGGCTGAGGCCGGTGGATTGCTTGGGCCCAGGAGTTCAAGACCAGACTGGGCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAGAAATTAGCCGGATGTAATGGTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTGCTTGGGAGGCTGAGACGAGAGGATTGATTGAGTCTAAGAGGTGGAGGTTGCAATGAGCTGAGATCACACTACTGCATCCCAGCCTAGGTGACAGAGCAAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGCCACTACAGTATACACACAAATGATAAGATGATAAGAAAGCAAAATAGCCTTATTGTTGATAGGGAGAAAGTTTTAGTTGTCTGGGTAGAAGATCAAACCAGCCACAGCATTCCCTTAAGCCAAAGCATAATCCAGGACAAGCCCCTAATTATCTTCAATTCTATGAAGGCTTAGAGGTGAGGAAGCTGCAGAAGAAAAGTTTGAAGCTAGCAGAGGTAGGTTCATAAGGTTTAAGGAAAGAGCCATCTCCATAACATAAAAATACAAGGTAAAGCAGTAAGAGCCGATGGAAGCTGCAGTAAATTATCCAGAAGATCTAGCTAAGATTATTGATGAGGGTGGCTAACTAAACAATAGCGTTCCGATGTAGATGCAACAGCCTTCTATTGGAAGAAGATGCCATCTAGGACTTTCACAGCTAGAGAGGTGAAGTCAGTGGCTGGCTTCAAAGTTTCAAATGACAGACTGACCCTCCTGTTATGGGCTAATGCAGGTGGTGACTTTAAGTTGGAGCCAGTATTCATTTCCCATTCTGAAAATCCTAGGGCCCTTAGGAATTATGCTAAATACACCCTGCTCGTGCTCTATAAATGGAATAACAAAGCCTGGACGACAGCACATCTGTTTACAGCATTGATTTGCTAAATATTTTAAGCCCACTGTTGATACCTACTGCTCACGAGAAAAAAAAGTTCCTTTGAAAATAGTATTGCTCATTGACAGTGCACTTGGTCACCCAGGAGCTCTAATGGAGATGTACAAGGAGATCAGTGTTGGTTTTCATGCCTGCTAATACAACATCCATTCTGCAGCTCATGGATCAAGCAGTAATTTTGACTTTCAAGTCTTATTATTTACGAAATACATTCTGT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196437-ZNF569:NM_152484:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.023
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0173211=DUF31=FE(18.4=100),PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)